[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1992.6.13. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지3,297.6㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 국가공업단지내에서 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지로 보아 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제128조의2제2항제1호에 의거 등록세 등을 과세면제하였으나, 1996.10월중 청구법인에 대한 세무조사결과, 과밀억제지역내에서 공장을 경영하다가 국가공업단지내로 공장시설을 전부 이전할 목적으로 이건 토지를 취득하였는데도 그 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 취득가액(328,847,400원)에 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 9,715,420원, 교육세 2,137,380원(가산세 포함), 합계 11,852,800원을 1996.12.30. 부과고지하였으나, 청구법인이 이의신청을 제기함에 따라 이의신청 결정기관인 경기도지사는 처분청이 교육세 가산세를 부과고지한 잘못이 있다고 판단하여 당초 부과처분을 등록세 9,715,420원, 교육세 1,943,080원, 합계 11,658,000원으로 경정결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 성형프레스 제작 및 판매 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 국가공업단지내인 시화공단에 공장을 신축할 목적으로 1992.6.13. 이건 토지를 취득하고 1994.6.28. 소유권 이전등기를 마친 후 등기일로부터 2년 이내인 1994.12.29. 공장건축물을 준공하였을 뿐만 아니라, 구지방세법 제128조의2제2항제1호에 의거 1994. 6.15. 처분청으로부터 등록세 면제대상임을 확인받았는데도 처분청은 구지방세법 제128조의2제2항제2호의 규정을 적용하여 과밀억제지역내에서 공장을 경영하다가 국가공업단지내로 공장시설을 전부 이전할 목적으로 토지를 취득하였으나 그 취득일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하였다고 하여 과세면제하였던 등록세 등을 추징한 바, 청구법인의 경우 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지내에서 공장을 신축할 목적으로 이건 토지를 취득하였으므로 구지방세법 제128조의2제2항제1호의 규정에 의한 등록세 등 면제대상에 해당될 뿐만 아니라, 새로운 해석에 의하여 구지방세법 제128조의2제2항제2호의 규정을 적용하여 과세면제하였다가 등록세 등을 추징한 처분은 소급과세 금지의 원칙에 저촉되어 위법하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 과밀억제지역안에서 공장을 경영하던 자가 국가공업단지내로 공장시설을 이전할 목적으로 토지를 취득한 후 2년 이내에 공장용에 직접 사용치 아니한 경우 과세면제하였던 등록세 등을 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제128조의2제2항에서 “다음 각호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다...”라고 규정하고 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지...안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 공장용 토지...에 대한 등기. 다만, 최초로 취득한 공장용 토지의 등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니...하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 제2호에서 “공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 과밀억제지역안에서 공장을 경영하던 자가 제1호의 규정에 의한 국가공업단지...안으로...공장시설을 전부 이전(...)할 목적으로 최초로 취득하는 공장용 토지...에 대한 등기. 다만, 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니...하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 과밀억제지역안에서 공장을 경영하다가 국가공업단지내로 공장시설을 전부 이전할 목적으로 이건 토지를 취득하였는데도 그 취득일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하였으므로 면제된 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 국가공업단지내에서 공장을 신축할 목적으로 이건 토지를 취득하였으므로 구지방세법 제128조의2제2항제1호의 규정에 의거 이건 토지 등기일로부터 2년 이내에 공장용에 사용하면 등록세 등 면제대상에 해당될 뿐만 아니라, 새로운 해석에 의하여 면제된 등록세 등을 추징한 것은 소급과세에 해당되어 위법하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제128조의2제2항제1호에 의하면 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 공장용 토지에 대하여는 등록세를 면제하지만, 토지 등기일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 같은항 제2호에서 공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 과밀억제지역안에서 공장을 경영하던 자가 제1호의 규정에 의한 국가공업단지 안으로 공장시설을 전부 이전할 목적으로 최초로 취득하는 공장용 토지에 대한 등기에 대하여는 등록세를 면제하지만, 토지 취득일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1990.10.27. 과밀억제지역인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지상에 본점을 설립하고 같은 장소에서 공장(업종: 분말 성형프레스, 공장제조시설면적: 497.11㎡, 종업원: 26인)을 경영하다가 1991.11.15. 청구외 ㅇㅇ사장으로부터 공장이전 예정확인서를 발급받아 공장이전 목적으로 1992.6.13. 이건 토지를 취득(1994.6.28.등기)한 후 2년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 있다가 2년이 경과한 1994.6.27. 건축허가를 받아 같은해 9.10. 착공하여 같은해 12.29. 공장건축물을 준공한 후 기존 공장을 폐쇄하고 새로 신축한 공장소재지로 공장시설을 전부 이전한 사실이 제출된 관계 증빙자료(법인등기부등본, 공장설립 허가서, ㅇㅇ사장 발행 공장이전 확인서, 건축물 대장, 입주확인서, 기존 공장 폐쇄 확인원 등)에 의해 확인되고 있고, 또한 당초 처분청에서 과세면제하였던 사유가 청구법인이 국가공업단지안에서 공장을 신축하기 위하여 이건 토지를 최초로 취득한 것으로 보아 등록세 등을 과세면제하였으나, 1996.10월중 청구법인에 대한 세무조사결과 청구법인이 과밀억제지역내에서 공장을 경영하다가 국가공업단지안으로 공장시설을 전부 이전할 목적으로 이건 토지를 취득하였는데도 그 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니한 사실을 확인하고 등록세 등을 추징한 것이므로 소급과세에 해당되지 아니한다 하겠고, 처분청이 구지방세법 제128조의2제2항제2호의 규정을 적용하여 과세면제하였던 등록세 등을 추징한 처분은 별다른 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 7. 23. 내 무 부 장 관