[주 문] 처분청이 1997.10.10. 청구인에게 부과 고지한 토지분 취득세 137,418,180원, 등록세 27,483,680원, 교육세 5,038,660원, 합계 169,940,470원(가산세 포함)과 건물분 취득세 3,503,420원, 농어촌특별세 321,140원, 등록세 1,401,370원, 교육세 256,910원, 합계 5,482,840원(가산세 포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.5.31.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ읍ㅇㅇ리ㅇㅇ번지 공장용지 8,246㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 그 지상에 공장 건축물 683.04㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)를 1996.1.4 신축하여 공장용에 사용하다가 1997.5.1. 청구외 (주)ㅇㅇ에 임대하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용으로 보아 그 취득가액(763,434,380원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 137,418,180원과 과세면제하였던 등록세 27,483,630원, 교육세 5,038,660원, 합계 169,940,470원(가산세 포함)을, 이건 건물에 대하여는 과세면제 대상에 해당되지 아니한다고 보아 그 취득가액(145,976,264원)에 구지방세법(1997.8.30 법률 제5406호로 개정되기 전의 것)제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 3,503,420원, 농어촌특별세 321,140원, 등록세 1,401,370원, 교육세 256,910원, 합계 5,482,840원(가산세 포함)을 1997.10.10. 각각 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 각종 지류 제조·가공 및 판매 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 처분청은 청구인이 1994.5.31. 경산 진량지방공업단지내의 이건 토지를 취득한 후 1996.1.4. 그 지상에 공장 건축물을 신축하여 공장용에 사용하다가 1997.5.1. 청구외 (주) ㅇㅇ에 임대하였다는 이유로 이건 토지 및 건물(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 과세면제하였던 취득세와 등록세 등을 추징하고, 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하였으나, 청구인의 경우 이건 부동산의 일부만 청구외 (주)ㅇㅇ에 임대하였고, 설령 청구인이 이건 부동산 전체를 임대 하였다고 하더라도 1996.1.1. 부터 시행되는 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제276조제1항에 의하면 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 공업단지 안에서 공장을 신축하고자 하는 자는 물론 공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자가 공장용 부동산을 취득하여 2년 이내에 공장용에 사용하다가 그 기간을 경과하여 임대한 경우는 과세면세된 취득세와 등록세를 추징할 수 없다고 규정하고 있는데도 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 토지를 취득한 후 건축물을 신축하여 2년 이내에 공장용에 사용하다가 그 기간을 경과하여 임대한 경우 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계 법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제479호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의3제2항에서 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다...”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 국가공업단지 및 지방공업단지...안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지 취득일로 부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지와 건축물...다만, 최초의 공장용토지의 취득일로 부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조제1항에서 “산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 공업단지...안에서 공장을 신축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세·등록세...를 감면한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(...) 또는 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 규정하고, 나목에서 “가목의 토지 취득일로 부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구지방세법 제112조의3에서 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 법인의 비업무용 토지가 된 경우(...)에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정의 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로 부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항...의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다...”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “내무부령이 정하는 부동산 임대용으로 취득한 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지”라고 규정하고, 다목에서 “부동산 임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 지상정착물 연면적이 100분의 10 이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지...”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 지방공업단지내의 공장용지를 취득한 후 그 지상에 공장건축물을 신축하여 공장용에 직접 사용하다가 임대하였으므로 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징하고, 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 부동산의 일부만 임대하였고, 설령 이건 부동산 전체를 임대하였다고 하더라도 1996.1.1 부터 시행되는 구지방세법 제276조제1항에 의하면 공업단지 안에서 공장을 신축하고자 하는 자는 물론 공장용 부동산을 임대하고자 하는 자가 공장용 부동산을 취득하여 2년 이내에 공장용에 사용하다가 그 기간을 경과하여 임대한 경우는 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징할 수 없는데도 이건 부동산 전체를 임대하였다는 이유로 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법(1994.12.22. 법률제4794호로 개정되기 전의 것) 제110조의3제2항제1호에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 지방공업단지 안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지 취득일로 부터 2년 이내에 취득하는 건축물에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 최초의 공장용 토지의 취득일로 부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 지방공업단지 안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해지역 내에서 토지를 최초로 취득한 날로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하다가 당해 기간을 경과하여 임대한 경우는 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 없다고 할 것인 바, 청구인의 경우 공장 신축 목적으로 경산진량지방공업단지내의 이건 토지를 1994.5.31. 취득한 후 1996.1.4. 공장용 건축물을 신축하여 1997.5.1. 청구외 (주)ㅇㅇ에 임대하였으나, 이건 토지 취득일로 부터 2년 이내에 공장용 건축물을 신축하여 공장용에 사용하다가 이건 토지 취득일로 부터 2년 11월이 경과한 1997.5.1. 임대하였으므로 취득세와 등록세 추징 대상에서 제외된다 하겠고, 또한 이건 토지가 지방세법시행령 제84조의4제3항제1호다목의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지에 해당된다 하더라도 면제된 취득세를 추징하고 나아가 법인의 비업무용 토지에 해당된다 하여 중과세율에 의한 취득세를 추징하기 위하여는 먼저 면제된 취득세의 추징 요건의 충족을 전제로 하므로 면제된 취득세의 추징요건에 해당되지 아니하여 면제된 취득세를 추징할 수 없다면 나아가 법인의 비업무용토지에 대한 취득세 중과 규정인 지방세법 제112조제2항, 제112조의3에 따른 추징도 할 수 없다(대법원 1993.3.23, 92누8019)할 것이므로, 면제된 취득세의 추징요건을 갖추지 못하여 취득세 추징 대상에서 제외된다면 이건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당되더라도 취득세를 중과할 수 없는데도 이건 토지에 대하여 취득세를 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠고, 다음으로 이건 건물에 대하여 과세면제된 취득세와 등록세를 추징한 처분이 적법한지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제29조제1항제1호 및 제2호에서 취득세의 납세의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때, 등록세의 납세의무는 재산권 기타 권리를 등기·등록하는 때 성립한다고 규정하고 있으므로 세법의 적용은 납세의무 성립 당시 시행되는 법령을 적용해야 하나, 세법이 개정된 경우에 개정된 세법 부칙에『이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여...부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다』라는 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로 마땅히 구법을 적용하여야 할 것(같은취지의 대법원 판결 1994.5.24. 93누5666 및 1996.4.10, 89누4468)인 바, 청구인이 이건 토지를 취득(1994.5.31)할 당시 시행되던 지방세법 제276조제1항 단서에 “『최초토지』 취득일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 규정되어 있다가 1995.12.6. 법률 제4995호로 지방세법이 개정 되면서 청구인에게 불리하게 “『공장용 부동산』의 취득일부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우 또는『제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우』에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 개정되었으나, 청구인이 이건 건축을 신축하는 과정에서 지방세법 관련 규정이 청구인에게 불리하게 개정되었다고 할 것이므로, 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정된 것) 부칙 제8조의『이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다』는 경과 규정에 따라 이건 토지 취득 당시 시행되던 구법을 적용하여야 하므로 청구인과 같이 토지 취득일(1994.5.31)로부터 2년 이내인 1996.1.4. 이건 건물을 신축하여 공장용에 사용하다가 당해 건물을 최초 토지 취득일로부터 2년 11월이 경과한 1997.5.1. 임대한 경우는 과세 면제된 취득세와 등록세 추징대상에 해당되지 않는다 할 것이므로 처분청이 이건 건물에 대하여 과세 면제한 취득세와 등록세 등을 추징한 처분 또한 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 4. 29. 행 정 자 치 부 장 관