[주 문] 청구인이 1997.7.14. 신고납부한 취득세 2,491,999,790원, 농어촌특별세 249,199,960원, 합계 2,741,199,750원은 이를 취득세 851,455,640원, 농어촌특별세 85,145,540원, 합계 936,601,180원으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1991.10.29.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지 5,874㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 1992.3.12. 그룹사옥 용도로 건축허가를 받아 같은해 5.30. 건축공사를 착공하여 1997.6.14. 건축물 37,251㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)를 신축·준공한 후 과밀억제권역내에서 본점의 사업용 부동산을 취득한 것으로 보아 그 취득가액(42,572,783,370원)에 지방세법 제112조제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 2,491,999,790원, 농어촌특별세 249,199,960원, 합계 2,741,199,750원을 1997.7.14. 신고납부함에 따라 이를 수납하여 징수 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 석유수지 및 부산물의 제조판매 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 그룹사옥을 신축할 목적으로 1991.10.29. 이건 토지를 취득한 후 1992.3.12. 건축허가를 받아 같은해 5.30. 건축공사를 착공하여 1997.6.14. 이건 건물에 대한 사용검사필증을 교부받아 본점의 사업용 부동산으로 사용해 오고 있으나, 이건 건물이 소재한 과천시의 경우 행정구역상ㅇㅇ도ㅇㅇ군에 포함되어 있다가 1985.12.28.ㅇㅇ시등 11개시설치와관할구역의조정및금성시명칭변경에관한법률(법률 제3798호, 이하 “구리시등행정구역변경에관한법률”이라 한다)에 의거ㅇㅇ군에서 분리되어 과천시로 승격하면서ㅇㅇ군의 과천면을 제외하도록 하였으나 같은 법률 부칙 제2항(다른 법령과의 관계)에서 이 법에 의하여 설치 또는 명칭이 변경되는 시의 지역의 일부 또는 전부를 구역 또는 관할구역으로 정하고 있는 법령의 적용에 있어서는 이 법 시행후 당해 법령의 관련규정이 개정될 때까지 이 법에 의하여 설치 또는 명칭이 변경되는 시의 지역이 종전의 구역 또는 관할구역에 속하는 것으로 보아 종전의 규정에 의한다라고 규정함으로써 1984.7.11. 고시된 수도권정비기본계획(건설부 고시 제254호)에 의거 별도로 제한정비권역을 고시하지 아니하였다고 하더라도 과천시가 제한정비 권역에 포함되었으나, 그 후ㅇㅇ시등12개시및태안군설치와군의명칭변경에관한법률(1988.12.31, 법률 제4050호)에 의해 『ㅇㅇ군』을 폐지하고 『ㅇㅇ시, ㅇㅇ시, ㅇㅇ시』를 설치하였고, 건설교통부장관은 1989.7.8. 건설부 고시(제379호)로 수도권정비기본계획을 변경하면서 ㅇㅇ을 삭제하고 ㅇㅇ시, ㅇㅇ시, ㅇㅇ시를 신설한다고 규정하였으나, 과천시를 고시하지 아니함으로써 제한정비권역에서 제외되었고, 그 후 1994.1.7. 수도권정비계획법이 개정되어 제한정비권역이 과밀억제권역으로 바뀌면서 과천시가 과밀억제권역에 포함되었으므로, 청구인이 1991.10.29. 이건 토지를 취득하여 1992.3.12. 건축허가를 받아 1992.5.30. 건축할 당시에는 이건 토지 소재지역이 제한정비권역에서 제외된 바, 따라서 이건 건물 착공이후 관련 법령이 개정되어 납세의무자에게 불리하게 개정되었다면 “이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과하여야 할 지방세는 종전의 예에 의한다”라는 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 부칙 제6조의 경과규정에 의하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용(같은 취지의 대법원 판결 1994.5.24, '93누5666)하여야 함에도 이건 건물 취득(1997.6.14.) 당시 시행되는 신법을 적용하여 과밀억제권역내에서 본점의 사업용 부동산을 취득한 것으로 보아 취득세 등 중과대상이라고 판단한 것은 위법·부당하다고 주장하면서 과다 납부한 취득세 등의 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 과밀억제권역안에서 본점의 사업용 부동산을 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제29조제1항에서 “지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때”라고 규정하고, 지방세법 제104조에서 “취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호의 정하는 바에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제8호에서 “취득: 매매, 교환, 상속, 증여, 기부,...기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득·승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제105조제2항에서 “부동산...의 취득에 있어서는 민법...등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제73조제4항에서 “건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용검사필증 교부일을(...)취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상 사용일을 취득일로 본다”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제112조제3항에서 “...수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의2제2항에서 “법 제112조제3항에서 『대통령령으로 정하는 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산』이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(...)을 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 부칙 제6조에서 “이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1991.10.29. 취득한 토지상에 1992.3.12. 건축허가를 받아 같은해 5.30. 건축공사를 착공하여 1997.6.14. 이건 건물을 신축·준공한 후 과밀억제권역안에서의 본점의 사업용 부동산을 취득한 것으로 보아 지방세법 제112조제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 1997.7.14. 신고납부함에 따라 이를 수납하여 징수 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 건물 착공(1992.5.30.)시에는 이미 이건 건물이 소재한 과천시가 1989.7.8. 수도권정비기본계획변경(건설부 고시 제379호)에 의해 제한정비권역에서 제외되었고, 1994.1.7. 수도권정비계획법이 개정되어 제한정비권역이 과밀억제권역으로 변경되면서 과천시가 포함되는 것으로 고시하여 이건 건물 준공(1997. 6.14.) 당시 과밀억제권역에 포함되었으나, 이건 건물 착공이후 관련 법령이 납세의무자에게 불리하게 개정되었다면 『이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과하여야 할 지방세는 종전의 예에 의한다』는 구지방세법 부칙 제6조의 경과규정에 의해 구법을 적용하여야 함에도 이건 건물 취득 당시의 신법을 적용하여 본점의 사업용 부동산으로 판단한 것은 위법 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제112조제3항과 지방세법 제112조제3항 및 지방세법시행령 제84조의2제3항에 의하면 1994.12.31.까지는 수도권정비계획법 제8조의 규정에 의한 제한정비권역내에서, 1995.1.1.부터는 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 취득하는 경우 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으므로, 이건 건물이 소재한 과천시가 제한정비권역(과밀억제권역)으로 고시된 경위와 본점의 사업용 부동산에 해당되는지 여부를 살펴보면, 당초 과천시의 경우 경기도 ㅇㅇ 과천면에 포함되어 있다가 건설부 고시 제254호(1984.7.11.)에 의거 제한정비권역으로 고시되었고, 구리시등행정구역변경에관한법률(1985.12.28, 법률 제3798호)에 의하여 과천시로 승격되었으나, 같은 법률 부칙 제2항에서 관련법령이 개정될 때까지는 종전의 관할구역(ㅇㅇ 과천면)에 속하는 것으로 보도록 함으로써 제한정비권역에 포함된다고 보아야 하고, 그 후 오산시등12개시및태안군의설치와군의명칭변경에관한법률(1988.12.31, 법률 제4050호)에 의해 ㅇㅇ이 폐지되면서 ㅇㅇ시, ㅇㅇ시, ㅇㅇ시 등 3개시가 설치되었으나, “『법령』의 적용에 있어서는 이 법 시행 후 『당해 법령의 관련 규정이 개정』될 때까지 이 법에 의하여 설치 또는 명칭이 변경되는 시의 지역이 종전의 구역 또는 관할구역에 속하는 것으로 보아 종전의 규정에 의한다”는 구리시등행정구역변경에관한법률 부칙 제2항의 규정에 의거 ㅇㅇ으로서의 행정구역은 존재하지 않으나 건설부의 고시 제254호가 변경되지 않고 있으므로 제한정비권역에 포함된다고 보아야 할 것이다. 그 후 1989.7.8. 건설부 고시(제379호)로 기고시된 제한정비권역중 ㅇㅇ을 삭제하고 ㅇㅇ시, ㅇㅇ시, ㅇㅇ시 등 3개시를 추가 고시하면서 과천시를 추가 고시하지 아니한 바, 비록 건설교통부의 유권해석(1997.7.23, 수도권 58209-174)에서 “행정구역 변경에 따라 수도권정비계획법상 별도의 권역변경이 없는 때에는 당연히 종전의 권역인 제한정비 권역에 속한다”고 회신하고 있고, 건설부 고시 자체를 법령으로 볼 수 없으나, 수도권정비계획법은 국토의 균형발전을 위하여 국민의 권리(사유재산권)를 제한하는 법으로서 구수도권정비계획법(1994.1.7. 법률 제4721호로 개정되기 전의 것) 제6조 및 구수도권정비계획법시행령(1994.4.30. 대통령령 제14234호로 개정되기 전의 것) 제9조의 규정에 의한 기본계획(제한정비권역) 변경은 관보에 고시가 있어야만 당해 법령의 효력이 발생됨은 물론 제한정비권역이 고시된 경우 구리시등행정구역변경에관한법률부칙 제2항에서의 『당해 법령의 관련 규정이 개정』된 것으로 볼 수 있으므로 지금까지는 행정구역상 ㅇㅇ 과천면의 행정구역으로서 제한정비권역이 승계되었으나 1989.7.8. 제한정비권역이 고시됨으로써 ㅇㅇ이 삭제되었다면 ㅇㅇ 과천면은 당연히 소멸되고 “과천시”로서의 독립된 행정구역이 된다고 보아야 하므로 구리시등행정구역변경에관한법률 부칙 제2항의 규정의 효력은 종료되었다고 보아야 하고, 특히 타 법령과는 달리 지방세를 중과세하기 위하여 중과대상 지역을 고시함에 있어서 당해 지역을 명백하게 고시하지 아니하거나 잘못 고시함으로써 납세자들이 중과세 대상지역에 해당하지 않는 것으로 믿고 당해 지역내의 부동산을 취득하였다면 이를 취득한 자에게 불이익을 주게 될 뿐만 아니라, 세법 법령의 해석과 적용은 엄격하게 해야 하고 원칙적으로 유추해석이나 확장해석은 허용되지 않는다 하겠으므로(같은취지의 대법원 판결 1988.4.12, '87누918), 이러한 점을 감안한다면 1989.7.8. 제한정비권역을 고시하면서 ㅇㅇ을 삭제하고 ㅇㅇ시, ㅇㅇ시, ㅇㅇ시만 추가 고시하고 과천시를 고시하지 아니한 이상, 과천시가 지방세 중과세 대상지역인 제한정비권역에 해당한다고 보기에는 무리가 있다고 인정되며, 따라서 과천시가 1989.7.8. 이후 제한정비권역내에 포함되어 있지 아니하다가 1994.1.7. 수도권정비계획법 개정시 제한정비권역이 과밀억제권역으로 변경되면서 과천시가 과밀억제권역으로 포함되어 1994.12.22. 개정된 지방세법 제112조제3항의 규정에 의거 중과대상에 해당되었다면 1994.12.22. 개정된 지방세법은 납세의무자에게 불리하게 개정되었다고 할 것인 바, 세법이 개정된 경우에 개정된 세법 부칙이 『이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여...부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다』라는 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로 마땅히 구법을 적용하여야 하고(같은취지의 대법원 판결 1994.5.24, 93누5666 및 1990.4.10, 89누4468), 설령 이건 건물이 소재한 과천시가 제한정비권역에 속한다고 하더라도 청구인이 사옥 신축용으로 이건 토지를 취득(1991.10.29.)할 당시에는 본점의 사업용 부동산에 대하여 취득세를 중과세하도록 한 지방세법의 관련 규정이 없다가 그 후 지방세법이 개정(1991.12.14. 법률 제4415호) 되면서 수도권정비계획법 제8조의 규정에 의한 제한정비권역안에서 본점의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세를 중과세하도록 한 구지방세법 제112조제3항의 규정이 신설되어 1992.1.1.부터 시행되고 있으나, 이는 청구인이 이건 건물을 신축하는 동안에 지방세법의 관련 규정이 청구인에게 불리하게 개정되었다고 할 것이므로 구지방세법(1991.12.14. 법률 제4415호로 개정된 것) 부칙 제4조의 『이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 지방세는 종전의 예에 의한다』는 경과 규정에 따라 구법을 적용하여야 함에도 처분청이 구지방세법을 적용하지 아니하고 이건 건물의 신축·준공(1997.6.14.) 당시에 시행되는 지방세법을 적용하여 청구인이 취득한 이건 건물을 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 판단한 것은 구지방세법 부칙에서 규정하고 있는 일반적 경과 조치에 대한 법리를 오해한 흠이 있다고 인정된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 12. 24. 내 무 부 장 관