[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 청구외 ㅇㅇㅇ외 1인으로부터 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 120,682㎡를 사업용 토지로 1993.11.24. 현물 출자받아 1994.5.17. 분할한 후 이중 도로면적 6,082㎡를 제외한 114,600㎡를 1995.9.12. 소유권 이전등기하면서 등록세 등을 과소신고 납부한 사실을 확인하고 지방세법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 12,045,430원, 교육세 2,208,320원, 합계 14,253,740원(가산세 포함)을 1996.11.1. 부과고지하였으나,ㅇㅇ지사는 1997.3.13. 이의신청 결정시 이미 납부한 세액중 차감하지 않은 세액이 있었다 하여 등록세 11,945,420원, 교육세 2,188,320원, 합계 14,133,740원(가산세 포함)으로 경정 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 골재생산 및 판매를 주업으로 하여 1992.1.10. 설립된 중소기업체로서 청구외 ㅇㅇㅇ과 ㅇㅇㅇ로부터 이건 토지를 1993.11.24. 현물 출자받아 1995.9.12. 소유권 이전등기하면서 토지거래 허가가격(590,000,000원)을 과세표준액으로 하여 등록세등 21,240,000원을 이미 납부하였는데도 처분청은 미납세액이 있다고 하여 1996. 11.1. 법인장부상 가액(925,595,000원)으로 이건 등록세 등을 추가로 부과고지하였지만 청구법인은 창업일로부터 2년 이내에 이건 부동산을 취득하였고, 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내 취득하는 사업용 재산등기에 대하여는 구조세감면규제법 제113조제2항(1993.12.31. 이전에는 제84조제2항의 규정)에서등록세 50%를 감면해 주도록 규정하고 있으므로 이건 등록세 과세표준액을 법인장부상 가격으로 산정하더라도 청구법인이 납부할 세액은 16,642,700원(등록세 13,868,920원, 교육세 2,773,780원)이 되므로 오히려 이미 납부한 세액에서 4,597,300원이 환급되어야 한다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소 및 초과 납부세액의 환급을 청구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 청구법인의 이건 부동산 취득등기가 구조세감면규제법 제113조 제2항의 규정에 의한 등록세 100분의 50 감면대상인지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제124조에서 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(...)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다” 라고 규정하고, 같은법 제130조제1항에서 “부동산·선박...에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다”라고 규정한 다음, 같은법 제151조에서 “등록세 납세의무자가 제150조의2의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 130조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수 방법에 의하여 징수한다”라고 규정하였으며, 구조세감면규제법(1996.12.30. 법률 제5195호로 개정되기 이전의 것) 제113조제2항에서 “창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내 취득하는 사업용 재산에 관한 등기...에 대하여는 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”라고 규정하고, 중소기업창업지원법(1995.12.29. 법률 제5091호로 개정되기 이전의 것) 제3조에서 “이 법은 제조업 및 대통령이 정하는 업종의 창업에 관하여 적용한다”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령(1995.12.30. 대통령령 제14887호로 개정되기 이전의 것) 제3조에서 “법 제3조에서 『대통령이 정하는 업종』이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 업종을 말한다. 1. 광업 2. 건축·엔지니어링 기타 기술서비스업 3. 정보처리 기타 컴퓨터운용 관련업 4. 기타 통상산업부장관이 법 제17조의 규정에 의한 창업지원심의회의 심의를 거쳐 정하는 업종”이라고 규정하고, 같은법시행규칙(1996.2.6, 통상산업부령 제31호로 개정되기 이전의 것) 제8조에서 “창업자가 법 제21조제1항 및 영 제27조의 규정에 의하여 사업계획 승인 또는 변경승인을 얻고자 하는 경우에는 별지 6호 서식의 신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여...군수...에게 제출하여야 한다. 1. 사업계획서(승인신청의 경우에 한한다)... 5. 공장예정지적도... 6. 부동산 권리자의 사용동의서...10. 법 제21조제3항의 규정에 의한 지침에서 정하는 서류”라고 각각 규정하였다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은, 청구법인이 1992.1.10.ㅇㅇ ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지에서 원석채취·골재생산 등 토사석 채취업을 목적사업으로 법인을 설립하고, 청구법인의 이사인 ㅇㅇㅇ외 1인으로부터 같은리 산22번지외 3필지 토지 120,682㎡를 1993.11. 24. 현물출자받아 이중 도로면적등 6,082㎡를 제외한 114,600㎡를 1995.9.12. 소유권 이전등기하면서 등록세 등을 과소신고납부한데 대하여, 1996.11.1. 등록세 등 14,253,740원을 추가로 부과고지하였으나,ㅇㅇ지사는 1997.3.13. 이의신청 결정시 당초 부과처분을 등록세 등 14,133,740원으로 경정하였음을 알수 있다. 그런데 청구법인은 창업일(1992.1.10.)로부터 2년 이내에 이건 부동산을 취득(1993.11.24.) 하였으므로 구조세감면규제법 제113조제2항(1993.12.31. 법률 제4666호로 개정되기 전에는 제84조제2항에서 규정)에 의거 이건 등록세가 50% 감면되어야 하기 때문에 이건 부과처분은 취소되어야 하고 이미 초과납부한 세액 4,597,300원은 오히려 환급되어야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 창업중소기업에 등록세 등을 감면해 주는 입법취지는 새로이 창업하는 중소기업중 특히 제조업 및 대통령이 정하는 정하는 업종(제조업 이외의 광업, 건축·엔지니어링 기타 기술서비스업등)의 성장 및 발전을 국가적 차원에서 지원함에 있다 할 것이고, 이러한 창업중소기업이 구조세감면규제법이 정하는 바에 의하여 등록세 등을 감면받기 위해서는 업종이 광업인 경우는 광업법 제17조의 규정에 의하여 출원하고 특허를 받은 후 중소기업창업지원법상의 사업계획 승인까지는 받지 않더라도 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제13조제1항의 규정에 의하여 공장설립 승인신청을 하여야 하는데도 이러한 절차없이 산림법 제90조의2 제1항의 규정에 의하여 암석의 굴취·채취를 위한 채석허가(‘97.1.23～’99.12.30.)를 받아 골재채취법 제14조의 규정에 의하여 등록한 이상, 구조세감면규제법 제113조제2항의 규정에 의하여 이건 등록세가 50% 감면되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 5. 28. 내 무 부 장 관