[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.10.21.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 10필지 토지 6,755.31㎡와 그 지상의 병원(500병상 규모의 종합병원)건물 27,254.52㎡ 및 의사사택과 사원용 아파트(이하 “이건 부속병원”이라 한다)를 청구외 (재)ㅇㅇ병원으로부터 취득(증여)하였으므로 취득세 및 등록세를 비과세하였으나, 청구인이 교육부로부터 1998년도 의예과 정원 승인인가(1997.12. 확정)를 받지 못하여 의과대학을 설립하지 아니한 상태에서 이건 부동산을 수익사업에 사용하고 있으므로 취득세 및 등록세의 비과세 대상에 해당되지 아니한다고 보아 이건 부속병원의 시가표준액(7,279,734,585원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제2호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 174,713,620원, 농어촌특별세 16,015,400원, 등록세 131,035,210원, 교육세 24,023,120원, 합계 345,787,350원(가산세 포함)을 1998.2.13. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 비영리 학교법인으로서 청구외 (재)ㅇㅇ병원이 1997.9.22. 보건복지부장관으로부터 법인해산 허가를 받으면서 해산후 잔여재산인 이건 부동산을 설립 이념이 동일한 청구인에게 무상 증여하여 청구인이 의료기관으로 운영함으로서 활용도를 제고토록 한다는 조건으로 “법인해산 및 잔여재산 처분허가”(보허 제43-42호)를 받음에 따라 청구인이 1997.10.21. 이건 부속병원을 증여 취득하게 되었고 청구인은 같은해 교육부에 1998년도 의과대학의 설립인가를 신청하였으나 의료인력 정원에 관한 관련 부처간 협의과정에서 제외되어 1997년도에 승인을 받지 못하였지만 1998학년도부터 의과대학 인가요건을 500병상 이상의 종합병원을 소유한 대학에 우선한다는 교육부 방침이 있고, 청구인이 의과대학 설립추진을 포기하고 단순히 수익사업만을 운영할 계획이 아니고 의과대학 설립을 적극적으로 추진하고 있는 정당한 사유가 있다 할 것이며, 지방세법 제107조의 단서규정에서 3년의 유예기간을 두고 있고, 또한 유예기간내에 그 사업에 사용하였는지 여부를 판단함에 있어 정당한 사유가 있는지를 고려하도록 규정하고 있는데도 3년의 유예기간이 경과하기도 전에 의과대학 설립인가를 받지 못하였다 하여 이건 부속병원을 단지 수익사업에 사용한다고 하여 취득세 등의 과세대상으로 보아 이건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 학교법인이 부속병원을 취득한 후 의과대학 설립인가를 받지 아니한 상태에서 수익사업에 사용하는 경우 비과세한 취득세 등을 추징 고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제78조의2제1항에서 “법 제107조 본문단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 사업은 수익사업으로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “교육법 제85조제1항의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고서, 그 제2호에서 “교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제93조의2에서 “법 제127조제1항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업자를 말한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1997.10.21. 이건 부속병원을 취득한데 대하여 취득세 등을 비과세하였다가 1998년도 의예과 정원 승인인가를 받지 못하여 의과대학을 설립하지 아니한 상태에서 수익사업에 사용하고 있으므로 취득세 등의 비과세 대상에 해당되지 아니한다고 보아 취득세 등을 추징 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 비영리 학교법인으로서 청구외 (재)ㅇㅇ병원이 법인을 해산함에 따라 증여받은 이건 부속병원을 의과대학 부속병원으로 사용하고자 교육부에 1998학년도 의과대학 설립인가 신청을 하였으나 의료인력 정원에 관한 부처간 협의과정에서 제외되어 1997년도에는 승인을 받지 못했지만 의과대학 설립추진을 포기한 것이 아니고 계속적으로 추진하고 있으므로 유예기간(3년)이 경과되는 시점에서 취득세 등의 추징여부를 판단하여야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 지방세법시행령 제78조의2제2항제1호 및 제79조제1항제2호, 제93조의2 및 제94조제1항의 규정을 종합하여 보면, 비영리 학교법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하는 경우는 취득세 및 등록세를 부과하되 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 1992.9.21. 교육을 목적으로 설립된 비영리 학교법인으로서 청구외 (재)ㅇㅇ병원이 1997.9.22. 경쟁력 약화 사유를 들어 보건복지부장관으로부터 법인해산 및 잔여재산 처분허가를 받으면서 해산후 잔여재산은 설립이념이 동일한 청구인에게 무상 증여하여 청구인이 의료기관으로 운영토록 함에 따라 이건 부속병원을 취득(1997.10.21. 증여)하게 된 사실을 법인해산 및 잔여재산 처분허가서(보허 제43-42호)에서 알 수 있고, 청구인은 이건 부속병원을 취득하기 전부터 의과대학을 설립하고자 1997.7.7. 의과대학 설립본부를 설치(현동 81420-135)하고, 같은해 7.15. 청구외 (주)ㅇㅇ건축과 의·공학관 건축설계 용역계약을 체결(건설 '97-06호)하였으며, 같은해 7.27. 교육부에 1998학년도 의학과 신설(정원 40명) 승인요청(기획 81413-71)한 사실과 같은해 10월 포항시장외 90여명의 기관장 및 단체장 등이 참여하는 의과대학 설립 후원회를 구성(ㅇㅇ대 의과대학 설립 후원회 명단에서 입증됨)한 사실, 같은해 11.4. 청구외 (주)ㅇㅇ시추와 의·공학관 신축대지 지질조사 용역계약을 체결(건설 '97-12호)하는 등 의과대학을 설립하기 위하여 적극적으로 노력한 사실 등이 인정된다 할 것이나, 1997.12.27.결정된 1998학년도 의과대학 설립인가에서 청구인이 요청한 의학과 신설(정원 40명)인가가 되지 아니한 사실이 ‘98학년도 의과대학설립 최종인가 통지 협조요청에 대한 교육부의 회신(대학 81410-22)내용에서 입증되고 있으며, 관련부처(교육부 대학지원과 및 보건복지부 보건자원과)에 확인결과 1998학년도 의과대학 설립 또는 증원신청이 전체 23개대학으로서 불인가된 사유가 보건복지부의 의료인력 수급계획에 의한 사실을 알수 있고 결과적으로 이건 부속병원은 수익사업에 공하는 것이 되었다 할 것이며, 비영리사업자가 취득한 부동산을 수익사업에 사용하는 경우에는 정당한 사유 여부를 묻지 아니하고 취득세 등의 과세대상으로 보고 있으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것인 바, 처분청이 이건 부속병원을 의과대학 부속병원이 아닌 수익사업용 부속병원으로 보아 취득세 등을 추징 고지한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 4. 29. 행 정 자 치 부 장 관