[주 문] 처분청이 1996.9.20. 부과고지한 취득세 210,860,680원, 등록세 316,291,030원, 교육세 57,986,680원, 합계 585,138,390원(가산세포함)은 이를 가산세를 제외한 취득세 175,717,240원, 등록세 263,575,860원, 교육세 52,715,170원, 합계 492,008,270원으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 기업부설 연구소용으로 사용하기 위하여 1991.8.14ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 2필지 토지 160,549.9㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 취득세 등을 과세면제하였으나 4년 이내에 기업부설 연구소용에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지의 취득가액(8,785,862,116원)에 지방세법 제112조제1항, 제131조제1항제3호제2목 및 교육세법 제5조의 세율을 적용하여 산출한 취득세(175,717,240원), 등록세(263,575,860원), 교육세(52,715,170원)액에 지방세법 제121조제1항, 제151조의 규정을 적용하여 산출한 가산세(취득세 35,143,440원, 등록세 52,715,170원, 교육세 5,271,510원)를 포함하여 취득세 210,860,680원, 등록세 316,291,030원, 교육세 57,986,680원, 합계 585,138,390원(가산세포함)을 1996.9.20. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 항공운송사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 ㅇㅇ단지내 이건 토지를 1991.8.14. 기업부설연구소용에 사용하기 위하여 취득하여 1996.7.8. 기업부설연구소를 설치하였는 바, 처분청에서 이건 토지에 대하여 감면해 준 취득세 등을 추징하면서 이건 토지 취득 당시의 법률을 적용하지 아니하고, 1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 지방세법의 규정을 적용하여 가산세를 부과고지한 것은 법률불소급의 원칙에 위배될 뿐 아니라, 처분청에서 납세의무성립 당시의 법률을 적용 하더라도 이건 토지 취득 당시 지방세법 제110조의3제2항제5호 및 같은법시행령 제79조의11의 규정에 의하여 이건 토지 취득일로부터 2년이 경과한 1993.8.13.에 이건 토지의 납세의무가 성립되었으므로 과세면제되었던 취득세 등을 추징하면서 1995.1.1부터 시행되는 신고납부 규정을 적용하여 가산세를 부과고지한 처분은 위법·부당하므로 이건 취득세 등의 가산세 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 과세면제되었던 취득세 등을 부과고지하면서 가산세를 부과한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제110조의3제2항 및 제128조의2제2항에서 “다음 각호의 재산(등기)에 대하여는 취득세(등록세)를 면제한다... ”라고 규정하면서, 그 제5호에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...). 다만, 연구소 설치후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세(등록세)를 추징한다”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1991.12.31. 대통령령 제13190호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제79조의1에서 “법 제110조의3제2항제5호에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 2년 이내에 기술개발촉진법시행령 제13조의2의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다”라고 규정하고, 부칙(1991.12.31. 대통령령 제13536호) 제1항에서 “이 영은 1992.1.1.부터 시행한다”라고 규정하고, 제2항(기업부설연구소 설치기간에 대한 적용례)에서 “기업부설연구소 설치기간에 관한 제79조의11.... 의 개정규정은 기업부설연구소 설치용 토지 또는 건축물로서 1991년 12월 31일 현재 취득일부터 2년이 경과되지 아니한 것부터 적용한다”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1991.12.31. 제13190호로 개정된 것) 제79조의11에서 “법 제110조의3제2항제4호에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제13조의2의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다”라고 규정하고, 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제120조제1항에서 “취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일(...) 이내에 이를 신고함과 동시에... 신고납부하여야 한다”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를... 과세면제... 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일로부터 30일 이내에... 신고납부하여야 한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 이건 토지를 기업부설연구소용으로 사용하고자 취득한 후 4년이 경과하도록 그 목적에 직접 사용하지 아니하였으므로 과세면제하였던 취득세 등을 부과고지하면서 이건 토지 취득일로부터 4년이 경과한 후 30일 이내에 신고납부하지 아니하였으므로 가산세를 함께 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 토지를 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하였으므로 과세면제한 취득세 등을 추징하더라도 1995.1.1.부터 시행되는 신고납부 규정을 소급적용하여 가산세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의3 및 구같은법시행령 제79조의11에서 기업부설연구소용 토지를 취득하는 경우 2년 이내 기술개발촉진법시행령 제13조의2의 규정에 의한 기준을 갖추고 연구소용에 사용하면 취득세, 등록세를 과세면제하고 1991.12.31. 개정된 지방세법시행령 부칙에서 1992.1.1. 현재 2년의 유예기간이 경과되지 아니한 기업부설연구소용 토지는 4년 이내로 적용토록 규정되고 있는 바, 청구법인의 이건 토지는 1991.8.14. 기업부설연구소용으로 취득한 것으로서 개정된 지방세법의 규정에 의하여 기업부설연구소용으로 사용할 수 있는 유예기간이 4년에 해당되고 4년이 경과하여 그 용도에 사용하지 아니하므로 처분청에서 과세면제하였던 취득세·등록세를 1996.9.20. 부과고지한 처분은 적법하다 하겠으나, 이건 토지 취득 당시 시행하던 구지방세법에서 과세면제 대상을 추징하더라도 신고납부 규정이 없었으므로 가산세를 부과할 수 없음에도 처분청에서 1995.1.1.부터 시행하는 지방세법 제120조의3항 및 제121조의 규정을 적용하면서 이건 토지의 납세의무 성립 당시의 법률을 적용하여야 함에도 추징요건 성립시의 지방세법을 적용한 것은 잘못되었다고 보아지며, 지방세법에서 규정한 과세면제에 따른 추징규정은 유예기간이 만료됨에 따라 성립한 납세의무, 즉 추징요건이 성립되었을 뿐, 그 당시의 법률까지 적용한다는 것은 아니며, 이건 토지의 취득 당시의 법률에 의하여 추징할 과세표준과 세율 등을 적용해야 한다고 판단되므로(같은 취지 내무부심사결정 제96-219호, 1996.6.26. 제96-318호, 1996.8.28. 제96-443호, 1996.11.27), 처분청에서 이건 토지에 대한 취득세 등을 부과고지하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못되었다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 2. 26. 내 무 부 장 관