비과세하였던 등록세 등을 추징고지한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1992.6.20. 성당을 신축하기 위하여ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 1,038.2㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 청구외 ㅇㅇ공사로부터 취득한 후 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 이건 토지의 취득가액(748,544,200원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액과 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 추징한 세액을 합한 취득세 134,737,950원, 등록세 26,947,580원, 교육세 4,940,380원, 합계 166,625,910원(가산세 포함)을 1997.3.11.부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 성당을 신축하기 위하여 택지개발사업지구내의 종교용지인 이건 토지를 1992.6.20. 취득하였으나, 1993.12.31. 이건 토지에 대한 택지조성공사가 준공인가된 후 1994.1.7. 청구외 ㅇㅇ공사로부터 이건 토지의 사용이 가능하다는 통보를 받고 1994.4.12. 가설건축물(비닐하우스)을 설치하여 임시성당으로 직접 사용하여 왔으므로 이건 토지의 택지조성공사준공인가일(1993.12.31)로부터 비업무용토지의 유예기간(1년)이내에 고유업무에 직접 사용하였으며, 교회건물 신축비를 모금하자 곧 1995.10.27. 건축허가를 받아 1996.2.25. 착공계를 제출하고 신축중에 있는 바, 교회건물을 신축하기 위한 건축비용을 모금하는 기간은 비업무용토지 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 하며, 또한 청구외 ㅇㅇ공사에서 1993.12.31. 택지조성공사가 준공인가 되었으므로 건축가능하다는 내용을 1994.1.7. 통보하였고, 이 날로부터 1년이 경과되기 전인 1995.1.1.부터 비영리법인의 경우 토지 취득후 3년이내에 고유업무에 사용하는 경우에는 비과세하도록 지방세법이 개정되었으며, 통보를 받은 날로부터 3년이내인 1996.2.25. 교회 신축공사에 착공하였으므로 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 있고, 1996.2.24. 처분청에서 취득세 등을 부과고지한 후 1996.4.17. 이를 취소하였는데도, 1997.3.11. 이건 취득세 등을 재부과고지한 것은 신의성실의 원칙에 어긋나므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세하고, 비과세하였던 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세하고, 비과세하였던 등록세 등을 추징고지한 처분이 적법한지 여부에 대한 다툼이라 하겠으므로 가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다..............”라 고 규정하고, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목 적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고서, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는.......비업무용토지....을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다........”라고 규정하고, 구지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(........)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.........”라고 규정하고, 그 제1호에서 “..종교.....을 목적사업으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있다.

• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 택지개발사업지구내의 이건 토지를 청구외 ㅇㅇ개발공사로부터 1992.6.20. 잔금을 지급하고 취득한 후, 택지조성공사 준공인가를 받은 1993.12.31.부터 유예기간(1년)이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이를 법인의 비업무용토지로 보아, 취득세를 중과세하고 비과세한 등록세 등을 추징한 사실은 제출된 관계자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 1992.6.20. 잔금을 지급하고 취득한 후 유예기간인 1년이내에 가설건축물(비닐하우스)을 설치하여 고유업무에 직접 사용하였으며, 교회건물 신축비를 모금하여 1995.10.27. 건축허가를 받고 1996.2.25. 착공계를 제출한 후 신축중에 있는 바, 건축비를 모금하는 기간은 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있고, 택지조성공사가 준공되어 건축이 가능하다는 통보를 1994.1.7. 받았으므로 이날로부터 유예기간이 경과하기 전에 지방세법이 개정되어 3년으로 연장되었으므로 개정된 법을 적용하면 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하였으며, 또한 처분청이 1996.6.24. 취득세 등을 부과고지한 후 1996.4.17. 취소하였는데도 이건 취득세 등을 재부과고지한 것은 신의성실의 원칙에 어긋나므로 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제107조제1호 및 제112조제2항과 구지방세법시행령 제84조의4제1항, 구지방세법 제127조제1항제1호의 규정을 종합해보면 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산을 취득하는 경우에는 취득세 및 등록세 등을 비과세하지만, 법인의 비업무용토지에 해당하는 경우에는 비과세대상에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 1992.6.20. 사실상 잔금을 지급하고 이건 토지를 취득한 후 법인의 비업무용토지 유예기간인 1년이내에 그 목적사업에 직접 사용하였어야 하지만, 택지개발사업지구로 고시되어 있었으므로 건축이 불가능하여 택지조성공사 준공인가일(1993.12.31.)까지는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으나, 건축에 대한 아무런 제한이 없는 택지조성공사 준공인가일(1993.12.31.)로부터 법인의 비업무용토지 유예기간(1년) 이내인 1994.12.31.까지 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하여야 할 것인데도, 1994.4.12. 이건 토지와 연접한ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지상에 가설건축물(비닐하우스)을 설치하여 미사 집회장소로 사용하다가 1996.2.25. 이건 토지상에 성당을 건축하기 위하여 착공계를 제출하고 건축공사에 착공한 사실이 제출된 증빙자료에서 확인되고 있으므로 비업무용토지 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하였다고 할 수 없으며, 청구인은 이건 토지에 대하여 건축이 가능하다는 통보를 1994.1.7. 받았으므로 이날로부터 유예기간을 기산하여 유예기간 종료일전에 지방세법이 개정되어 3년으로 연장되었으므로 개정된 지방세법상의 유예기간을 적용하여야 한다고 주장하지만, 이건 토지에 대한 택지개발촉진법에 의한 건축행위 등의 제한은 택지조성공사 준공인가를 받은 1993.12.31.이후에는 해제되었으므로 이날로부터 유예기간을 기산하여야 하고, 건축이 가능하다는 통보를 받은 1994.1.7.을 기준으로 하는 것이 아니며, 청구외 ㅇㅇ공사에서 1993.12.15. 청구인에게 발송한 공문에서 1993.12.31. 부지조성공사가 준공됨을 통보하였음을 알 수 있으므로 통보받은 날(1994.1.7.)로부터 유예기간을 기산하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으므로 유예기간종료일(1994.12.31) 이후에 시행되는 지방세법 개정규정은 청구인에게 적용할 수 없다 하겠으며, 또한 청구인은 처분청이 이건 토지에 대한 취득세 등을 부과한 후 취소하였다가 재부과한 것은 신의성실의 원칙에 어긋난다고 주장하지만, 법인의 비업무용토지에 대한 사실관계 및 법률적용의 착오로 인하여 부과취소 및 재부과고지한 처분은 단순한 과세누락에 불과하다 할 것으로서, 납세자가 이러한 부과취소가 정당하다고 인정할 만한 과세관행이 있었다고 볼 수 없어 신의성실의 원칙에 어긋난다고 할 수 없으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세하고 비과세한 등록세 등을 추징한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 9. 30. 내 무 부 장 관