[주 문] 처분청이 1997.6.10. 청구인에게 부과 고지한 등록세 76,505,230원, 교육세 15,301,040원, 합계 91,806,270원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1991.9.5.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지 1,006㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하고 1991.11.4. 소유권 이전등기를 한 다음, 1996.3.29. 이건 토지 소재지에 지점등기를 하고 1996.4.16. 부동산 임대업을 영위하기 위하여 청구외 ㅇㅇ세무서장에게 사업자 등록을 하였으므로 이건 토지에 대한 소유권 이전등기를대도시내에서 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 이건 토지 취득가액(1,107,305,000원)중 임대용에 공한 토지 안분가액(637,643,622원)을 과세표준으로 하여 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 76,505,230원, 교육세 15,301,040원, 합계 91,806,270원을 1997.6.10. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 화학섬유의 제조가공 및 판매업을 목적사업으로 1966.9.26. 설립된 법인으로서 이건 토지 소재지에 본점을 두고 공장을 경영해 왔으며, 이건 토지를 서울특별시로부터 임차하여 사용해 오던 중에 1991.9.5. 서울특별시로부터 취득하였으나, 이건 토지는 본점 설치 후 5년이 지난후에 취득한 부동산에 해당되며, 본점 사업용으로 사용해 오다가 1993.4.30. 정부의 방침에 따라 공장 및 본점을 충ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지로 이전하고 이건 토지는 청구인이 창고업, 임대업용 토지로 사용해 왔으며, 청구인은 공장을 지방으로 이전한 뒤에도 수출·수입 및 자재구입 등의 영업활동을 계속하기 위하여 1996.3.29. 본점을ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지로 이전하고, 같은날(1996.3.29.) 이건 토지상의 ㅇㅇ동 공장에 지점설치 등기를 하였으나, 청구인이 취득한 이건 토지는 본점 및 공장용 토지로 취득한 것이고 지점설치와는 무관한 토지이며, 단지 이건 토지를 본점용 공장 토지로 사용해 오다가 명칭만 지점으로 변경된 것인데도 처분청은 이건 토지를 지점설치 이전에 취득·등기한 일체의 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하고, 또한 이건 토지의 등록세 납세의무 성립시기는 그 권리를 등기하는 때에 발생하게 되므로, 이때로부터 5년이 경과하여 부과한 이건 등록세는 부과의 제척기간이 경과되었으므로 부당한 처분이라고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 대도시내에서 본점 사업용 토지를 취득·등기하고 본점을 이전한 후 다시 지점을 설치한 경우 중과세 대상 여부와 부과의 제척기간이 경과되었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다...”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점의 설치...에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치... 이후의 부동산 등기”라고 규정하고 있고, 같은조 제3항(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것)에서 “제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정한 다음, 지방세법시행령 제102조제2항에서 “... 『법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치...에 따른 부동산 등기』라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치...이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, 『그 설립·설치...이후의 부동산 등기』라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치...이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다...”라고 규정하고 있는 한편, 지방세법 제30조의4제1항에서 “지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간(...) 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제14조의2제1항에서 “법 제30조의4제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날...”이라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 토지를 취득·등기한 다음 이건 토지 소재지에서 부동산 임대업을 영위하기 위하여 1996.3.29. 지점을 설치하고 1996.4.16. 청구외 ㅇㅇ세무서장으로부터 사업자 등록증을 교부받았으므로, 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 이건 토지 취득가액중 임대용에 공한 토지안분 가액을 과세표준으로 하여 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 임차하여 사용해 오던 중에 1991.9.5. 서울특별시로부터 취득하였으나, 이건 토지는 본점 설치(1966.9.26.)후 5년이 지난 후에 취득한 부동산에 해당되며, 이건 토지는 본점에서 공장용 토지로 취득한 것이지 지점 설치와는 무관한 토지이며, 단지 이건 토지를 본점 공장용 토지로 사용해 오다가 명칭만 지점으로 변경된 것에 불과한데도 이건 토지에 대해 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제138조제1항제3호, 같은조 제3항 및 지방세법시행령 제102조제2항의 규정을 종합해 보면, 법인이 대도시내에서의 법인의 설립과 지점의 설치에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치 이후의 부동산 등기에 대하여 일반 세율의 5배를 중과세하도록 규정하고 있고, 여기서 말하는 지점의 설치에 따른 부동산 등기라 함은 그 지점 등이 설치이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말한다 할 것이고, “건물을 신축하여 본점 사무소로 사용하다가 본점을 서울 밖으로 이전함에 따라 같은 건물을 서울 지점사무소로 계속 사용하였다면 서울 지점의 설치와 관련하여 부동산을 사전에 취득한 것이라고 할 수 없고, 따라서 그 부동산 취득 등기는 지방세법 제138조제1항제3호 및 동법시행령 제102조제2항이 정하는 등록세 중과대상이라고 볼 수 없다”(같은 취지의 대법원 판결 1994.9.27, 94다10740)할 것인 바, 청구인의 경우 1966.9.26. 설립된 법인으로서 1967.1.1.부터 이건 토지 소재지에서 공장을 경영해 오다가 1991.9.5. 이건 토지를 취득하고 이건 토지상에 건축물을 신축하여 본점 사업용 부동산으로 사용해 왔으나, 1993.4.30. 공장을ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지로 이전함과 동시 본점도 같은 장소로 이전하고 이건 토지상의 공장을 청구인이 창고로 사용해 왔고, 1996.3.29. 청구인은 수출입 업무 등 영업활동을 계속하기 위하여 본점을ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지로 이전하고, 같은날 이건 토지상의 ㅇㅇ동 공장에 지점설치 등기를 마친 다음, 1996.4.16. 청구외 ㅇㅇ세무서장으로부터 사업자 등록증을 교부받아 임대업을 영위해 왔으므로 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당된다고 볼 수 있겠으나, 이건 토지는 청구인이 대도시내에서 본점을 설치한 후 5년이 경과한 1991.9.5. 본점 사업용 부동산으로 취득하였고, 본점에서 공장용으로 직접 사용해 오다가 1993.4.30. 본점을 대도시내에서 지방으로 이전한 다음에도 계속하여 본점 사업용 부동산으로 사용해 왔으며, 1996.3.29. 본점을 다시 대도시내(ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지)로 전입한 후 같은날 이건 토지 소재지 ㅇㅇ동 공장에 지점을 설치한 바, 이건 토지는 지점을 설치하기 위하여 취득·등기한 부동산에 해당되지 아니하고 청구인이 지점을 설치하기 이전에 취득한 본점 사업용 부동산 등기에 해당된다고 볼 수 있음이 청구인이 제출한 관계 증빙자료(법인등기부 등본, 토지대장, 부동산 등기부 등)에서 입증되고 있으므로 이건 토지를 구지방세법 제138조제1항제3호 및 지방세법시행령 제102조제2항의 규정에 의한 등록세 중과대상이라 할 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 12. 24. 내 무 부 장 관