[주 문] 청구인의 심사청구중 취득세(83,227,700원, 가산세 포함)에 대한 심사청구는 이를 기각하고, 등록세 16,645,530원, 교육세 3,051,670원, 합계 19,697,200원(가산세 포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1991.4.29.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지지외 3필지 토지 728.6㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 540.62㎡를 취득한 후 1991.10.17. 지상건축물중 목조주택(57.8㎡)을 멸실하고, 건축물 11.97㎡를 증축하여 이건 토지와 그 지상건축물 494.79㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)를 청구인의 고유업무에 직접 사용하고 있으나, 이건 건물의 바닥면적(130.46㎡)에 용도지역(상업지역)별 적용배율(3배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지(337.22㎡, 이하 “이건 쟁점 토지”라 한다)를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(462,376,160원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 83,227,700원, 등록세 16,645,530원, 교육세 3,051,670원, 합계 102,924,900원(가산세 포함)을 1997.5.19. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 공공법인으로서 이건 토지와 그 지상건축물을 취득한 후 고유업무에 사용하고 있는데도 처분청은 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지를 법인의 비업무용토지로 보았으나, 지방세법 제290조제2항 단서에 의하면 과세면제 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에만 취득세를 추징할 수 있도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우와 같이 당초 주차장 용도로 토지거래 허가를 받아 이건 쟁점 토지를 취득하여 주차장으로 사용하고 있는 경우는 위 단서규정을 적용하여 취득세를 추징할 수 없는데도 취득세를 추징한 처분은 부당하며, 또한 지방세법시행령 제84조의4제3항제5호에 의하면 건축물의 부속토지로서 그 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지는 법인의 비업무용토지에 해당한다고 규정하고 있으므로, 이건 토지는 취득당시부터 비업무용토지가 되었다고 하겠고, 이와같은 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 그 취득일로부터 30일이 경과한 1991.5.30.로부터 5년간 부과할 수 있는데도 1997.5.19. 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부과제척기간이 경과되어 위법하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 과세면제 법인이 취득한 토지가 지상건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 하는 경우 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 과세면제된 등록세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제10호에서 “ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합”이라고 규정하고, 구지방세법 제128조의2제1항에서 “법 제110조의3제1항 각호의 법인의 부동산에 관한 등기 또는 등록(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 등기...하는 경우를 제외한다)에 대하여는 등록세를 면제한다(단서 생략)”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하며, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제5호에서 “지상정착물의 부속토지(...)로서 그 지상정착물의 바닥면적(...)에 다음의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지(...). 용도지역별 적용배율: 상업지역 3배”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 토지와 그 지상정착물을 취득한 후 고유업무에 직접 사용하고 있으나, 이건 건물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율(상업지역 3배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 이건 쟁점 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 등록세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 업무시설 및 주차장 용도로 토지거래계약 허가를 받아 이건 토지를 취득하여 업무시설 및 주차장 용도로 사용하고 있는 경우는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아야 함에도 이건 건물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 이건 쟁점 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 취득세를 추징한 처분은 부당하며, 또한 이건 쟁점 토지가 법인의 비업무용토지에 해당되더라도 이건 쟁점 토지는 토지 취득 당시 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하였으므로 그 취득일로부터 30일이 경과한 1991. 5.30.로부터 5년간 지방세를 부과하여야 함에도 이 날로부터 5년을 경과한 1997.5.19. 취득세 등을 중과세한 처분은 부과제척기간이 경과되어 위법하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의3제1항제10호 및 제128조의2제1항에 의하면 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하지만, 취득·등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 과세면제 법인이 취득·등기한 부동산을 고유업무에 직접 사용한다고 하더라도 토지 취득·등기일로부터 1년 이내에 법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지에 해당되거나, 그 토지 취득(등기)일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 등 추징대상이 된다 하겠고, 또한, 구지방세법 제112조제2항, 구지방세법시행령 제84조의4제1항 및 제3항제5호에 의하면 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 지상정착물의 부속토지로서 그 지상 정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지에 대하여는 법인의 비업무용토지로 보도록 규정하고 있으므로, 먼저 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부를 살펴보면, 청구인의 경우 1991.4.29. 이건 토지와 그 지상건축물을 취득한 후 1991.10.17. 그 지상건축물중 목조주택(57.8㎡)을 멸실하고 건축물 11.97㎡를 증축하여 청구인의 고유업무에 사용하고 있더라도 이건 건물의 바닥면적(130.46㎡)에 용도지역별 적용배율(상업지역 3배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 이건 쟁점 토지(337.22㎡)는 법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지에 해당되어 취득세 등 추징대상이 되므로, 처분청이 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징하고, 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 적법하며, 다음으로 부과제척 기간이 경과하였는지 여부에 대하여 살펴보면, 구지방세법 제30조의2제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 행사하지 아니할 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고, 구지방세법 제120조 단서 및 구지방세법시행령 제86조의3제3호에 의하면 취득세 과세물건을 취득한 후 법인의 비업무용토지가 된 때에는 그 법인의 비업무용토지가 된 날로부터 30일 이내에 취득세를 자진신고 납부하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 1991.4.29. 이건 토지를 취득한 후 1992.4.29. 법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 되었으므로 이 날로부터 30일 이내에 취득세를 신고납부하여야 하고, 처분청은 자진신고 납부기간이 경과한 날(1992.5.30.)로부터 5년간 지방세를 부과할 수 있으므로 1997.5.19. 이건 취득세를 중과세한 처분은 별다른 잘못이 없으나, 다만 등록세의 납세의무가 등기·등록하는 때 성립하고, 등록세가 과세면제된 후 등록세 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 신고납부하도록 한 지방세법 제150조의2제2항이 규정이 1994.12.22. 신설되어 1995.1.1.부터 시행되고 있는 이상, 1991.4.30. 이루어진 이건 토지에 대한 등기에 대하여는 등록세 추징대상이 되더라도 청구인이 등록세를 신고납부할 의무가 없으므로 등록세 등을 추징할 수 있는 날(1992.4.30.)로부터 5년간 지방세를 부과고지하여야 함에도 5년이 경과한 1997.5.19. 이건 등록세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 11. 26. 내 무 부 장 관