[주 문] 처분청이 1997.9.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 46,170,520원, 농어촌특별세 3,831,320원, 등록세 15,094,800원, 교육세 2,767,380원, 합계 67,864,020원(가산세 포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.8.6. 및 10.10.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 2필지 토지 426㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 394.35㎡(이하 이건 토지를 포함하여 “이건 부동산”이라 한다)를 ㅇㅇ사무실 및 복지회관 건립을 목적으로 취득(등기)하였으므로 취득(등록)세를 과세면제 하였으나, 취득(등록)한 날부터 1년 이내 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 부동산 취득가액(419,300,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항의 일반세율을 각각 적용하여 추징세액을 산출하고, 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(231,457,336원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 46,170,520원, 농어촌특별세 3,831,320원, 등록세 15,094,800원, 교육세 2,767,380원, 합계 67,864,020원(가산세 포함)을 1997. 9.10. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 신용사업 및 문화복지 후생사업 등을 목적사업으로 하는 ㅇㅇ로서 신용사업의 영업장 확장과 문화복지 후생사업(무료예식장, 취미교실, 독서실 등)을 시행하고자 청구인 소유의 대지(57평)와 연접된 대지 1필지, 사도 2필지, 국유도로 1필지를 합필하여 그 지상에 3층 건물을 신축할 계획으로 1994.4. 10.부터 5회 정도 사도 및 국유도로의 행정처리 문제를 관할구청 관계부서에 사전 협의한 결과 토지이용의 효율성 극대화 차원에서 적극적인 행정지원을 하겠다는 약속을 받고 1994.8.6. 사도 2필지 토지(128㎡)와 같은해 10.10. 대지 294㎡를 취득한 후 같은해 10.12. 처분청에 사도 및 국유도로의 용도를 폐지하는 대신 그 대체 도로(6m)를 확보하여 기부채납하는 조건(공증인 인증서 첨부)의 건의를 하여 같은해 10.19. 처분청으로부터 대체 도로(5m 이상) 신설을 위한 편입토지의 분할측량 실시후 구비서류를 갖추어 기부채납하는 조건으로 사도 등에 대한 용도폐지를 추진하겠다는 통보를 받고 같은해 11.8. 측량성과도 작성을 위한 측량을 실시하고, 같은해 12.30. 이건 토지상의 건물임차인(세탁소, 다방, 문방구 등 8세대)들의 명도조치를 하였으며, 1995.2.16. 기부채납할 대체도로 면적 및 경계확정을 위한 기존 건축물 철거 및 임시사무실 설치공사를 착공하고, 1995.3.20. 신설도로 면적 및 경계확정을 위한 측량을 실시하는 등의 노력으로 1995.5.23. 사도 및 국유도로의 폐지허가 통보를 받았고, 1995.6.3. 처분청은 국유도로의 용도폐지에 따라 국토관리청에 양여신청을 하여 1995.9.6. 국토관리청으로부터 기부채납 및 국유재산 양여 결정통보를 받음으로써 비로소 이건 토지상에 건축을 할 수 있게 되어 1996.1.5. 건축허가를 받고 1996.2.8. 착공하였는 바, 이는 적극적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 정당한 사유에 해당되는데도 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 과세면제된 취득세 및 등록세를 추징 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제11호에서 “ㅇㅇ법에 의하여 설립된 새마을 금고”라고 규정하고, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령이 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다.... ”라고 규정하고 있으며,지방세법시행령제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 그 제1호(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 “법인이 토지를 취득한 날로부터 다음 각목에 정하는 기간내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정한 다음, 그 마목(1995.12.30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 “가목 내지 라목이외의 토지는 1년”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조의2제1항에서 “법 제110조의3제1항각호의 법인의 부동산에 관한 등기 또는 등록(...)에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 부동산을 취득한데 대하여 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 취득(등록)일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 면제된 취득세 및 등록세를 추징하고 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 부동산을 취득한 후 사도 및 국유도로의 용도폐지 및 기부채납할 대체 도로의 신설을 위한 분할측량, 지상건물 임차인들의 명도추진, 기존 건축물의 철거작업 등 적극적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의3제1항제11호, 제128조의2제1항 및 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호마목의 규정을 종합하여 보면, ㅇㅇ법에 의하여 설립된 ㅇㅇ가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득(등록)한 부동산에 대하여는 취득(등록)세를 면제하되, 1년 이내 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우는 면제된 취득(등록)세를 추징하고 취득한 토지를 정당한 사유없이 1년 이내 사용하지 아니하는 경우는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으며, 여기에서의 『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인 바(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26, 92누8750), 청구인의 경우 ㅇㅇ법에 의하여 설립된 법인으로서 신용사업의 영업장 확장과 문화복지후생사업(무료예식장, 취미교실, 독서실 등)을 하기 위한 건축물을 신축하고자 이건 부동산을 취득(1994.8.6. 및 10.10.)하였으나 이건 토지의 일부가 사도 및 국유도로로서 용도폐지 및 양여를 받지 않고는 그 지상에 건축을 할 수 없었으므로 1994.10.12. 사도 및 국유도로를 용도폐지하는 조건으로 건축선 옆에 직선도로(6m)를 신설하여 기부채납하기로 하여 기존의 사도 및 국유도로의 용도폐지를 신청하였고, 같은해 10.19. 대체 도로의 신설을 위한 편입토지의 분할측량 후 기부채납을 조건으로 용도폐지를 추진하겠다는 처분청의 회신(건설 45516-2989호)을 받고 같은해 11.8. 분할측량 실시, 같은해 12.30. 이건 토지상의 건물임차인들(8세대)에 대한 명도실시, 1995.2.16. 청구외 ㅇㅇ(주)와 기부채납할 대체 도로의 면적 및 경계확정을 위한 기존 건축물의 철거 및 임시사용할 사무실 설치공사 계약을 체결(공사기간 1995.2.24～1995.3.20.)하여 공사를 완료한 후 1995.3.20. 대체 도로의 경계확정 측량을 추진한 사실(법인장부에서 측량비 등 지급사실이 인정됨)을 알 수 있고, 그 후 1995.5.23. 처분청에서는 사도 및 국유도로의 용도폐지 허가를 하고, 같은해 6.10. 부산지방국토관리청에 국유재산 양여신청을 하여 승인을 받은 후 1995.9.6. 청구인에게 용도폐지된 도로를 청구인의 건물 신축부지로 사용하고 청구인이 개설한 폭 6m의 현황도로를 기부채납하라는 내용의 ‘기부채납 및 국유재산 양여결정 통보’ (건설 45532-2273호)를 함에 따라 그때부터 이건 토지상에 건축이 가능했던 사실을 알 수 있다 할 것인 바, 일련의 과정을 살펴볼 때, 청구인은 ㅇㅇ 사무실 및 복지회관을 건립하고자 이건 부동산을 취득하게 되었으나 이건 토지의 중앙부분에 사도 및 국유도로가 있어 그 도로의 용도폐지가 선행되지 않고는 사용할 수 없음을 인지하고 이건 부동산을 취득하기 전부터 처분청에 수차 상담을 하였고 처분청에서는 청구인의 건축계획이 국토이용의 효율성 면에서 타당하다고 판단하여 적극적으로 행정지원을 한 사실에 대하여 수긍이 가고, 이에 청구인은 사도 및 국유도로의 용도폐지, 임차인 명도, 기존 건축물 철거 및 임시사무실 설치, 기부채납할 대체도로 개설, 용도폐지된 도로의 양여에 이르기까지 1년여간 적극적인 노력과 추진을 다한 점, 1996.1.5. 건축허가를 받아 1996.2.8. 착공한 점 등을 종합적으로 판단해 볼 때, 이건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것인데도 처분청이 이건 부동산을 취득(등기)한 후 1년 이내에 직접 사용하지 아니하였다 하여 감면한 취득세 및 등록세를 추징하고 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 2. 24. 내 무 부 장 관