[주 문] 처분청이 1996.12.30. 청구법인으로부터 수납하여 징수 결정한 등록세 5,034,000원, 교육세 1,006,800원, 합계 6,040,800원은 이를 등록세 2,052,000원, 교육세 410,400원, 합계 2,462,400원으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1996.12.30. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 2,774㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 소유권 이전등기를 하기 위하여 부동산 매매계약서에 의한 취득가액(167,800,000원)에 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 5,034,000원, 교육세 1,006,800원, 합계 6,040,800원을 1996.12.30. 신고납부함에 따라 이를 수납하여 징수결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 1996.12.30. 청구외 ㅇㅇㅇ으로부터 이건 토지(2,774㎡)중 1,130㎡(342평, 이하 “이건 쟁점 토지”라 한다)를 68,400,000원(평당 매입가격: 200,000원)에 취득한 후 청구외 ㅇㅇㅇ 법무사 사무실에 등기업무 등을 위임하였으나, 등기업무 등을 수임받은 법무사 사무실 직원이 등록세 신고대행 과정에서 법인장부에 의한 취득가격을 확인도 하지 않는 채, 최초 등기업무 수임당시 표시해 두었던 평당매입가격 200,000원에 이건 토지 전체 면적인 839평(2,774㎡)을 이전하는 것으로 착각하여 신고한 탓에 과표가 167,800,000원이 되었으나, 법인은 일반개인과는 달리 법인장부상 가액을 취득가액으로 하도록 하고 있고, 등기가 잘못되어 경정등기를 하였는데도 당초 법무사 사무실 직원이 잘못 신고한 가액을 과세표준으로 하여 청구법인이 신고납부한 이건 등록세 등을 징수결정한 것은 부당하다고 주장하면서 일부 세액의 환부를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법무사 직원이 토지면적을 착각하여 취득신고 및 소유권 이전등기를 하였다가, 등기 착오를 이유로 경정 등기를 한 경우 그 과세표준을 법인장부상 가액으로 하지 아니하고 당초 취득신고한 가액으로 한 것이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제124조에서 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다” 라고 규정하고, 같은법 제150조의2제1항에서 ”등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 등기 또는 등록을 하기 전까지 신고납부하여야 한다“라고 규정하고 있으며, 같은법 제130조제1항에서 “부동산...에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다(단서생략)”라고 규정한 다음, 같은조 제3항에서 “제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다(단서생략)”라고 규정하고 있으며, 같은법 제111조제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가액에 의한다”라고 규정하고, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정한 다음, 같은법시행령 제82조의2제1항제2호에서 “법인장부: 법원이 작성한 원장, 보조장, 출납전표, 결산서”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 1996.12.30. 이건 토지를 취득한 후 소유권 이전등기를 하기 위하여 부동산 매매계약서에 의한 취득가액을 과세표준으로 하여 등록세 등을 신고납부함에 따라 이를 수납하여 징수결정한 사실은 제출된 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 쟁점 토지만 취득하였는데도 등기업무 등을 수임받은 법무사 사무실 직원이 등록세 신고대행 과정에서 법인장부상 가액을 확인도 하지 않고 최초 등기업무 수임당시 표시해 두었던 평당 매입가격에 이건 토지 전체를 이전하는 것으로 착각하여 취득신고 및 소유권 이전등기를 하였으나, 일반 개인과는 달리 법인의 경우는 법인장부상 가액을 과세표준으로 하도록 하고 있고, 등기가 잘못되어 경정등기를 하였는데도 당초 잘못 신고한 가액을 과세표준으로 한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제130조제1항 및 제2항에서 부동산에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 신고가액으로 하도록 규정하고 있으나, 지방세법 제130조제3항, 제111조제5항제3호 및 같은법시행령 제82조의2제1항제2호에 의하면 법인장부 등에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에는 신고가액에 불구하고 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있으므로, 등기·등록자가 등록세 과세대상인 토지를 취득한 후 지방세법 제130조제2항에 의한 취득신고를 하였다고 하더라도 법인장부 등에 의하여 사실상의 취득가액이 입증되면 법 제130조제3항 및 제111조제5항의 규정에 의하여 입증된 사실상의 취득가액으로 과세표준이 정해진다 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1988.1.12. 87누953)인 바, 제출된 관계증빙자료(건축허가신청서, 법인장부, 토지보유명세서, 토지등기부등본 등)에 의하면 청구법인이 1996.12.26. 처분청으로부터 이건 토지면적(2,774㎡)중 1,130㎡(이건 쟁점토지)에 대하여만 건축허가를 받았을 뿐만 아니라, 토지 취득가액이 68,400,000원임이 확인되고 있고, 이건 토지중 1,130㎡만 취득한 사실과 1996.12.31. 이건 토지에 대하여 소유권 이전등기를 하였다가 등기착오를 이유로 1997.1.24. 경정등기를 한 사실이 확인되고 있음을 볼 때, 청구법인의 경우 당초 등기한 부분에 착오가 있어 경정등기를 하였다고 하더라도 등기 당시 등록세의 과세요건이 충족되므로 등록세 납세의무 성립여부에는 별다른 영향을 미치지 아니하나, 법인의 장부 등에 의해 당해 토지의 사실상 취득가액 (68,400,000원)이 입증되고 있는 경우에는 지방세법 제130조제3항 및 제111조제5항의 규정에 의거 그 가액을 과세표준으로 하여야 하므로 처분청에서 청구법인이 당초 취득신고한 가액을 과세표준으로 하여 신고납부한 등록세 등을 수납하여 징수결정한 것은 잘못되었다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 6. 25. 내 무 부 장 관