[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1982.12.1.부터 대도시(ㅇㅇ도 ㅇㅇ시)내에서 공장(이하 “이전전 부동산”이라 한다)을 운영해 오다가 대도시 이외의 지역으로 공장을 이전할 목적으로 1993.6.14.ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지외 5필지 토지 20,589㎡ 및 그 지상건축물 5,857.52㎡(이하 “이전후 부동산”이라 한다)를 경락 취득한 후 1993.6.28. 등록세 등을 신고납부하였으나, 1994.1.29. 이전후 부동산이 비과세 대상에 해당된다고 보아 과오납한 등록세 등을 전액 환부하였고, 그후 세무조사 결과 청구인의 법인장부에서 이전전 부동산 가액보다 이전후 부동산 가액이 높은 사실을 확인하고 그 차액(669,278,435원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 16,062,670원, 등록세 24,094,020원, 교육세 4,417,230원, 합계 44,573,920원(가산세 포함)을 1997.10.17. 부과 고지하였으나 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청 결정기관인 충청남도지사는 청구인이 이건 부동산을 취득한 후 30일 이내에 등록세를 신고납부하였고, 그후 처분청은 이건 부동산이 비과세 대상이라고 보아 등록세를 환부하였다가 다시 부과 고지한 것이므로 등록세 가산세는 부과할 수 없다고 판단하여 당초 부과처분을 취득세 16,062,670원(가산세 포함), 등록세 20,078,350원, 교육세 4,015,670원, 합계 40,156,690원으로 1998.1.22. 경정 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1977.3.31. 타일생산 판매업 등을 목적으로 설립된 중소기업으로서 1982.12.1.부터 대도시(ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지) 내에서 공장을 운영해 오다가 대도시외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 이전후 부동산을 취득하였으므로 취득세 등의 비과세 대상에 해당된다 할 것이며, 이전전 부동산 가액과 이전후 부동산 가액의 차액에 대하여는 비과세 대상에서 제외하고 있는 사실은 알 수 있으나, 지방세법에서 그 가액의 비교시점에 대한 명문규정이 없고, 구지방세법시행령(1995.12.30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의3제1항에서 법 제111조제5항 및 제6항의 규정에 의한 취득가격이 서로 다른 경우에는 그중 높은 가격을 적용하도록 규정하고 있으므로 청구인의 이전전 부동산의 장부상 가액(160,421,565원)과 과세시가표준액(1,118,651,240원)중 높은 과세시가표준액을 이전후 부동산 가액(829,700,000원)에 비교하면 차액이 없어 취득세 등을 부과할 수 없다 할 것인데도 1982년도에 취득한 후 자산재평가법시행령 제1조제5항의 규정에 의하여 자산재평가를 할 수 없어 그 당시 취득가액을 계속하여 계정해 온 이전전 부동산의 장부가액과 이전후 부동산의 장부가액을 단순히 비교하여 그 차액을 과세표준으로 보아 이건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다 할 것이며, 또한 처분청이 당초 이건 부동산이 취득세 등 비과세 대상에 해당된다고 보아 비과세 확인서를 발급하였다가 그후 다시 이건 취득세 등을 부과 고지하면서 취득세 가산세까지 포함하여 부과한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소 또는 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 대도시외로 공장을 이전한 경우 이전전 부동산 가액과 이전후 부동산 가액을 법인장부 가액을 비교하여 그 차액을 과세표준으로 보아 취득세 등을 부과 고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계 법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의2제1항에서 “대통령령이 정하는 대도시내에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 대통령령이 정하는 지역으로 이전하여 당해 사업을 계속 영위하기 위한 경우의 부동산 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조의6제1항에서 “법 제110조의2제1항에서 ‘대도시’라 함은 수도권...를 말한다...”라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 “제1항에서 수도권이라 함은 다음 각호의 지역을 말한다”라고 한 다음, 그 제3호에서 “...부천시...”라고 규정하고 있고, 같은령 제79조의7에서 “법 제110조의2제1항의 규정에서 ‘대통령령이 정하는 지역’이라 함은 법령의 규정에 의하여 공장설치가 금지 또는 제한되지 아니한 지역을 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법시행규칙(1994.12.31. 내무부령 제633호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의4제1항에서 “법 제110조의2제1항의 규정에 의한 취득세 비과세 부동산은 제47조의2의 규정에 의한 공장의 경영자가 공장시설(...)을 이전하기 위하여 대도시외의 영 제79조의7의 지역에서 취득한 부동산으로서 당해 부동산 취득자가 경영하는 공장시설이 다음 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다. 다만, 공장이전을 위하여 취득한 부동산 가액이 이전전 공장의 부동산 가액을 초과하는 그 초과부분과 이전하여 사업을 개시한 날 이후에 취득한 부동산(...)에 대하여는 취득세 비과세 부동산으로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대도시내의 이전 대상이 되는 공장시설은 대도시외의 영 제79조의7의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날로부터 소급하여 6월(...)이상 계속하여 조업한 실적이 있을 것...”이라고 하고, 그 제2호에서는 “대도시외의 영 제79조의7의 지역에서 그 사업을 개시한 날(...)로부터 6월 이내 대도시내에 있는 당해 공장시설을 철거하거나 폐쇄하여 실질적으로 조업이 불가능한 상태에 있을 것”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 “제1항 본문 단서의 규정에 의하여 취득세가 비과세되지 아니하는 초과 부분의 산정기준은 다음과 같다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “이전공장용 부동산 가액과 이전전 공장용 부동산 가액이 각각 법 제111조제5항의 규정에 의한 법인장부 등에 의하여 입증되는 경우에는 그 차액”이라고 규정하고 있으며, 지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다...”라고 규정하고 있고, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(...)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조제9항에서 “...대도시내의 공장이 대도시외의 대통령령이 정하는 지역내로 이전하는 경우 그에 따른...부동산 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다...”라고 규정하고, 구지방세법시행규칙 제54조의3에서 “법 제128조제9항의 규정에 의하여 대도시내의 공장이 대도시외로 이전할 경우의 비과세 공장의 범위와 적용기준 등에 관하여는 제47조·제47조의2 및 제47조의4 내지 제47조의 9의 규정을 준용한다. 이 경우 ‘법 제110조의2’는 ‘법 제128조제9항’으로, ‘취득세’는 ‘등록세’로 ‘취득일’은 ‘등기·등록일’로 본다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 대도시내에서 공장을 운영하다가 대도시외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 이전후 부동산을 취득한 후 30일 이내에 등록세를 신고 납부함에 따라 징수 결정하였다가 이전후 부동산이 취득세 등 비과세 대상에 해당된다고 보아 납부한 등록세를 환부하였으나, 세무조사 결과 청구인의 장부상에서 이전전 부동산 가액보다 이전후 부동산 가액이 초과하는 사실을 확인하고, 그 차액에 대하여 취득세 등(가산세 포함)을 부과 고지하였으나, 청구인이 이의신청을 제기하자 충청남도지사는 이건 부과처분중 등록세 가산세 부과는 잘못되었다고 판단하여 이건 부과 처분을 경정 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이전전 부동산을 1982년도에 취득하였으며, 자산재평가법시행령 제1조제5항의 규정에 의하여 자산재평가를 할 수 없어 취득 당시의 가액을 계속하여 장부가액으로 관리해 왔으므로 이전후 부동산을 취득(1993.6.14.)한 연도의 과세시가표준액을 비교하여 그 차액을 산정하여야 함에도 단순히 장부가액만을 비교하여 그 차액에 취득세 등을 부과 고지한 처분과 비과세 확인서를 발급하였다가 취득세 등을 부과 고지하면서 취득세에 가산세까지 포함하여 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의2제1항 및 제128조제9항, 구지방세법시행령 제79조의6제1항 및 제2항, 구지방세법시행규칙 제47조의4 제1항 및 제2항의 규정을 종합해 보면, 대도시(ㅇㅇ도 ㅇㅇ시)내에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로 이전하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득(등록세)를 비과세하되 취득한 부동산의 가액이 이전전 공장의 부동산 가액을 초과하는 경우 그 초과부분에 대하여는 취득(등록)세를 부과하고 그 가격은 지방세법 제111조제5항의 규정에 의한 법인장부 등에 의하여 입증되는 경우 그 차액으로 한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제111조제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 대도시내인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 에서 1982년도에 이전전의 부동산을 취득하여 1982.12.1.부터 타이루 생산공장을 운영해 오다가 대도시외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 1993.6.14. 대도시외의 지역인 이전후 부동산을 대전지방법원으로부터 경락(92타경 12551, 1993.5.20.)받아 취득한 사실과 1993.10.26. 기존 공장을 폐쇄하고 1993.10.29. 공장을 정상적으로 이전한 사실이 경락허가 결정서 및 공장폐쇄·공장이전 확인서에서 입증되고 있으므로 이전후 부동산은 취득세 및 등록세 비과세 대상요건에 해당된다 하겠으나 이 경우 이전후 부동산의 취득시점을 기준으로 그 취득가액이 이전전 부동산의 가액을 초과하는 부분에 대하여는 취득세 등을 부과하고, 그 가액은 법인장부에서 입증되는 가액으로 산정하는 것이므로 이전후 부동산을 취득한 1993.6.14.에 청구인의 장부에 이전전 부동산 가액이 160,421,565원(토지 18,892,326원, 건물 141,529,239원)으로 계정되어 있고, 이전후 부동산의 가액은 829,700,000원(토지 358,414,680원, 건물 471,285,320원)으로 계정된 사실이 제출된 법인장부에서 명백히 입증되고 있는 이상, 그 차액(669,278,435원)은 취득세 등의 비과세 대상에 해당되지 아니한다 할 것이며, 청구인의 주장대로 이전전 부동산에 대한 자산재평가를 할 수 없어 1982년도 취득 당시의 가액을 계속하여 이월계정 관리해 왔다 하더라도 자산재평가법시행령 제1조제5항에서 규정하고 있는 이전전 부동산을 취득한 이후 도매물가지수가 100분의 25 이상이 증가되지 아니하여 자산재평가를 하지 못한 것일뿐 달리 볼 것은 아니라 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 또한 청구인은 이전후 부동산을 취득(1993.6.14.)한 후 30일 이내 등록세는 신고납부하였으나 취득세는 신고납부한 사실이 없고, 30일이 훨씬 경과한 1993.12월에서야 취득세 등 비과세 신청을 하여 1993.12.30. 처분청이 비과세 확인서를 발급해 준 사실이 제출된 취득세 및 등록세 비과세 확인서에서 입증되고 있는 이상, 취득세 가산세의 부과처분이 부당하다는 주장도 받아들일 수 없다 할 것이므로 처분청이 청구인의 장부가격을 기준으로 이전후 부동산의 취득가격이 이전전 부동산의 가격을 초과하는 부분에 대하여 취득세 등을 부과 고지한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 4. 29. 행 정 자 치 부 장 관