[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1992.3.14.부터 1994.4.26.까지 청구외 ㅇㅇ개발공사로부터 연부취득(등기)한ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 3,600㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 1996.4.19. 이건 토지상에 신축 취득(등기)한 건축물 11,996.26㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)에 대하여 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 비과세하였으나, 취득(등기)일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 5년 이내인 1996.6.8. 청구외 사회복지법인 한국ㅇㅇ 전국연맹 분당사회관(이하 “사회복지법인”이라 한다)에 증여하였으므로 비과세한 취득세 및 등록세의 추징대상에 해당됨은 물론 법인의 비업무용토지에 해당된다고 보아 이건 토지 취득가액(997,438,184원) 및 이건 건축물의 취득가액(6,594,575,650원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항, 제131조제1항제3호(2)목·제4호 및 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 337,808,670원, 농어촌특별세 14,508,060원, 등록세 99,215,680원, 교육세 18,189,530원, 합계 469,721,940원(가산세 포함)을 1997.9.22. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 선교사업과 청소년 교육, 체육, 사회봉사 등의 사업을 목적사업으로 하는 법인(1954.12.6. 설립)으로서 사회복지사업을 영위하고자 청구외 ㅇㅇ개발공사로부터 사회복지시설용지로 지정된 이건 토지를 사회복지관시설 특약조건으로 연부 취득한 후 1995.9.13. 사회복지법인 설립허가를 받아 그 지상에 이건 건축물을 신축하여 사회복지법인 설립허가 조건인 기본재산 이전을 이행하기 위하여 1996.6.8. 이건 토지 및 건축물을 청구외 사회복지법인에 증여 형식으로 소유권 이전등기(1996.6.11.)를 하였으나, 그 사회복지법인은 사회복지사업을 영위하기 위하여 청구인이 설립한 법인으로서 이사의 선임권이 청구인에게 있고 청구인의 이사장 및 총무가 당연직 이사가 되는 등 사실상의 운영권이 청구인에게 있으므로 청구인이 직접 사용하는 것이 되고, 또한 사회복지관설치운영규정(보건복지부 훈령 제568호) 제36조에 의거 사회복지법인의 운영에 관한 지도·감독을 경기도지사 및 성남시장으로부터 받고 있으며, 이건 토지 및 건축물을 당초 취득목적대로 사용하고 있는데도 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세한 취득세 및 등록세를 추징 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인이 토지를 취득한 후 사회복지관을 건립하여 당해 법인이 설립한 사회복지법인에게 증여한 경우 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,...취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정한 다음, 그 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고 있고, 같은항 제2호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지. 다만, 당해 법인의 고유업무에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하는 토지는 그러하지 아니하다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 토지 및 건축물을 취득(등기)한데 대하여 취득세 및 등록세를 비과세하였으나, 취득일로부터 3년 이내에 직접 사용하지 아니하고 5년 이내에 정당한 사유없이 청구외 사회복지법인에 증여하였으므로 비과세한 취득세 및 등록세 등을 추징하면서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 선교사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 사회복지사업을 영위하고자 사회복지시설용지인 이건 토지를 취득하여 별도의 사회복지법인을 설립하고 사회복지관용 건축물을 신축한 후 이건 토지 및 건축물을 사회복지법인 설립 조건에 따라 청구인이 설립한 사회복지법인에 증여하여 당초 취득목적대로 사용하고 있으므로 청구인의 목적사업에 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호 및 지방세법시행령 제79조제1항제1호, 제94조제1항의 규정을 종합하여 보면, 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득(등록)세를 비과세하되, 취득(등기)일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 취득(등록)세를 부과하도록 규정하고 있고, 여기에서 ‘그 사업에 사용하는 경우’라 함은 당해 법인이 고유업무에 직접 사용하는 것을 뜻한다 할 것인 바, 청구인이 취득한 이건 토지는 청구외 ㅇㅇ개발공사에서 조성한 사회복지시설(종합사회복지관)용지로서 사회복지관 설치운영규정(보건복지부 훈령 제568호)에 따라 해당시설 설치 용도로 사용되어야 한다는 특약조건으로 1992.3.14.부터 1994.4.26.까지 연부취득한 후 그 지상에 이건 건축물을 신축 취득한 사실에 대하여는 용지매매계약서 및 건물등기부 등본에서 알 수 있고, 또한 청구인은 재산유지관리, 선교사업, 청소년문화사업 등을 목적사업으로 하는 재단법인으로서 사회복지사업을 하려면 별도의 사회복지법인을 설치하여야 함에 따라 1995.9.13. 경기도지사로부터 사회복지법인 설립허가를 받았고, 그 법인 명칭을 사회복지법인 한국ㅇㅇ전국연맹 분당사회관 으로 한 사실과 청구외 사회복지법인의 정관 제16조제2항에서 청구인의 이사장 및 총무가 청구외 사회복지법인의 당연직 이사가 되도록 규정하고 있는 사실 등은 사회복지법인 설립허가증 및 사회복지법인의 정관에서 알 수 있다 하겠으나, 청구인은 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 종교법인이고, 청구외 사회복지법인은 사회복지법 제12조의 규정에 의하여 설립된 법인이므로 법인격이 서로 다르다 할 것이며, 청구인의 이사장 및 총무를 청구외 사회복지법인의 당연직 이사로 두고 있다하여 이를 달리 볼 것은 아니라 할 것이므로 종교법인인 청구인이 이건 토지 및 건축물을 취득(등기)한 후 직접 사용하지 아니하고 청구외 사회복지법인에 증여(1996.6.8.)한 사실이 등기부 등본 등에서 입증되고 있는 이상, 이건 토지 및 건축물을 청구인이 직접 사용하였다고 볼 수 없다 하겠으므로 비과세한 취득세 및 등록세의 추징대상이 된다 할 것이며, 다음으로 구지방세법 제112조제2항, 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호라목 및 제2호에서 법인이 토지를 취득한 후 1년(비영리사업자가 취득한 토지는 3년) 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 5년 이내에 정당한 사유없이 매각하는 경우는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 여기에서의 정당한 사유 라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 뜻한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26, 92누8750)할 것인 바, 청구인의 경우는 이건 토지가 사회복지시설용지로 지정된 토지인 사실을 알고 취득하였으나 종교법인인 청구인이 사회복지관을 설치 운영할 수 없으므로 직접 사용하지 못하고 청구외 사회복지법인을 별도로 설립하여 증여하였음은 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없고, 이건 토지를 취득한 날(1992.3.14～1994.4.26.)부터 2년간 직접 사용하지도 아니하였을 뿐만 아니라 5년 이내인 1996.6.8. 정당한 사유없이 증여한 이상, 이건 토지는 법인의 비업무용토지에 해당된다 하겠으므로 처분청에서 청구인이 취득(등기)한 이건 토지 및 건축물에 대하여 당초 비과세한 취득세 및 등록세를 추징하고 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 3. 25. 행 정 자 치 부 장 관