[주 문] 처분청이 1995.12.27, 1996.1.5. 청구인으로부터 각각 수납하여 징수결정한 취득세 6,204,840원, 농어촌특별세 620,480원, 등록세 9,307,260원, 교육세 1,861,450원, 합계 17,994,030원에 대한 심사청구는 이를 각하하고, 청구인에게 1997.6.10. 부과 고지한 취득세 24,682,870원, 농어촌특별세 2,262,590원, 합계 26,945,460원(가산세 포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1993.12.16. 서울특별시 ㅇㅇ공사 사장 ㅇㅇㅇ과ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 ㅇㅇ공단ㅇㅇ호(건물 436.68㎡, 이하 “이건 건물”이라 한다)에 대하여 연부취득(6개월 단위로 10회 분할 지급) 계약을 체결한 후 1993.12.17.부터 입주하여 사용하다가 1995.12.27. 잔여 연부금을 완납하고 소유권 이전등기를 한 후 1995.12.27. 등록세 9,307,260원, 교육세 1,861,450원, 합계 11,168,710원을, 1996.1.5. 취득세 6,204,840원, 농어촌특별세 620,480원, 합계 6,825,320원을 각각 신고납부하자 같은날 이를 수납하여 징수결정하였고 부동산 임대업이 고유업무에 해당하지 아니하는데도 1996.12.27. 청구외 (주)ㅇㅇ과 임대계약을 체결하고 이건 건물을 임대하였으므로 이건 건물의 부속 토지(165.9㎡, 이하 “이건 토지”라 한다)를 법인의 비업무용 토지로 보아 이건 토지의 취득가액(158,223,561원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 24,682,870원, 농어촌특별세 2,262,590원, 합계 26,945,460원(가산세 포함)을 1997.6.10. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 피혁제품 제조판매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1993.12.16. 이건 건물을 청구외 서울특별시 ㅇㅇ공사 사장 ㅇㅇㅇ과 연부취득 계약을 하고, 사용허가를 받아 1993.12.17.부터 공장으로 사용하다가 1995.12.27. 잔여 연부금을 완납한 후 취득세 및 등록세를 신고납부하고 소유권 이전등기를 한 후, 1996.12.27. 청구외 (주)ㅇㅇ에게 임대하였는 바, 1995.10.16. 신설된 구서울특별시세감면조례(1997.3.20. 조례 제3380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조의2에서 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장(부속토지 포함)에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 단서에서 중소기업자가 아파트형 공장을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장으로 직접 사용하지 아니하거나 타인에게 양도한 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 신고납부하여야 한다고 규정하고 있으므로, 청구인의 경우 이건 건물을 최초로 분양받아 1년 이내에 공장으로 사용하였으므로, 이미 구서울특별시세감면조례 제24조의2에서 규정하고 있는 면제요건을 충족하여 “납세의무”가 소멸된 상태이며, 감면조례에서 달리 추징요건을 규정하고 있지 아니함에도 부동산 임대업이 고유업무가 아닌 청구인이 이건 건물 및 토지를 임대하였다고 하여 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 법령에 근거가 없는 과세처분으로서 위법하며, 1995.10.26. 구서울특별시세감면조례 제24조의2가 신설된 이후에 납부한 취득세 및 등록세는 과세면제 대상에 해당하는데도 착오로 납부한 것이므로 환부되어야 하므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세하고, 착오로 신고납부한 취득세 등을 환부하지 않는 것은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소 및 이미 납부한 취득세 등의 환부를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 부동산임대업이 고유업무가 아닌 법인이 아파트형 공장을 취득하여 1년이상 사용하다가 임대한 경우 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분과 신고납부한 취득세 등을 수납하여 징수결정한 것이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 같은법 제112조의3에서 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것)에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정하고, 마목(1995. 12.30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 “가목 내지 라목외의 토지는 1년”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 “제1항에서 ‘법인의 고유업무’라 함은 다음 각호의 업무를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “법인등기부상 목적사업(...)으로 정하여진 업무”라고 규정하고 있고, 구서울특별시세감면조례 제24조의2에서 “...중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 아파트형 공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형 공장(부속토지를 포함한다, 이하 같다)에 대하여는 취득세를 면제하고 취득한 날로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만,...중소기업자가 아파트형 공장을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장으로 직접 사용하지 아니하거나 타인에게 양도한 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 지방세법 제120조제3항 및 제150조의2제3항의 규정에 의하여 신고납부하여야 한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1993.12.16. 서울특별시 ㅇㅇ공사와 연부취득 계약을 맺고 사용하다가 1995.12.17. 잔여 연부금을 일시에 완납하고 취득한 이건 건물 및 토지를 부동산임대업이 고유업무가 아닌데도 임대하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 건물 및 토지를 1년이상 직접 사용하였으므로 구서울특별시세감면조례 제24조의2에서 규정하고 있는 과세면제요건을 이미 충족하였으며, 추징요건을 별도로 규정하고 있지 아니한데도 불구하고 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 근거없는 과세처분이며, 과세면제 대상인데도 착오로 신고납부한 취득세 등을 환부하지 아니하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 먼저 본안 심의에 앞서 이건 심사청구 내용중 청구인이 1993.12.16. 연부취득 계약을 체결하고 1995.12.27, 1996.1.5. 각각 신고납부한 취득세 등을 처분청에서 징수 결정한 것에 대한 청구인의 심사청구가 적법하게 제출되었는지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제73조제1항에서 “이의신청을 하고자 할 경우에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 60일(...) 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세(...)에 있어서는 도지사에게...이의신청을 하여야 한다”라고 규정하고, 같은법 제74조에서 “심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 60일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 내무부장관에게...심사청구를 하여야 한다”라고 규정하고 있는 바, 청구인이 1995.12.27. 연부금을 완납하고 1995.12.27, 1996.1.5. 각각 취득세 등을 신고납부하고 같은 날 처분청에서 징수 결정한 것에 대하여 이의가 있을 경우 신고납부한 날로부터 60일 이내에 이의신청을 거쳐 심사청구를 하였어야 함에도 청구인이 1997.7.9. 처분청에 이의신청을 하였으므로 이는 이의신청 기간 경과로 인하여 본안 심의대상에 해당하지 아니한다 할 것이며, 다음으로 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제112조제2항, 제112조의3, 같은법시행령 제84조의4제1항 및 제2항의 규정을 종합해 보면, 법인의 토지를 취득한 날부터 유예기간(1년) 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 토지를 취득후 5년 이내에 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 구서울특별시세감면조례 제24조의2에서 중소기업자가 아파트형 공장을 최초로 분양받아 등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 과세면제하지만, 아파트형 공장을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장으로 직접 사용하지 아니하거나 타인에게 양도한 경우에는 과세면제된 취득세 및 등록세를 신고납부하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 이건 토지 및 건물을 1993.12.16. 서울특별시 ㅇㅇ공사와 연부취득 계약을 맺고 사용허가를 받아 1993.12.17.부터 공장으로 사용하다가 1995.12.27. 잔여 연부금을 일시에 납부하고 소유권 이전등기를 한 후 1996.12.17. 청구외 (주)ㅇㅇ과 임대차계약을 체결하고, 1997.1.3. 이건 건물을 임대한 사실이 제출된 관계 증빙자료(아파트형 공장 할부분양계약서, 연부금 납부영수증, 부동산임대차계약서, 처분청 관계담당공무원의 확인서 등)에서 확인되고 있으며, “면제된 취득세를 추징하고 나아가 법인의 비업무용 토지에 해당된다 하여 중과세율에 의한 취득세를 추징하기 위하여는 먼저 면제된 취득세의 추징요건의 충족을 전제로 하므로 면제된 취득세의 추징요건에 해당하지 아니하여 면제된 취득세를 추징할 수 없다면 나아가 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과규정인 지방세법 제112조제2항, 제112조의3에 따른 추징도 할 수 없다”(같은 취지의 대법원 판결 1993.3.23. 92누8019)할 것이므로, 청구인이 이건 건물 및 토지를 3년 이상 공장으로 사용하다가 1996.12.27. 청구외 (주)ㅇㅇ에 임대하였으므로 구서울특별시세감면조례 제24조의2의 단서에서 규정하고 있는 추징요건에 해당하지 아니하는데도 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분은 잘못되었다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 11. 26. 내 무 부 장 관