[주 문] 처분청이 1997.1.13. 청구법인에게 부과고지한 취득세 176,742,670원, 농어촌특별세 16,201,400원, 등록세 42,749,650원, 교육세 7,837,430원, 합계 243,531,150원(가산세 포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1994.8.4. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ번지 외 1필지 공장용지 8,005.1㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 위 지상건축물 4,078.97㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 1995.3.31. 각각 취득하였으므로 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제110조의3제2항제1호 및 제128조의2제2항제1호의 규정에 의거 취득세 등을 면제하였으나, 1996.9.13. 이건 부동산을 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 토지의 시가표준액(776,317,110원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제3호제(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 139,737,070원, 농어촌특별세 12,809,220원, 등록세 27,947,410원, 교육세 5,123,690원과 이건 건축물의 시가표준액(1,541,900,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 37,005,600원, 농어촌특별세 3,392,180원, 등록세 14,802,240원, 교육세 2,713,740원, 합계 243,531,150원(토지분 185,617,390원, 건물분 57,913,760원, 가산세 포함)을 1997.1.13. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 철골제작업을 목적사업으로 하여 1994.2.8. 설립된 법인으로서 이건토지를 ㅇㅇ개발공사로부터 1994.8.4. 취득한 후 건축물을 신축하여 공장을 운영하여오던 중 철골제작의 주매출 대상인 건설업 경기의 침체로 인한 경영 악화로 부득이 1996.9.13. 이건 부동산을 취득가액(2,157,668,220원)보다 낮은 가액(1,800,000,000원)으로 매각하여 그 매각대금으로 청구법인의 차입금을 상환(1,720,000,000원)하였으므로 이건 토지를 매각한데 정당한 사유가 있다 할 것이므로 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 하며, 또한, 이건 토지는 1994.8.4. 취득후 2년이 경과하여 매각하였으므로 취득할 당시에 시행되던 구지방세법 제110조의3제2항제1호 및 제128조의2제2항제1호의 규정을 적용하여 취득세 등을 감면하여야 함에도 1995.12.6. 개정된 지방세법 제276조제1항을 적용하여 이건 부동산의 취득세 등을 추징한 처분은 위법·부당하므로 취소되어야 하며, 설사 추징 사유에 해당한다 할지라도 이건 처분중 농어촌특별세는 기납부(16,397,790원)하여 이중 과세가 되므로 공제되어야 한다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 토지를 취득하여 1년이상 법인의 고유업무(공장용지)에 직접 사용하다가 자금사정의 악화로 취득후 5년 이내에 매각한 경우 법인의 비업무용토지로 보아 기면제하였던 취득세 등을 추징 및 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의3제2항 및 제128조의2제2항에서 “다음 각호의 재산(등기)에 대하여는 취득세(등록세)를 면제한다...”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 및 지방공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용지와 그 토지 취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물..., 다만, 최초로 취득한 공장용 토지의 취득(등기)일로부터 2년이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세(등록세)를 추징한다”라고 규정하고, 지방세법 (1995.12.6. 법률 제4995호로 개정된 것) 제276조제1항에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자(...)에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세·등록세...를 감면한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(...) 또는 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고, 부칙 제8조에서 “이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다.”라고 규정하고, 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 같은법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지. 다만, 당해 법인의 고유업무에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하는 토지는 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 같은법 제112조의3에서 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 공장용으로 사용하기 위하여 취득한 이건 부동산을 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 기면제하였던 등록세 등을 추징하고, 취득세를 중과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의해 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 부동산을 취득하여 공장용에 1년이상 직접 사용하다가 건설업 경기침체로 인한 경영 악화로 부득이 이건 부동산을 취득가격보다 낮은 가격으로 매각하여 차입금을 상환하였으므로 정당한 사유가 있어 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 하며, 또한 처분청에서 이건 토지 취득후의 개정법률을 적용하여 기면제하였던 취득세 등을 추징한 처분은 위법·부당하므로 취소되어야 하며, 농어촌특별세는 이중과세되었다고 주장한다. 살피건대, 지방세법 제276조제1항, 제112제2항, 제112조의3 및 같은법시행령 제84조의4제1항제2호에 의하면, 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지안에서 공장을 신축하고자 하는 자의 공장용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 감면하지만, 취득일로부터 2년 이내에 “정당한 사유”없이 매각한 경우와 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 감면된 취득세·등록세를 추징하도록 규정하고, 취득한 날로부터 5년 이내에 “정당한 사유”없이 매각한 토지는 법인의 비업무용토지로 보도록 규정하고 있는 바, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 “그 취득토지를 고유목적사업에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지 제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유목적에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 목적사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이며 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등 때문에 목적사업에 직접 사용하기를 포기한 경우와 같은 것은 포함되지 않는다(같은 취지 대법원 1989.10.13, ‘88누11124)”하겠으며, 법인이 취득한 업무용토지를 그 고유의 목적에 직접 사용한 이상 그후 5년 이내에 이를 처분하였다 하더라도 그 처분에 “정당한 사유”가 있으면 이를 법인의 비업무용토지로 된 경우에 해당한다고 볼 수 없다(같은 취지 대법원 1993.7.27, 92누14731, 1993.2.23, 92누11664)할 것인데, 청구법인의 경우 제출된 자료에 의하면 이건 토지를 1994.8.4. 취득하고 1994.9.6. 이건 토지위에 공장용 건축허가를 득하여 1994.11.2. 건축물 착공 신고를 하고 1995.3.31. 처분청으로부터 이건 건축물 사용검사필증(94～245호)을 교부받아 1년 6개월간 고유업무(공장용)에 직접 사용하다가 1996.9.13. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 이건 부동산을 매각한 사실을 인정할 수 있고, 또한 청구법인이 제출한 대차대조표 및 손익계산서에 의하면 당기 순손익이 1994년도에 △96,025,515원, 1995년도에 △14,697,481원, 1996년도에 △1,336,635,155원 발생한 사실과, 1996년도에 청구법인의 주 거래처인 청구외 ㅇㅇ,ㅇㅇ(주)의 부도(366,191,452원)로 경영이 극도로 악화되어 이건 부동산을 매각하여 매각대금 대부분(1,800,000,000원중 1,720,000,000원)을 산업은행 대구지점에 산업운영자금 및 시설자금 차입금 상환을 한 사실이 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점 확인서, 여신입금표 및 부도난 약속어음에서 인정되는 바, 위 인정사실을 종합하여 보면 청구법인은 이건 부동산을 투기목적으로 취득한 것이 아니라 공장용으로 사용하기 위하여 취득하였고 당초의 취득목적대로 1년 6개월간 공장용에 사용하다가 위와 같은 사유로 매각한 것이라면 그 매각에 “정당한 사유”가 있다고 보여지므로 처분청에서 이건 부동산을 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 중과세 및 기면제하였던 등록세 등을 부과고지한 이건 처분은 위법·부당하므로 취소되어야 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 7. 23. 내 무 부 장 관