[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.2.16. 축산물 종합유통센타를 건축하고자ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지 외 2필지 토지 133,626㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 수원지방법원으로부터 경락받아 취득하였으므로 지방세법 제290조제2항제3호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나 1997.5월 법인 세무조사에서 이건 토지중 66,116㎡(이하 “이건 쟁점 토지”라 한다)를 고유업무에 사용하지 아니하고 임대용에 공하고 있음이 확인되어 이건 쟁점 토지의 안분 계산한 취득가액(1,138,003,080원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 27,312,070원, 농어촌특별세 2,503,600원, 등록세 40,968,100원, 교육세 7,510,810원, 합계 78,294,580원(가산세 포함)을 1997.8.8. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1996.2.16. 축산물 종합유통센타(사료공장, 판매전시장, 가축시장, 물류창고, 육가공공장, 냉동·냉장창고 등)을 건립하고자 이건 토지를 수원지방법원의 경락으로 취득하였으며, 축산물 유통센타 건립계획은 1996년～2002년까지 총 사업비 61,926백만원을 투자하고자 하는 대규모 사업계획으로서 이건 토지 취득후 축산물 종합유통센타 건립에 법적 제한이 없는지 1996.9.3. 건설교통부장관에게, 1996.9.12. 통상산업부장관에게 질의 회신을 받았고, 이건 토지는 취득 당시 국토이용관리법상 준농림지역으로 축산물 유통센타를 건축하기 위하여는 국토이용계획의 변경허가를 득하여야 공사 착공이 가능한 토지로서 1996.10.1. 청구외 (주)ㅇㅇ연구소에 축산물 종합유통센타 건립에 따른 환경성 검토용역을 의뢰하였으며, 1996.10.16. 국토이용계획 변경허가 신청을 하고 취득일로부터 14개월이 경과한 1997.4.17. 국토이용계획 변경허가를 득하였으며, 이러한 절차와는 별도로 이건 토지의 일부를 점유하여 논농사를 하고 있던 청구외 ㅇㅇㅇ을 상대로 명도소송을 제기하였으며, 이건 쟁점 토지를 모래 채취장으로 사용하고 있던 청구외 ㅇㅇ외 1인에게 임대한 것은 이건 쟁점 토지가 염전부지로서 지반이 연약하므로 토사매립이 필요하고 청구인이 토목공사를 실시하기 전까지 토사매립을 조건으로 임대를 하는 것이 향후 청구인에게 경제적 가치가 있다고 판단하여 일시적으로 국토이용계획 변경허가를 받을 때까지 임대한 것에 불과하며 이건 쟁점 토지의 연약지반에 대한 토사매립을 위한 임대는 고유업무에 사용하기 위한 준비과정에 속한다고 볼 수 있는 점 등을 고려해보면 청구인이 이건 쟁점 토지를 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것인데도 처분청이 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 과세면제 법인이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 토지를 유예기간 이내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제290조제2항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “축산업협동조합법에 의하여 설립된 축산업협동조합(중앙회를 제외한다)”이라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1996.2.16. 이건 토지를 취득한 후 이건 쟁점 토지를 정당한 사유없이 1년 이내에 고유업무에 사용하지 아니하고 청구외 ㅇㅇ외 1인에게 임대하였으므로 이건 쟁점 토지에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 축산물 종합유통센타를 건립하기 위하여 이건 토지를 취득한 후 국토이용계획 변경허가를 받기 위해 정상적인 노력을 하여 왔으며, 이건 쟁점 토지를 임대한 것은 이건 쟁점 토지를 모래 채취장으로 사용하고 있던 청구외 ㅇㅇ외 1인에게 이건 쟁점 토지를 임대하여 주고 이건 쟁점 토지의 연약지반을 매립하도록 하는 것이 청구인에게 경제적으로 유리하다고 판단하여 청구인이 토목공사에 착공할 때까지 일시적으로 임대한 것으로 이건 쟁점 토지에 대한 토사매립도 이건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 준비과정으로 볼 수 있으므로 이건 쟁점 토지를 유예기간 이내에 고유업무에 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것인데도 처분청이 이건 쟁점 토지에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제290조제2항 본문 및 제3호의 규정에서 축산업협동조합법에 의하여 설립된 축산업협동조합이 고유업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하지만 취득후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 사용하지 아니하는 부동산에 대하여는 과세면제한 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 여기에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고 그 법인의 내부적인 사유인 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다(같은 취지의 대법원 판결 1995.11.10. 95누7482)고 할 것인 바, 청구인의 경우 1996.2.16. 이건 토지를 취득하고서 이건 토지상에 축산물 종합유통센타를 건립하기 위하여 내부적으로 1996.8.12. 국토이용계획변경 기본설계 용역의뢰를 하고, 1996. 10.1. 환경성 검토 용역을 의뢰하여 1996.10.16.에서야 비로소 국토이용계획 변경허가 신청을 하였으며, 이건 토지상에 축산물 종합유통센타를 건립하기 위하여는 국토이용관리법상 준농림지역인 이건 토지를 준도시지역으로 변경허가를 받아야 한다는 사실은 이건 토지 취득일 이전에 이미 존재하였던 법령상의 장애사유이고 결국 이러한 장애사유로 인하여 유예기간이내에 고유업무에 사용하지 못하였다면 그 귀책사유는 청구인에게 있다 할 것이며, 달리 변경허가가 늦어진데 대하여 처분청의 귀책사유가 있다거나 다른 장애요인이 있었다고 볼 자료가 없으며, 또한 1996.2.16. 이건 토지를 모래 채취장으로 이미 사용하고 있던 청구외 ㅇㅇ 및 ㅇㅇ과 이건 쟁점 토지에 대한 임대계약을 체결하면서 임대기간을 1년으로 하고 임대계약 조건으로 1년간 2,000평 이상을 매립할 것을 약정하고 있는 사실은 알 수 있으나 청구인이 이건 토지 전부를 고유업무에 사용하기 위하여 적극적으로 토사매립과 지질조사 등 건축준비를 하지 아니한 채 유예기간(1년)동안 이를 임대하였을 뿐만 아니라 임대차기간 종료후 임차인들의 명도 지연으로 이건 쟁점 토지를 고유업무에 사용하는데 장애가 발생한 사실을 알 수 있으므로, 유예기간 이내에 이건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 건축준비 등 정상적인 노력을 기울였다고 볼 만한 다른 입증자료가 없고 국토이용계획 변경 허가를 받기 위하여 내부적인 절차만 거치다가 결국 유예기간이 경과하여 변경 허가를 받았으며 이건 쟁점 토지의 임차인인 청구외 ㅇㅇ외 1인이 임대조건에 따라 이건 쟁점 토지의 일부를 매립한 사실만으로 청구인이 이건 쟁점 토지를 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고는 볼 수 없으므로 처분청이 이건 쟁점 토지에 대하여 과세면제한 취득세 등을 부과 고지한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 2. 24. 내 무 부 장 관