[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 연구소로 사용하고 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지상의 건축물 연면적(46,157㎡, 이하 “이건 사업소”라 한다)과 종업원의 급여총액(61,906,063,000원)을 과세표준으로 하여 1991년도부터 1994년도까지의 재산할 사업소세와 1991년 7월부터 1994년 12월분까지의 종업원할 사업소세를 신고납부하지 아니하였으므로 지방세법 제248조제1항제1호 및 제2호의 세율을 각각 적용하여 산출한 재산할 사업소세 49,933,470원(1991년: 8,392,170원, 1992년: 13,847,100원, 1993년: 13,847,100원, 1994년: 13,847,100원), 종업원할 사업소세 371,436,380원(1991년: 55,088,070원, 1992년: 90,509,480원, 1993년: 103,550,100원, 1994년: 122,288,730원), 합계 421,369,850원(가산세 포함)을 1996.7.10. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 국가의 미래과학기술을 선도하는 창조적 원천기술의 연구개발 등을 목적사업으로 하는 비영리재단법인으로서 청구법인의 설립목적에 의거 최첨단 과학의 연구와 더불어 연구성과의 보급을 위한 교육활동을 활발히 수행하고 있을 뿐만 아니라 5개 국내대학의 석·박사 과정자에 대한 실험실습 및 학위논문에 대한 연구지도 교육 등을 전문적으로 하고 있음을 볼 때, 지방세법 제245조의2제1항, 같은법시행령 제207조 및 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항제2호의 규정에 의한 교육을 목적으로 하는 재단법인에 해당되어 사업소세 비과세 대상임이 명백하며, 청구법인의 경우 1994.12.31.까지는 사업소세 과세대장에 등재되어 있지 않았고, 처분청에서 직권으로 사업소세 과세대상에 등재한 후에도 이를 청구법인에게 통지하지도 않았을 뿐만 아니라 지금까지 사업소세를 비과세해 오다가 새로운 해석에 의하여 과세대상으로 본 것은 소급과세에 해당되어 위법하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 과학기술처장관으로부터 설립허가를 받아 설립된ㅇㅇ기술연구원에 대하여 사업소세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제243조제1호에서 “‘사업소’라 함은 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 설치한 인적 및 물적설비로서 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다”라고 규정하고, 그 제2호에서 “‘...재산할’이라 함은 사업소 연면적을 과세표준으로 하여 부과하는 사업소세를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “‘종업원할’이라 함은 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 사업소세를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제244조제1호에서 재산할 사업소세의 납세의무자를 “납기개시일 현재 사업소세 과세대장에 등재된 사업주(단서 생략)”로 규정하고, 그 제2호에서 종업원할의 납세의무자를 “종업원에게 급여를 지급하는 사업주”라고 규정하고 있으며, 구같은법 제247조제1호에서 사업소세의 과세표준은 “재산할: 납기개시일 현재의 사업소 연면적”이라고 규정하고, 그 제2호에서 “종업원할: 매월말 현재 당해 월에 지급된 종업원의 급여총액”이라고 규정하고 있으며, 같은법 제248조제1항에서 “사업소세의 세율은 다음 각호에 정하는 세율을 초과할 수 없다”라고 규정하고, 그 제1호(1991.12.14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것)에서 “재산할: 사업소 연면적 3.3㎡당 500원(1992.1.1. 이후 사업소 연면적 1㎡당 250원)”이라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “종업원할: 종업원 급여총액의 100분의 0.5”라고 규정하고 있으며, 같은법 제245조의2제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 사업소세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자(단서생략)”라고 규정한 다음, 같은법시행령 제207조에서 “법 제245조의2제1항제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조제1항제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법시행령 제79조제1항제2호에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인” 이라고 규정하고 있으며, 구같은법 제250조제1항에서 “사업소세의 징수방법은 자진신고납부의 방법에 의하여 징수한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 1991년부터 1994년까지의 재산할 사업소세와 1991년 7월부터 1994년 12월까지의 종업원할 사업소세를 신고납부하지 아니하였으므로, 이건 사업소 연면적과 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 사업소세를 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 학술 및 교육을 주목적으로 하는 비영리재단법인이므로 사업소세 비과세 대상에 해당하며, 지금까지 사업소세를 비과세해 오다가 해석을 달리하여 사업소세를 과세한 처분은 소급과세에 해당되어 위법하다고 주장하고 있으므로, 먼저 사업소세 비과세 대상에 해당되는지 여부를 살펴보면, 지방세법 제245조의2제1항제1호 및 구지방세법시행령 제79조제1항제2호에 의하면 교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인에 대하여는 사업소세를 비과세하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 특정연구기관육성법 제2조 및 같은법시행령 제3조의 규정에 의한 연구기관으로서 국가과학기술의 저력배양을 위한 기초, 응용과학의 연구 및 정부가 위임하는 연구개발사업의 기획·평가관리 업무 등을 목적으로 1989.6.12. 민법 제32조에 의거 과학기술처장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립되었고, 국가미래과학기술을 선도하는 종합연구의 수행과 동시에 교육훈련의 부가적인 기능(국내 5개 대학과 체결한 약정서에 의거 교육수업 등은 국내 5개 대학에서 실시하고, 실험·실습 등은 청구법인의 연구시설 활용)을 수행하고 있는 사실이 과학기술처장관의 관련 공문(화공 71030-103, 1996.7.6.)등에 의거 확인되고 있음을 볼 때, 청구법인은 『교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인』이라기보다는 정부로부터 허가를 받거나 특별법에 의하여 설립되거나 특별법의 적용을 받는 학술연구단체』에 해당한다 하겠고, 학술연구단체는 사업소세 비과세 대상으로 열거하고 있지 아니하므로 처분청에서 청구법인에게 사업소세를 부과고지한 처분은 별다른 잘못이 없다 하겠다. 다음으로 지금까지 사업소세를 비과세해 오다가 새로운 해석에 의하여 과세대상으로 본 것은 소급과세에 해당한다는 청구법인의 주장을 살펴보면, 사업소세는 신고납부 세목으로서 신고납부 방식의 조세에 있어서는 납세자에게 신고납부 의무를 두고 있으므로 신고납부를 하지 아니한 경우 과세관청은 부과제척기간(5년)내에는 언제든지 직권으로 과세할 수 있을 뿐만 아니라 처분청에서 지금까지 사업소세를 비과세해 오다가 새로운 해석에 의하여 과세대상으로 본 것이 아니라 청구법인이 사업소세 신고 불이행으로 인하여 이를 알지 못하여 지금까지 사업소세가 과세되지 않았다가 이를 확인한 후 사업소세 과세대장에 등재하고 이건 사업소세를 부과고지한 것이므로 소급과세에 해당되거나 신의성실의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없으며, 또한 청구법인이 지방세법 제251조의 규정에 의하여 필요한 사항을 처분청에 신고하지 않아 지방세법시행규칙 별지 제100호 서식에 의한 사업소세 과세대장에 이를 기재치 못하였으나, 그 후 처분청에서 이를 확인하고 직권으로 사업소세 과세대장에 등재한 이상, 처분청이 청구법인에게 과세대장 등재사실을 통지하지 않았다고 하더라도 사업소세 과세대장에 등재됨으로써 등재의 효력이 발생하므로 이건 부과처분에 별다른 영향을 미치지 아니한다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 5. 28 내 무 부 장 관