[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 교육을 목적으로 하는 청구인이 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일(매년 6.1.) 현재ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 1필지 토지 201,025㎡(이하 “이건 토지” 라 한다)를 소유하고 있으면서 교육목적사업에 직접 사용하지 아니하므로 이건 토지의 과세표준액(1993년 1,425,278,690원, 1994년 1,908,722,090원, 1995년 2,317,896,500원, 1996년 2,243,946,966원)에 지방세법 제234조의16제1항의 세율을 적용하여 산출한 1993년도～1996년도분 종합토지세 98,967,430원, 도시계획세 66,720원, 교육세 19,793,470원, 농어촌특별세 5,546,000원, 합계 124,373,620원을 1996.10.10(1996년도분) 및 1996.11.10(1993년도～1995년도분) 각각 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1992.8.14. 교육부장관으로부터 대학설립계획 승인 및 1992.9.28. 설립허가를 받아 1992.12.30. 이건 토지를 청구외 ㅇㅇㅇ으로부터 증여 취득한 후 1993.1. 30. 교육용 기본재산으로 증자 보고를 하고, 대학교 부지로 사용하고자 ㅇㅇ광역시장에게 학교시설 결정 승인신청을 4차에 걸쳐 하였으나, ㅇㅇ광역시장으로부터 시설 결정 최초 신청후 3년이 지난 1995.8.23. 도시계획시설 결정 불가 부지로 통보되었고, 같은해 10.23. 도시계획시설 결정 불가에 대한 재검토 청원을 제출하였으나 또다시 불가 처분한다는 회신을 받았으므로 청구인은 관련법령과ㅇㅇ광역시장의 결정 불가사유를 참고하여 서류를 보완 재신청 준비중에 있는 등 이건 토지를 그 목적 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 ㅇㅇ시장의 시설결정 불가 처분에 의한 사유로 이건 토지를 1년 이내에 교육용에 직접 사용할 수 없었던 정당한 사유가 있는데도 처분청에서는 지방세법 제234조의12제2호의 규정에 의거 종합토지세를 비과세하지 아니하고 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 교육을 목적사업으로 하는 학교법인이 소유하고 있는 토지를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 종합토지세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제234조의8에서 “종합토지세의 과세대상은 모든 토지로 한다”라고 규정하고, 같은법 제234조의9제1항에서 “종합토지세의 과세기준일 현재 제234조의8의 규정에 의한 토지를 사실상으로 소유하고 있는 자는 종합토지세를 납부할 의무가 있다...”라고 규정하며, 같은법 제234조의12에서 “다음 각호에 규정하는 토지(...)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만,...당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “...학술...기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지...”라고 규정하며, 지방세법 제234조의19에서 “시장·군수는 과세대상 토지의 누락으로 인한 수시 부과 사유의 발생... 등의 사유로 인하여 이미 부과한 종합토지세액의 조정사유가 발생한 때에는 내무부령이 정하는 절차에 따라 세액을 조정하여야 한다”라고 각각 규정하고 있다. 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 교육을 목적으로 하는 청구인이 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일 현재 이건 토지를 소유하고 있으면서 교육목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 1993년도～1996년도분 종합토지세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 취득한 후 학교시설 결정승인을 받기 위해 정상적인 노력을 다하였음에도 ㅇㅇ시장이 승인을 하지 아니하여 이건 토지를 교육용에 직접 사용할 수 없었던 정당한 사유가 있으므로 지방세법 제234조의12제2호의 규정에 의거 이건 토지에 대한 종합토지세가 비과세되어야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제234조의12제2호에서 교육을 목적사업으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, “종합토지세에 있어 비영리사업자가 토지를 그 사업에 직접 사용하고 있지 아니하고 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축하고 있지도 아니하는 한, 비영리사업자가 정당한 사유가 있어서 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못하거나 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축하지 못하고 있다고 하더라도 지방세법 제234조의12제2호에 따른 비과세 대상이 될 수 없다(같은 취지의 대법원 판결 1995.4.14, 94누8211, 1994.2.8, 93누22081)”할 것인바, 청구인의 경우 이건 토지를 취득한 후 학교시설 결정승인을 받기 위해 정상적인 노력을 다하고도 이건 토지를 교육용에 직접 사용할 수 없었던 정당한 사유가 있었다 하더라도 이건 토지를 교육사업에 직접 사용하고 있지 아니하고, 교육사업에 직접 사용할 건축물을 건축하고 있지도 아니한 이상, 지방세법 제234조의12제2호의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세되어야 한다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없다 하겠으므로 처분청에서 이건 토지를 종합토지세 과세대상 토지로 보아 1993년도～1996년도분 종합토지세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 8. 27. 내 무 부 장 관