[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.7.31.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 47필지상의 건축물 29,472.73㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 취득한 후 30일 이내에 취득세를 신고납부하지 아니하였으므로 이건 건축물의 신축가액(46,977,279,811원)에 구지방세법 제112조제1항(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 전의 것) 및 제3항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,381,478,920원, 농어촌특별세 309,968,900원, 합계 3,691,447,820원(가산세 포함)을 1995.11.16. 부과 고지하였으나, 이를 납부하고 청구인은 이건 부과 고지 처분에 대한 취득세 부과처분 취소 소송(서울고등법원 제9특별부 96구33732)을 제기하여 1997.7.11. 위 법원으로부터 처분청이 1995.11.16. 청구인에게 부과한 취득세, 농어촌특별세, 합계 3,691,447,820원을 취소한다라는 판결을 받았는데도 처분청은 다시 취득세 감면세액(2,817,899,100원)에 농어촌특별세법 제5조제1항의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세 619,937,800원(가산세 포함)중 588,940,910원을 1997.8.26. 환부할 세액(취득세, 농어촌특별세)에서 충당하고, 나머지 30,996,890원을 1997.10.15. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1990.9.28. 도시재개발법의 규정에 의거 도시재개발구역으로 지정 고시된ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 47필지 토지를 매수하고 1990.12.17. 서울특별시 고시 제412호에 의한 사업시행 인가를 받아 위 토지상에 업무용 빌딩을 신축(지하5층, 지상18층)하여 1995.7.31. 준공허가를 필하고 이건 건축물을 취득하였으나, 이건 건축물은 지방세법 제109조제3항 및 같은법 제7조제1항의 근거에 의하여 제정된 서울특별시세감면조례 제2조 규정에 의거 취득세·등록세가 과세면제에 해당하므로 청구인은 1995.8.10. 처분청에 취득세 감면신청을 하였으나 반려되었고, 처분청에서 1995.11.16. 이건 건축물에 대한 취득세 등 3,691,447,820원(가산세 포함)을 부과 고지하자 청구인은 이를 납부하고, 이건 부과고지 처분에 대해 불복하여 서울고등법원에 취득세 부과처분취소 소송(사건번호 96구33732)을 제기하여 1997.7.11. 위 법원으로부터 처분청이 부과한 취득세 등 3,691,447,820원은 취소한다라는 확정판결을 받았으므로, 면제된 취득세에 대해 부과하는 농어촌특별세도 농어촌특별세법 제4조, 같은법시행령 제4조제6항의 규정에 의거 비과세되어야 하는데도 과세 면제된 취득세를 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과 고지한 처분은 부당한 처분이라고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 농어촌특별세가 비과세 대상에 해당되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제109조제3항에서 “...도시재개발법에 의한 재개발사업의...관리처분 계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물...를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다...”라고 규정하고 있으며, 구농어촌특별세법(1995.12.29. 법률 제5031호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제2조제1항에서 “이 법에서 『감면』이라 함은...지방세법에 의하여...취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나, 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다”라고 규정한 후, 그 제1호에서 “비과세, 세액면제, 세액감면...”이라고 규정하고 있고, 같은법 제4조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제12호에서 “...공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국가경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하고 있으며, 같은법 제5조제1항에서 “농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당하는 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다”라고 규정하고서, 그 제1호에서 “과세표준:...지방세법에 의하여 감면을 받는...취득세 또는 등록세의 감면세액(...), 세율: 100분의 20”이라고 규정하고 있고, 구같은법시행령(1995.12.30. 대통령령 제14868호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조제6항에서 “법 제4조제12호에서 『대통령령이 정하는 것』이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다”라고 규정하고, 그 제5호에서 “지방세법...제109조...의 규정에 의한 감면”이라고 규정하고 있고, 그 제6호에서 “지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제및불균일과세에관한조례에 의한 감면중 제1호 내지 제5호와 유사한 감면으로 내무부장관이 재정경제원장관과 협의하여 고시하는 것”이라고 규정하고 있다. 그리고 내무부 고시 제1994-1002호(1995.1.1.)에서 “농어촌특별세법시행령...제6항제6호의 규정에 의하여 농어촌특별세가 비과세되는 『지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제및불균일과세에관한조례에 의한 감면』을 다음과 같이 고시한다”라고 규정하고서, 그 제6호에서 “도시개발사업에 대한 감면조례(전국 공통)”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제7조제2항에서 “지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다”라고 규정하고 있고, 서울특별시 도시개발 사업에 대한 시세과세면제에관한조례(1984.12.31. 조례 제1963호로 개정된 것) 제1조에서 “이 조례는...지방세법 제7조제1항의 규정에 의거 시세의 과세면제에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다”라고 규정하고, 제2조에서 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자...가 당해 사업을 시행하기 위하여 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1995.7.31. 이건 건축물을 신축 취득하고 취득세를 신고납부하지 아니하여 1995.11.16. 이건 건축물에 대한 신축가액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과 고지하였으나, 청구인이 이를 납부하고 이건 부과 고지 처분에 불복하여 취득세 부과처분 취소 청구소송을 제기 1997.7.11. 서울고등법원으로부터 처분청이 부과한 이건 취득세를 취소한다라는 확정 판결을 받았으므로 처분청은 이건 취득세 면제세액에 대해 농어촌특별세를 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 건축물이 지방세법 제109조제3항의 규정에 의거 취득세 등이 면제대상에 해당되고 면제된 취득세에 부과하는 농어촌특별세는 농어촌특별세법시행령 제4조제6항의 규정에 의거 비과세 대상인데도 이건 농어촌특별세를 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 청구인은 청구외 ㅇㅇ주식회사가 1986.12.23. 재개발사업 시행인가(서울특별시 고시 제929호, ㅇㅇ로 제2구역 제5지구 재개발사업 시행인가)를 받은 토지 3,599㎡중 3,241㎡는 1990.9.28, 나머지 토지 358㎡는 1991.7.10. 각각 매수한 후1990.12.27. 서울특별시로부터 위 재개발사업 시행자 명의변경 허가를 받아 1995. 7.31. 이건 건축물(지하5층, 지상18층)을 신축하여 취득한 다음, 이건 건축물중 10개층은 청구인이 직접 사용하고 나머지 8개층은 임대하고 있음을 알 수 있고 이에는 다툼이 없다 하겠다. 그렇다면 청구인은 도시재개발사업시행 고시 이전의 토지 또는 건물 소유자로서 그 소유권을 재개발사업 시행자에게 양도해 주었다가 그 재개발사업이 끝나고 관리처분계획에 의거 재개발사업시행 이전의 토지 또는 건물의 소유권을 형식적으로 되돌려 받은 경우에 해당하지 않으므로 이건 부동산의 취득은 지방세법 제109조제3항의 규정에 의한 취득세가 비과세 대상이라고 볼 수 없다. 또한 구농어촌특별세법 제4조제8호, 제12호 및 구같은법시행령 제4조제6항제5호, 제6호 소정의 농어촌특별세 비과세 취지가 위 지방세법 제109조제3항이나 시세과세면제및불균일과세에관한조례 등에 의해 그 소유권을 형식적 또는 어떤 사업목적을 위해 일시적으로 취득하는 것에 한해 농어촌특별세를 감면한다는 취지가 명백한 이상, 비록 청구인이 구서울특별시재개발구역내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에관한조례(1979.1.9. 조례 제1303호로 제정되었다가 1984.12.31. 조례 제1963호로 개정된 것) 제2조제1호와 위 개정조례 부칙의 일반적 경과규정에 의해 1997.7.11. 이건 취득세를 항소심에서 감면받았다 하더라도 청구인은 이건 건축물의 소유권을 재개발사업을 위해 일시적·형식적으로 취득하였다가 되돌려 준 것이 아니라 실질적이고 완전한 소유권을 취득하여 직접 사용·수익하고 있는 이상, 이건 건축물의 취득을 위 농어촌특별세법 제4조, 같은법시행령 제4조제6항의 규정에 의한 비과세 대상이라고 할 수 없다 하겠다. 비록 서울특별시장은 이건 이의신청 결정에서 청구인이 구서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례의 규정에 의해 이건 건축물에 대한 취득세를 감면받았기 때문에 이는 위 농어촌특별세법 제4조제12호 및 같은법시행령 제4조제6항의 규정에 의한 비과세 대상이 아니라고 한 잘못은 있으나, 이건 납세의무가 있다는 결과에는 정당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 1. 30. 내 무 부 장 관