법인을 설립하여 운영하던 공장을 포괄양도한 것이 사실상 매각에 해당하는지 여부와 정당한 사유가 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1998.1.7. 이의신청 결정에 따라 감액결정한 이후의 취득세 37,228,590원, 농어촌특별세 642,190원, 등록세 7,372,390원, 교육세 1,474,470원, 합계 46,717,640원(가산세 포함)는 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1992.6.13. 공장을 신축하기 위하여ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 공장용 토지 1,709.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하고 1994.12.2. 그 지상에 공장용 건축물 1,094.16㎡(토지를 포함하여 이하“이건 부동산”이라 한다)를 신축 취득하였으므로 공업단지내의 공장용 부동산 취득으로 보아 각각 취득세와 등록세를 과세면제하였으나 청구인이 1995.8.31. 이건 부동산을 정당한 사유없이 매각하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(167,904,500원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 30,222,800원, 등록세 6,044,550원, 합계 36,267,350원(가산세 포함)과 이건 부동산중 건축물을 취득후 2년 이내에 매각하였으므로 그 취득가액(291,908,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 7,005,790원, 농어촌특별세 642,190원, 등록세 2,802,310원, 교육세 513,750원, 합계 10,964,050원(가산세 포함)을 합산한 취득세 37,228,590원, 농어촌특별세 642,190원, 등록세 8,846,860원, 교육세 1,621,910원, 합계 48,339,550원(가산세 포함)을 1997.9.19. 부과고지하였으나 청구인이 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 경기도지사는 이건 부동산에 대하여 과세면제하였다가 등록세를 추징하면서 신고납부의무가 시행되기 이전에 등기한 이건 부동산에 대하여 가산세를 포함하여 부과 고지한 처분은 잘못이 있다고 판단하여 등록세 및 교육세에 대한 가산세를 취소한 취득세 37,228,590원, 농어촌특별세 642,190원, 등록세 7,372,390원, 교육세 1,474,470원, 합계 46,717,640원(가산세 포함)으로 1997.12.24. 경정 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1985.10.10. 개인사업장에서 법인(설립당시 법인명은 ㅇㅇ이었으나 1995.6.10. ㅇㅇ로 변경)으로 전환하여 경기도 부천시에서 자동포장기계 생산공장을 운영하다가 1987.9.1. 사업을 확장하여 충청남도 아산시에 신규로 자동차냉매용튜브 생산공장을 설립하여 운영하고 있던 중 1991.12.14. 부천공장을 이전하기 위하여 서부지역공업단지관리공단 이사장과 이건 토지에 대한 분양계약을 체결하고 1992.6.23. 분양대금을 지급하고 취득한 후 1994.6.4. 공장 건축허가를 받아 1994.12.2. 공장을 준공 취득하고 부천공장을 이전하였으며, 청구인이 운영하던 아산공장과 시화공장은 생산품목이 다르고 지리적으로 떨어져 있으므로 경영의 효율성을 제고하기 위하여 1995.6.21. (주)ㅇㅇ를 설립하고 청구인과 청구외 (주)ㅇㅇ간에 시화공장의 인적·물적설비를 포괄 양도계약을 체결한 후 이건 부동산을 청구외 (주)ㅇㅇ에 양도하였는 바, 실질적인 시화공장의 운영내용에는 아무런 변동없이 형식적으로 법인분리의 과정상 양도계약을 체결한 것에 불과하므로 사실상 청구인이 이건 부동산을 매각하였다고 볼 수 없고, 이러한 법률상의 절차적인 문제로 양도한 것은 당초 사용목적을 포기하여 취득세 등을 과세면제한 취지를 벗어나지 아니하였으므로 양도에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는데도 처분청이 이건 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인을 설립하여 운영하던 공장을 포괄양도한 것이 사실상 매각에 해당하는지 여부와 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의3제2항에서 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 관하여는 제110조의2제2항의 규정을 준용한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 및 지방공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지 취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물(기존 건축물을 취득하는 경우를 제외한다)... 다만, 최초의 공장용 토지의 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조의2제2항에서 “다음 각호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 관하여는 제110조의2제2항의 규정을 준용한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 및 지방공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 공장용토지와 그 토지취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물에 대한 등기... 다만, 최초로 취득한 공장용 토지의 등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있다.

• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1992.6.23. 공업단지내의 이건 토지를 취득하고 1994.12.2. 그 지상에 공장용 건축물을 신축 취득한 후 정당한 사유없이 이건 부동산을 청구외 (주)ㅇㅇ에 매각하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하고 이건 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하였으나 청구인이 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 경기도지사는 과세면제한 세액을 추징하면서 등록세 및 교육세에 대하여 가산세를 포함한 세액으로 부과 고지한 처분은 잘못되었다고 판단하여 가산세를 취소한 세액으로 경정 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 부동산을 청구외 (주)ㅇㅇ에 매각한 것은 청구인이 운영하던 공장이 아산공장과 시화공장으로 분리되어 있어 경영의 합리화를 위하여 청구외 (주)ㅇㅇ를 설립하고 시화공장의 인적·물적설비를 포괄적으로 양도의 형식으로 이전한 것으로 법인 분리의 과정상 형식적인 양도절차를 거친 것에 불과하므로 사실상 청구인이 이건 부동산을 매각하였다고 볼 수 없으며, 또한 당초의 사용목적을 유지한 채 형식적으로 자회사에 양도한 경우에는 정당한 사유가 있다고 볼 수도 있는데도 처분청이 이건 부동산을 정당한 사유없이 매각한 것으로 보아 과세면제한 세액을 추징하고 이건 토지에 대하여 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의3제2항제1호, 제112조제2항, 제128조의2제2항제1호, 구지방세법시행령 제84조의4제1항의 규정을 종합하면, 국가 및 지방공업단지내에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득·등기하는 공장용 토지 및 그 취득·등기일로부터 2년 이내에 취득하는 공장용 건축물에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하는 것이나 취득·등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 과세면제한 취득세와 등록세를 추징하고 토지에 대하여는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 1992.6.23. 이건 토지를 취득하고 1994.12.2. 이건 토지상에 공장용 건축물을 신축 취득하였으며, 1995.6.21. 설립등기를 하고 설립된 청구외 (주)ㅇㅇ와 1995.6.26. 시화공장에 대한 포괄적 사업양도·양수약정서를 체결하고 이러한 약정서에 근거하여 1995.6.30. 이건 부동산에 대한 매매계약을 체결, 이건 부동산을 청구외 (주)ㅇㅇ에 매각한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 법인등기부상에서 볼 때 청구인의 임원은 이사 3명(ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ)과 감사 1명(ㅇㅇㅇ)로 등재되어 있고, 청구외 (주)ㅇㅇ의 임원은 설립당시 이사 3명, 감사1명으로 등재되어 있었으며, 대표이사는 ㅇㅇㅇ으로 동일하게 등재되어 있다가 1995.9.21. 청구외 (주)ㅇㅇ는 대표이사를 ㅇㅇㅇ으로 변경등기한 사실을 알 수 있으므로, 청구인과 청구외 (주)ㅇㅇ의 경영은 사실상 동일한 경영진에 의하여 이루어짐을 알 수 있으며, 청구인은 이건 부동산을 법인 분리로 인하여 형식적으로 양도한 것에 불과하므로 사실상 매각하였다고 볼 수 없다고 주장하지만 비록 동일한 경영진에 의하여 경영되는 법인이라 하더라도 청구외 (주)ㅇㅇ는 법률상 독립된 법인격을 갖추고 있으므로 이건 부동산을 청구외 (주)ㅇㅇ에 양도한 것은 법률상 적법한 양도·양수가 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠으므로 사실상 매각이 아니라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나, 1994.12.2. 청구인이 이건 토지상에 공장용 건축물을 신축 취득하고 기존의 부천공장을 이전하여 운영하다가 1995.6.21. 별도의 법인을 설립하고 신설법인인 청구외 (주)ㅇㅇ에 시화공장에 대한 모든 인적·물적설비를 포괄 양도하여 청구외 (주)ㅇㅇ가 동일하게 공장으로 사용하고 있으며, 국가 및 지방공업단지의 활성화를 위하여 입주업체에 대하여 취득세 및 등록세를 감면하는 입법취지와 법률상으로는 매각이 이루어졌지만 사실상 청구인이 이건 부동산을 공장용으로 사용하고자 한 취득목적이 그대로 유지되고 있다고 볼 수 있는 점을 고려할 때 청구인이 이건 부동산을 매각한데는 정당한 사유가 있다(참조판례 대법원 판결 1992.6.9. 91누10725)고 할 것인데도 처분청이 이건 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 이건 토지에 대하여 취득세를 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 4. 29. 행 정 자 치 부 장 관