[주 문] 처분청이 1996.10.9. 청구법인에게 부과고지한 등록세 53,449,920원, 교육세 10,689,980원, 합계 64,139,900원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 1989.8.10. 설립된 청구법인이 1994.1.31. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 854.4㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 같은해 2.1. 소유권 이전등기를 하면서 이건 토지의 취득가액(712,157,000원)에 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등(25,637,650원)을 신고납부하였으나, 자체 법인세무조사를 실시한 결과, 이건 토지상에 공장 건축물 1,709.17㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)를 1994.9.7. 준공 취득한 후 이건 건물중 639.8㎡는 도시형 업종에 해당하는 공장으로 사용하고, 나머지(1,068.37㎡)는 공장창고, 생산·자재 사무실, 식당 등(이하 “이건 부대시설”이라 한다)으로 사용하고 있으므로, 당해 건축물 연면적의 비율로 안분 계산하여 산출한 부대시설의 부속토지(534.38㎡)를 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 그 취득가액(445,416,000원)에 지방세법 제138조제1항의 중과 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 53,449,920원, 교육세 10,689,980원, 합계 64,139,900원을 1996.10.9. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 니켈-카드뮴 전지를 이용한 산업용 충전 시스템의 조립생산 및 판매 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 이건 부동산을 취득한 후 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조의 규정에 의한 도시형 업종의 공장을 영위하고 있는 바, 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 부동산을 취득·등기하더라도 도시형 업종을 영위하고 있는 경우는 등록세 중과 대상에서 제외됨에도 이건 건물중 공장등록증상의 제조시설 부분(639.8㎡)을 제외한 나머지 부대시설(공장창고, 사무실, 식당등)에 대하여 공장의 범위에 포함되지 않는다고 하여 등록세 등을 중과세 하였으나, 지방세법상 공장이라 함은 생산설비를 갖춘 장소와 생산과 관련하여 사용되는 장소를 말하므로, 창고나 사무실 등은 생산과 직결된 업무를 수행하고 있는 시설(공장)로 보아야 할 뿐만 아니라, 생산에 직접 공여되지 않는 식당, 탈의실 등(89.4㎡)을 제외한 화장실, 계단, 경비실 등도 공장건물의 필수시설로서 공장의 범위에 포함시켜 등록세 중과 대상에서 제외시켜야 함에도 이건 부대시설 전체를 공장의 범위에서 제외하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 청구법인의 이건 공장용 건축물중 생산에 직접 공여되지 않는 부대시설 등이 대도시내 법인 중과대상에서 제외되는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 업종...에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 그 제4호에서 “대도시내에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산 등기”라고 규정하고 있으며, 구같은법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제3항에서 “제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조제3항에서 “법 제138조제1항제4호에서 ‘공장의 신설 또는 증설’이라 함은 제84조의2제2항의 규정에 의한 공장의 신설 또는 증설을 말한다. 이 경우 공장의 범위와 적용기준은 내무부령으로 정한다”라고 규정하고, 구같은법시행규칙(1994.12.31. 내무부령 제633호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제55조에서 “법 제102조에서 정한 대도시내 공장에 대한 중과세 범위와 적용의 기준은 제47조 내지 제47조의3의 규정을 준용한다. 이 경우 ‘취득세’는 ‘등록세’로, ‘법 제112조제1항의 세율’은 ‘법 제131조의 세율’로, ‘법 제112조제3항의 세율’은 ‘법 제131조의 세율의 5배’로, ‘취득일’은 ‘등기일’로 한다”라고 규정한 다음, 구같은법시행규칙 제47조제1호에서 “공장: 영업을 목적으로 물품의 제조·가공·수선이나 인쇄 등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 장소 및 창고·사무실(대피소·무기고·탄약고·휴게실·기숙사·교육시설 등 생산에 직접 공여되지 아니하는 장소를 포함하되, 법 제112조제3항과 영 제84조의2의 규정을 적용함에 있어서는 그러하지 아니하다)과 그 부속토지를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법시행규칙 제47조의 2에서 “...공장의 범위는 공장건축물의 연면적(...)이 200㎡이상 또는 종업원(...) 16인 이상을 사용하는 사업 또는 사업장(공업배치법시행령 별표 2에 정한 업종을 제외한다)으로서 별표 3에 정한 것을 말한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 1989.8.10. 설립된 청구법인이 1994.1.31. 이건 토지를 취득한 후 같은해 2.1. 소유권 이전등기를 하면서 등록세 등을 신고납부하였으나, 자체 법인세무조사를 실시한 결과 이건 토지상에 건축물을 1994.9.7. 준공·취득한 후 도시형 업종을 영위하고 있으므로, 이건 건물중 제조시설 면적과 이건 부대시설 면적의 비율로 안분 계산하여 산출한 이건 부대시설의 부속토지에 대하여 대도시내 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 처분청이 이건 건물중 공장등록증상의 제조시설 면적을 제외한 나머지 이건 부대시설 면적을 공장의 범위에서 제외하였으나, 지방세법상 공장이라 함은 생산에 직접 공여되는 시설을 말하므로, 창고나 사무실은 생산에 공여되는 시설로 보아야 하고, 생산에 직접 공여되지 않는 식당, 탈의실등(89.4㎡)을 제외한 화장실, 계단, 경비실 등도 건물의 성격상 꼭 필요한 시설로서 도시형 업종의 공장의 범위에 포함시켜 등록세 중과 대상에서 제외되어야 함에도 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제138조제1항제3호 및 제4호에서 대도시내 법인 설립후 5년이내에 취득하는 일체의 부동산 등기(공장신설 포함)와 대도시내에서의 공장 신설에 따른 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고, 구같은법시행령 제102조제3항의 위임을 받은 구같은법시행규칙 제55조에서 대도시내 공장신설에 대한 등록세 중과범위와 적용기준은 같은법시행규칙 제47조의2에서 제47조 내지 제47조의3을 준용하도록 규정한 다음, 구같은법시행규칙 제47조의2에서 공장의 범위를 공장연면적 200㎡ 이상 또는 종업원 16인 이상을 사용하는 사업 또는 사업장으로서 공업배치법시행령 별표2에 정하는 업종(도시형업종)을 중과세 대상에서 제외하도록 규정하는 한편, 같은법시행규칙 제47조에서 공장은 생산시설을 갖춘 장소·창고·사무실·대피소·무기고·탄약고·휴게실·기숙사·교육시설 등을 포함하되, 이중 생산시설을 갖춘 장소·창고·사무실 면적에 대해서는 중과세하고 그외 대피소·무기고 등 생산에 직접 공여되지 않는 부대시설은 중과대상에서 제외(일반과세)하도록 규정하고 있으므로, 이건과 같은 도시형 업종의 공장은 대피소·무기고·탄약고 등 생산에 직접 공여되지 않는 부대시설 뿐만 아니라 생산에 직접 공여되는(비도시형 업종의 중과대상인) 생산시설을 갖춘 장소·창고·사무실 면적까지를 모두 일반과세한다는 취지로 보아야 할 것이다(같은취지의 대법원 판결 1996.10.15. 95누13623). 그런데도 처분청이 생산에 직접 공여되지 않는 일부 부대시설 등에 대해 이건 등록세를 중과세한 데는 지방세법 제138조제1항제3호 및 제4호와 구같은법시행령 제102조제3항의 등록세 중과법리를 오해한 잘못이 있으므로 이건 부과처분은 취소되어야 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 5. 28. 내 무 부 장 관