[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1996.6.13. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 2,461㎡ 및 건축물 4,467.8㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 출연받아 취득한 후 이건 부동산중 수익사업용(임대)으로 사용하고 있는 토지 2,279㎡ 및 건축물 4,137.8㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 시가표준액(7,734,244,500원)에 지방세법 제112조제1항 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 154,684,890원, 농어촌특별세 27,177,560원, 등록세 580,068,330원, 교육세 116,013,660원, 합계 877,944,440원을 1996.7.4. 자진신고납부한 것을 같은날 징수결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 공익법인의 설립·운영에관한법률 제4조의 규정에 의하여 설립된 장학재단으로서 출연받은 이건 부동산중 쟁점부동산을 임대하였으므로 고유업무에 직접 사용하지 아니한다고 보아 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 1996.7.4. 자진신고 납부한 후 1996.8.7. 처분청에 취득세 등의 감면신청서를 제출하였으나, 같은해 8.14. 처분청에서 감면대상이 되지 아니한다는 통보를 받아 이에 대한 감면거부 취소와 신고납부된 취득세 등을 환부해 달라는 이의신청을 제기하였으나 이의신청결정기관인 서울특별시장은 신고납부한 취득세 등은 이의신청의 대상이 되지 아니한다고 보아 각하결정하였는 바, 이건 부동산에 대한 취득세 등의 감면거부 처분에 따른 이의신청이므로 이의신청결정기관의 결정은 잘못되었으며, 공공법인에 대한 지방세 과세면제는 서울특별시 교육청의 설립허가시 부동산임대업에 대하여 인가를 받았으므로 쟁점부동산은 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당되어 지방세법 제290조제1항제18호의 규정에 의하여 취득세 등이 과세면제대상임에도 처분청에서 쟁점부동산에 대한 감면신청을 받아들이지 아니한 것은 위법·부당하므로 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 감면신청을 받아들여 신고납부하여 과오납된 취득세 등의 환부를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 취득세 등 감면신청 결정통지가 지방세 불복대상에 해당되는지와 장학재단이 취득한 부동산을 임대한 경우 비영리 공익법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 부동산에 해당되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제58조제1항에서 “이 법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 그 처분이 있은 것을 안 날(...)부터 60일(...) 이내에... 이의신청을 할 수 있다... ”라고 규정하고, 같은법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세... 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하면서, 그 제18호에서 “정부로부터 인가 또는 허가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받은 학술연구단체, 장학단체, 기술진흥단체... ”라고 규정하고, 같은법시행령 제230조에서 “법 제5장의 규정에서 ‘고유업무’라 함은 제84조의4제2항에서 규정한 고유업무를 말한다... ”라고 규정하고, 같은법시행령 제84조의4제2항에서 “제1항에서 ‘고유업무’라 함은 다음 각호의 업무를 말한다”라고 규정하면서 “1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무 2. 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무 3. 행정관청으로부터 인·허가를 받은 업무”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인의 쟁점토지에 대하여 고유업무에 직접 사용하지 아니한다고 보아 1996.7.4. 취득세 등을 신고납부한 것을 징수결정하였으나 청구법인이 쟁점토지에 대하여 1996.8.7. 지방세 감면신청을 하자 처분청에서는 이를 받아들이지 아니하여 1996.9.5. 지방세이의신청을 하였으나 이의신청결정기관인 서울특별시장은 신고납부는 이미 확정된 조세채권에 대한 징수처분에 지나지 아니하여 새로운 과세처분에 해당되지 아니한다고 보아 각하결정한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 신고납부한 세액의 환부청구가 아닌 지방세 감면신청을 거부처분한 것에 대한 불복이므로 각하대상에 해당되지 아니하고, 법인설립시 서울특별시 교육청으로부터 부동산임대업에 대하여 인가를 받았으므로 쟁점부동산은 고유업무에 사용하는 것인데도 처분청에서 지방세 감면신청을 받아들이지 아니하고 신고납부된 취득세 등을 환부해 주지 않는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 먼저 지방세 감면신청 결정통지 및 신고납부한 지방세에 대하여 이에 불복하여 이의신청 및 심사청구한 경우 이의신청 및 심사청구 대상으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제58조제1항에서 지방세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 그 처분을 안 날로부터 60일 이내에 이의신청을 할 수 있다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 처분청의 지방세감면신청 거부회신(부과 13410-2388, 1996.8.14.)에 대한 지방세 이의신청은 적법하다고 주장하지만, 대법원판례(88누4591, 1990.3.27.)에서 “취득세 및 등록세의 면제신청을 거부하는 취지의 회신을 보냈다고 하더라도 취득세와 등록세가 신고납부방식의 조세인 이상, 신고납부를 확인하여 통지한 것을 가르켜 행정처분이라 할 수 없다”라고 판시하고 있으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나, 처분청에서 청구법인에게 1996.7.4. 지방세 감면통지를 하면서 당초 조정액(취득세 167,010,250원, 등록세 626,288,450원)에서 감면결정액(취득세 12,325,350원, 등록세 40,220,050원)을 차감한 차감납부세액(취득세 154,684,890원, 등록세 580,068,350원)으로 통지하자 청구법인은 차인납부세액을 같은날 자진신고 납부한 후, 그 날(1996.7.4.)로부터 60일 이내인 1996.9.5.(9.4. 일요일) 지방세 이의신청을 하였으나, 대법원판례(94누910, 1995.2.3.)에서 “납세의무자가 지방세법 제111조제2항, 제120조에 따라 과세표준과 세액을 신고하였다면 이로써 그의 취득세 본세 납세의무가 확정되는 것이므로 그 뒤 그에게 납세고지서가 발부되었다 하더라도 이는 취득세 본세에 관한한 이미 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분에 지나지 않고 여기에 과세관청의 과세처분이 있었다고 볼 것은 아니므로 취득세 본세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 부적법하여 각하되어야 한다”라고 판시하고 있어 위 대법원판결에 따라 서울특별시장은 자진신고행위는 이의신청 대상이 아니라고 보아 본안 심리를 하지 아니하고 각하 결정하였으나, 지방세심사청구 제도가 조세행정 활동으로부터 납세자의 권익 또는 이익의 침해에 대한 권리구제를 확대하는데 그 취지가 있다 하겠으므로 본안 심리 대상으로 다루는 것이 타당하다 할 것이다. 다음으로, 청구법인의 이건 부동산중 쟁점부동산을 임대한 경우, 비영리 공익법인이 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제290조제1항제18호 및 같은법시행령 제230조, 제84조의4제2항을 종합해 보면, 정부로부터 인가 또는 허가를 받거나 민법이외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체가 법령 또는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 공익법인의설립·운영에관한법률 제4조에 의하여 서울특별시 교육청으로부터 1996.6.13. 법인설립허가(제1-539호)를 받아 1996.6.25. 법인설립 등기를 하면서 명칭을 “재단법인 덕영재단”으로 하고, 설립목적을 “사회 일반의 이익에 공여하기 위하여 공익법인의설립·운영에관한법률의 규정에 따라 우수한 국내외 학생에 대한 장학금 지급·도서보급과 국내외 학술연구기관 및 개인에 대한 재정적 지원 등을 수행함을 목적”으로 한다고 하고, 그 목적을 달성하기 위하여 목적사업을 “국내외 학생에 대한 장학금 지급, 국내외 학생을 위한 도서보급 지원사업, 국내외 학술연구기관 및 개인에 대한 재정적 지원사업, 교육경제 및 역사의 국제교류 증진을 위해 활동하는 학술연구기관 및 개인에 대한 재정적 지원사업”으로 하여 설립된 사실이 법인등기부등본에 의해 확인되고 있으므로 부동산임대업은 청구법인의 고유업무에 해당되지 아니한다 하겠으며, 청구법인의 법인등기부상의 목적사업이 달리 변경되지 아니한 이상, 청구법인이 임대하고 있는 쟁점부동산에 대하여 취득세 등을 신고납부한 것을 처분청에서 징수결정한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 2. 26. 내 무 부 장 관