[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 종교사업 목적으로 1993.8.30.～1996.7.6. 연부취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 1,659.09㎡와 그 지상건축물 1,596.5㎡(지하1층, 지상4층, 이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제107조제1호의 규정에 의거 종교사업 목적으로 취득한 부동산에 해당된다고 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 청구법인이 이건 부동산을 타인에게 유상으로 임대하여 취득일로부터 1년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니하였으므로 이건 부동산의 취득가액(3,200,000,000원)중 1995.1.1. 이전에 지급한 연부가액(1,800,000,000원)에 구같은법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 43,200,000원, 농어촌특별세 968,000원, 합계 44,168,000원(가산세포함)을 1996.8.16. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 종교사업을 목적사업으로 하는 법인으로서 신도들의 선교관 및 교육관으로 사용하기 위하여 1993.5.15. 청구외 (주)ㅇㅇ와 이건 부동산에 대한 연부취득 계약을 체결한 후, 청구법인의 사용에 지장을 주지 않는 범위내에서 이건 부동산의 일부를 예배가 없는 요일에 한하여 청구외 ㅇㅇ신학교가 사용하도록 하였는 바, 임차인인 청구외 ㅇㅇ신학교는 청구법인의 목적사업과 동일한 종교 등을 목적사업으로 하는 비영리사업자로서 청구외 ㅇㅇ신학교가 선교 및 교육을 위하여 사용하고 있는 이건 부동산은 청구법인이 고유목적사업에 사용하고 있는 것으로 보아 취득세 등을 비과세하여야 함에도 청구법인의 이건 부동산 취득 목적이 종교 등이 아니라고 보아 처분청에서 이건 부동산중 1995.1.1. 이전에 취득한 부분에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 종교 등을 목적사업으로 하는 법인이 부동산을 취득한 후 1년 이내에 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고, 같은법시행령 제78조의2제1항에서 “법 제107조 본문단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 이건 부동산을 타인에게 유상으로 임대하였으므로 이미 비과세한 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 부동산을 청구외 ㅇㅇ신학교가 선교 및 교육에 사용하고 있으므로 청구법인이 고유목적사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보아 취득세 등을 비과세하여야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제107조, 지방세법시행령 제78조의2제1항 및 법인세법 제1조의 규정을 종합해 보면, 종교 등을 목적사업으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 비과세하되 당해 부동산을 임대 등 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 이미 비과세한 취득세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1993.5.15. 청구외 (주)ㅇㅇ와 이건 부동산에 대한 연부취득계약을 체결하고 이건 부동산 대금(3,200,000,000원)중 1,800,000,000원을 1993.5.15.～1994.11.29. 지급함으로써 이건 부동산의 일부를 취득한 후, 1993.6.25. 청구외 ㅇㅇㅇ(ㅇㅇ학원 대표)과 이건 부동산에 대한 임대계약(보증금 350,000,000원, 월임대료 7,000,000원)을 체결하여 임대기간을 1994.4.30.부터 2년간으로 하였으며, 이건 부동산의 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ교육청 교육장으로부터 1994.9.2. 이건 부동산의 건축물(이하 “이건 건축물”이라 한다) 3층에 ㅇㅇ학원, 같은해 9.14. 1층에 ㅇㅇ학원, 2,3층에ㅇㅇ학원 등록을 각각 필한 다음 1994.10.17. ㅇㅇ세무서장에게 이건 부동산에 ㅇㅇ학원(대표자 ㅇㅇㅇ)을 상호로 하는 사업자등록(등록번호 212-94-72260)을 한 후, 1995.11.27. ㅇㅇ세무서장에게 1994년도 종합소득세 1,609,940원을 납부한 사실이 이건 부동산 임대차계약서, 학원등록증, 사업자등록증, 납세사실증명원에서 확인되고 있을 뿐만 아니라, 1994.7.16. 이건 건축물중 1-3층의 용도가 당초 교육연구시설에서 근린생활시설(예능계학원)으로 변경되었고, 그 실제 사용용도도 강의실(신학과, 문예창작학과, 연극영화학과, 교회음악학과, 미술학과, 무용학과, 레크레이션학과, 유아교육학과), 교무실, 학장실, 학생회실, 소극장, 동아리실 등으로 사용되고 있음이 이건 건축물의 일반건축물대장 및 처분청이 제출한 이건 건축물현황 사진에서 확인되고 있는 점 등을 종합해 볼 때, 이건 부동산은 청구법인이 청구외ㅇㅇㅇ에게 임대하여 수익사업에 사용하는 경우에 해당되고ㅇㅇ교회의 고유목적사업에 직접 사용하고 있다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없으므로 이건 부동산의 일부를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 청구법인이 1995.1.1. 이전에 대금을 지급하고 취득한 이건 부동산의 일부에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 2. 26. 내 무 부 장 관