[주 문] 처분청이 1997.3.4. 청구인에 대하여 한 취득세 467,244,500원과 1997.3.10. 청구인에 대하여 한등록세 359,418,860원, 교육세 71,883,780원의 각 부과처분중 취득세 423,358,300원, 등록세 325,660,240원을 각 초과하는 부분과 교육세 71,883,780원의 부과처분을 각 취소하고, 청구인의 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1989.12.29.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지임야 4,790㎡(이하 “제1토지”라 한다)와 같은동ㅇㅇ번지임야 1,308㎡(이하 “제2토지”라 한다), 합계 6,098㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 주택건설용으로 취득하여 1989.12.30. 등기한 후 취득일로부터 4년 이내에 주택건설에 착공하지 아니하므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지 및 대도시내에서의 법인의 부동산 등기로 보아 그 취득가액(2,995,157,080원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 467,244,500원을 1997.3.10. 부과고지하고, 등록세 359,418,860원, 교육세 71,883,780원, 합계 431,302,640원을 1997.3.4. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 주택건설업 등을 목적사업으로 1985.9.25. 설립된 법인으로서 공동주택 및 근린생활시설을 신축 분양할 목적으로 이건 토지를 1989.12.29. 취득한 후 1년 이내에 이건 토지위에 청구인이 신축·분양하는 공동주택의 모델하우스를 신축(지상 2층, 연면적 1,916㎡)하여 3년 6개월간 공동주택 분양업무 등에 사용하였으므로 이건 토지는 청구인의 고유업무에 직접 사용한 것으로 보아 법인의 비업무용토지에서 제외하여야 하며, 설령 이건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당된다 하더라도 이건 토지 취득일(1989.12.29.)로부터 7년이 경과한 1997.3.4(10) 이건 취득세 등을 중과고지하였으므로 이건 처분은 부과제척기간(5년)이 경과하여 위법한 처분이며, 이건 토지는 취득 당시 여러 필지를 일괄 취득하였으므로 과세표준은 전체 면적에서 이건 토지면적으로 안분하여 산정하여야 함에도 처분청은 청구인이 임의대로 안분하여 청구인 장부에 기재한 가액을 과세표준으로 하여 이건 취득세 등을 부과고지하였으므로 이건 처분은 위법 부당하여 경정되어야 한다고 주장한다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 모델하우스를 신축하여 사용한 것을 주택건설용에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지와 부과제척기간 산정 시점 및 과세표준 산정이 적정한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1000분의 20)의 100분의 750으로 한다.... ”라고 규정하고, 구같은법 제112조의3에서 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용토지가 된 경우(...)에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”라고 규정하고 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제84조의4제1항에서“법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 같은조 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제10호(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것)에서 “주택의 건설·공급 또는 임대를 목적사업으로 하는 법인이 주택건설을 목적으로 취득한 토지로서 취득한 날로부터 4년이 경과되지 아니한 토지”라고 규정하고 있고, 구같은법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율은 제131조...에 규정하는 당해 세율(1000분의 30)의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음 그 제3호에서 “대도시 내에서의 법인의 설립과...전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라고 규정하고, 같은법시행령 제101조제1항에서 “법 제138조제1항 단서의 규정에서 ‘대통령령으로 정하는 업종’이라 함은 다음 각호와 같다”라고 규정하고, 그 제5호에서 “...주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득 등기하는 부동산에 한하며 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)”라고 규정하고 있으며, 구같은법 제30조의2제1항에서 “지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 행사하지 아니할 경우에는 이를 부과할 수 없다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 토지를 취득한 후 4년 이내에 정당한 사유없이 주택건설용에 사용하지 아니하므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 이건 토지를 대도시내에서 법인설립후 5년 이내 취득·등기한 일체의 부동산으로 보아 등록세 및 교육세를 중과세 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 주택건설 및 근린생활시설용으로 취득한 후 1년 이내에 공동주택 모델하우스를 건축하여 공동주택 분양업무 등에 사용하였으므로 청구인의 고유업무에 직접 사용한 것으로 보아야 하며, 설사 이건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당된다 하더라도 이건 처분은 취득세 및 등록세를 중과세할 수 있는 부과제척 기간이 경과한 후 행하여 졌으므로 위법한 처분이며, 이건 부과처분의 과세표준 산정도 잘못되었으므로 경정되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 청구인은 먼저, 이건 토지를 취득후 1년 이내에 공동주택 모델하우스를 건축하여 사용하였으므로 고유업무에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 구지방세법 제112조제2항, 제112조의3 및 구같은법시행령 제84조의4제1항 및 제4항제10호에서 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 토지는 법인의 비업무용토지가 된다 하겠으나 주택건설 등을 목적사업으로 하는 법인이 주택건설을 할 목적으로 취득한 토지의 경우에는 그 취득한 날로부터 4년의 유예기간을 주고 이때까지는 법인의 비업무용토지로 보지 아니하나 4년 이내에 주택건설에 사용하지 아니할 경우에는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으며, 대법원 판례(1997.5.9, 97누2795)에서 주택건설을 목적으로 취득한 토지상에 아파트 모델하우스를 건축하여 사용하였다 하여도 그것이 그 토지를 주택건설에 사용한 것은 아니므로 그 상태에서 취득일로부터 4년이 경과하였다면 그 토지는 법인의 비업무용토지로 보지 아니하는 토지를 규정한 구지방세법시행령 제84조의4제4항제10호에 해당되지 아니한다라고 판시하고 있는 바, 청구인의 경우 제출된 부동산 매매계약서, 가설건축물 축조신고서, 처분청 세무담당공무원의 현지확인 복명서 및 보유토지 명세서 등에 의하면, 이건 토지를 1989.12.29. 주택건설용으로 취득하여 이건 토지 위에 가설건축물(지상 2층, 건축면적 1,175.28㎡)을 축조(허가받은 존치기간: 1990.12.～1991.12.)한 후 1994.5.까지 가설건축물을 철거치 아니하고 존치한 사실, 청구인은 이건 토지중 제1토지 위에 1994.8.23. 처분청으로부터 판매시설용 건축허가(지상 5층, 지하 3층, 건축연면적 21,281.07㎡)를 득한 후 1995.11.23. 건축물 착공신고를 한 사실은 인정할 수 있으나, 모델하우스를 건축하여 사용한 것은 주택건설에 사용한 것으로 볼 수 없다 할 것이므로 청구인이 이건 토지를 취득하여 4년 이내에 주택건설에 사용하지 아니한 이상 이건 토지는 법인의 비업무용토지에 해당된다 할 것이며, 둘째로, 청구인은 이건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당된다 하더라도 이건 토지취득일(1989.12.29.)로부터 7년이 경과하여 이건 취득세 등을 중과고지하였으므로 부과제척기간(5년)이 경과하여 위법한 처분이라고 주장하나, 먼저, 취득세의 경우 구지방세법 제30조의2, 제112조제2항, 제120조, 제121조에서 법인의 비업무용토지에 대하여는 사실상 그 법인의 비업무용토지가 된 날에 지방세법 제112조제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 공제한 금액을 취득세액으로 자진신고 납부하도록 되어 있고 납세의무자가 자진신고 납부를 하지 않을 경우 과세권자가 보통징수방법에 의하여 징수하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 이건 토지는 취득한 후 4년이 경과하는 시점인 1993.12.29. 법인의 비업무용토지가 되었다 하겠으므로 이 날로부터 5년이 경과되지 않은 시점에서 이건 취득세를 부과고지한 처분은 적법하다 하겠으며, 다음으로, 등록세의 경우 구지방세법 제30조의2, 제138조제1항 및 같은법시행령 제101조제1항제5호에서 대도시내에서 법인을 설립후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하면서 주택건설사업자가 주택건설용 토지를 취득하여 주택건설에 공하는 경우에는 그 취득한 날로부터 3년간의 유예기간을 주며, 이때까지는 등록세를 중과세하지 않도록 규정하고 있는 바, 청구인은 1985.9.25. 부산광역시에서 법인을 설립하고 1989.12.29. 이건 토지를 취득하여, 1989.12.30. 등기후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니하므로 이건 토지 취득후 3년이 경과하는 시점인 1992.12.29.에 등록세 중과세 요건이 발생되어 등록세를 부과할 수 있는 날이 되었다 할 것이므로 이 날(1992.12. 29.)로부터 5년이 경과되지 않은 시점에서 한 이건 등록세 부과처분은 적법하다 하겠으며, 셋째로, 청구인은 이건 토지는 취득 당시 여러 필지를 일괄 취득하였으므로 과세표준은 전체 면적에서 이건 토지면적으로 안분하여 산정하여야 함에도 처분청은 청구인이 임의대로 안분하여 청구인 장부에 기재한 가액을 과세표준으로 산정한 것은 위법·부당하다고 주장하나, 구지방세법 제111조제1항, 같은조 제5항제3호, 제130조제1항 및 같은법시행령 제82조의2에 의하면 취득세(등록세)의 과세표준은 취득당시(등기·등록 당시)의 가액으로 하되 법인장부에 의하여 사실상의 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상의 취득가액으로 하도록 규정하고 있는 바, 청구인은 이건 토지를 취득당시 수필지의 토지를 일괄 취득한 사실은 이건 부동산 매매계약서에서 인정되나, 청구인이 작성한 보유토지 명세서에서 필지별 취득가액이 입증되므로 이 가액을 사실상의 취득가액으로 보아 과세표준으로 한 이건 과세처분은 적법하다 하겠다. 그러나, 이건 토지의 과세표준 산정에 있어서 이건 제1토지는 면적이 4,790㎡인데 이 면적보다 687㎡가 더 많은 5,477㎡(ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 소재 토지)의 면적가액으로 잘못 산정하였고, 제2토지는 면적이 1,308㎡인데 이 면적보다 80㎡(ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 소재 토지)가 적은 1,228㎡(ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 소재 토지)의 면적가액으로 잘못 산정한 사실이 이건 보유토지 명세서, 취득세 및 등록세 추징내역서에서 인정되는 바, 위와 같이 이건 토지 면적착오 산정에 따른 과세표준은 경정(제1토지는 687㎡의 토지가액 만큼 감액하고, 제2토지는 80㎡의 토지가액 만큼 증가)되어야 할 것이며, 마지막으로, 이건 과세처분중 교육세 부과처분이 적법한지를 살펴보면, 교육세법(1990. 12.31. 법률 제4279호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 “구교육세법”이라 한다) 제3조에서 소득세법의 규정에 의한 분리과세, 이자소득 및 분리과세 배당소득에 대한 소득세의 납세의무자 등은 교육세를 납부할 의무를 진다고 규정하고, 교육세법(1990.12.31, 법률 제4279호로 개정된 것, 이하 “개정 교육세법”이라 한다) 제3조 및 같은법 부칙 제1조 및 제4조에서, 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납세의무자는 교육세를 납부할 의무를 지도록 하고, 이 법은 1991.1.1.부터 시행하되, 등록세액을 과세표준으로 하는 교육세는 이 법 시행후 최초로 등기 또는 등록하는 것부터 이 법을 적용하도록 규정하고 있는 바, 청구인이 이건 토지를 청구인 명의로 소유권 이전등기를 마친 날이 개정교육세법 시행전인 1989.12.30.이므로 개정 교육세법 부칙 제4조의 규정에 의하면 개정 교육세법이 적용되지 아니하고, 구교육세법에서는 등록세 납부의무자를 교육세 납부의무자로 한다는 규정이 없으므로 결국 이건 과세처분중 교육세 부과처분은 법령의 근거없이 이루어진 것이어서 위법하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 9. 30 내 무 부 장 관