부동산 소유권 이전등기에 앞서 이행한 가등기가 비과세 대상에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.3.22. 청구외 ㅇㅇㅇ(ㅇㅇ협동조합 연합회 회장)와 매매계약을 체결하고 매수하기로 한ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ가ㅇㅇ번지 대지 340.5㎡, 건물 955.58㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 이건 부동산 소재지 관할 법원에 소유권 이전청구권 가등기 신청서를 접수(1997.7.9.)하기 이전에 이건 부동산 매매계약금액(6,748,769,000원)에 지방세법 제131조제1항제7호2목의 세율(1000분의 2)을 적용하여 산출한 등록세 13,479,530원, 교육세 2,699,500원, 합계 16,179,030원을 1997.7.5. 신고납부하였으므로 같은날 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부동산을 종교목적에 직접 사용하기 위하여 1997.3.22. 청구외 ㅇㅇㅇ와 매매계약을 체결하고, 소유권 이전등기를 하기 앞서 1997.7.9. 그 청구권을 보전하기 위하여 이건 부동산 소재지 관할 법원에 소유권 이전청구권 가등기를 신청하였으며, 비영리법인·단체가 종교목적에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산은 지방세법 제127조제1항제1호의 규정에 의거 비과세 대상임에도 처분청에서 청구인이 신고납부한 등록세를 수납하여 같은날 징수결정한 것은 부당하다고 주장하면서 그 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 부동산 소유권 이전등기에 앞서 이행한 가등기가 비과세 대상에 해당되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

• 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “제사·종교...기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 관한 등기”라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 『대통령령으로 정하는 비영리사업자』라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제79조제1항에서 “...비영리사업자라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 각각 규정하고 있다.
• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 부동산을 매수하기 위하여 매매계약을 체결한 다음, 이건 부동산 소재지 관할 법원에 소유권 이전등기를 이행하기 앞서 그 청구권을 보전하기 위한 방법으로 소유권 이전청구권 가등기를 신청하고 이건 부동산 가등기에 따른 등록세를 신고 납부한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 부동산에 대한 가등기가 소유권 이전등기를 이행하기에 앞서 그 청구권을 보전하기 위한 것이며, 비영리사업자가 종교목적으로 사용하기 위한 부동산 등기에 해당되므로 등록세 비과세 대상인데도 처분청에서 청구인이 신고납부한 등록세를 수납하여 징수결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제127조제1항제1호와 같은법시행령 제94조제1항 및 제79조제1항의 규정을 종합해 보면, 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용할 목적으로 취득·등기하는 부동산에 대하여는 등록세를 비과세 하도록 규정하고 있고, 여기에서의 등록세 비과세 대상이라 함은 비영리사업자가 종교·제사 등을 목적으로 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산의 등기에 대하여 비과세한다는 것으로 채권을 보전하기 위한 가등기는 이에 해당되지 아니하는 것인 바, 청구인의 경우와 같이 1997.3.22. 이건 부동산을 매수하기 위하여 청구외 ㅇㅇㅇ와 매매계약을 체결한 다음, 본등기를 이행하기 앞서 그 소유권 이전청구권을 보전하기 위해 1997.7.9. 소유권 이전 청구권 가등기를 한 경우에도 등록세 비과세 대상에 해당한다는 청구인의 주장은 받아 들일 수 없다 하겠으며, 청구인의 경우에 있어 비과세 대상인지 여부는 이건 부동산에 대한 잔금지급을 하고, 소유권 이전등기시에 청구인이 그 목적사업을 위하여 취득·등기하는 부동산에 해당되는지 여부를 판단하여야 하는 것이므로 청구인이 이건 부동산의 가등기에 대한 등록세를 신고납부한데 대하여 처분청이 이를 수납하여 징수결정한 것은 별다른 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 10. 29. 내 무 부 장 관