[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1995.5.4. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 잡종지 660㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 위 지상건축물 250.98㎡(이하 “이건 주유소”라 한다)를 매매에 의해 취득·등기한 후 이건 토지에 대한 등록세 등을 신고납부하였으나 이건 주유소에 대한 등록세 등을 신고납부하지 아니하였으므로 청구법인의 법인장부상 취득가액(391,700,000원)에 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 70,506,000원, 교육세 12,926,100원, 합계 83,432,100원(가산세포함)을 1996.6.11. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 석유판매업을 목적사업으로 하여 이건 토지 소재지에 본점을 두고 1995.1.23. 설립한 법인으로서 당초 이건 토지위에 주유소를 설치하려고 하였으나, 동지역이 개발제한구역에 포함되어 있는 관계로 개발제한구역지정 당시 토지소유자에 한하여 주유소 설치가 가능토록 규제되어 있었으므로 부득이 이건 토지 소유자인 청구외 최두철 명의로 이건 주유소를 신축하여 보존등기를 한 다음, 형식적인 매매절차에 의해 1995.5.4. 청구법인 명의로 소유권 이전등기를 한 데 대하여 처분청은 청구법인의 법인장부(전표 및 건물계정원장)상 취득가액(391,700,000원)을 과세표준으로 하여 등록세 등을 부과고지하였는 바, 청구법인은 이건 주유소를 사실상 신축취득한 것이므로 주유소 신축공사 도급금액(391,700,000원)중 제부대비용을 제외한 순공사금액(101,657,000원)을 과세표준으로 하여야 함에도 흙막이 공사, 바닥포장공사, 공동가설공사, 우물파기공사, 지하탱크조공사, 배관공사 및 산재보험금, 제세공과금 등 제부대비용을 포함한 법인세법상 유형고정자산가액을 과세표준으로 하여 등록세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 취득 당시의 법인장부상 가액을 과세표준으로 하여 등록세 등을 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제130조제1항에서 “부동산... 에 관한 등록세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 경우에는 등기·등록 당시의 시가표준액에 의한다”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “제111조제5항 또는 제6항의 규정에 해당하는 취득에 대한 등록세의 과세표준은 제2항 단서의 규정에 불구하고 각각 동조동항의 규정에 의한 과세표준으로 한다”라고 규정하고, 구같은법 제111조제5항에서 “다음에 게기하는 취득(...)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문, 법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제82조의2제1항에서 “법 제111조제5항제3호에서 ‘판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “법인장부: 법인이 작성한 원장·보조장, 출납전표, 결산서”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 이건 주유소를 매매계약에 의해 1995.5.4. 취득·등기하였으나 등록세 등을 신고납부하지 아니하였으므로 청구법인의 법인장부상 취득가액(391,700,000원)을 과세표준으로 하여 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 주유소를 사실상 신축취득한 것이므로 공사도급금액중 제부대비용을 제외한 순공사금액을 과세표준으로 하여야 함에도 제부대비용을 포함한 총공사 도급금액을 과세표준으로 하여 등록세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제111조제5항, 제130조제3항 및 지방세법시행령 제82조의2제1항에서 법인장부 등에 의하여 사실상 취득가격이 입증되는 경우의 등록세 과세표준은 사실상의 취득가격에 의하도록 규정하고 있고, 등록세란 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과되는 조세로서 그 납세의무는 재산권 기타 권리의 등기·등록이 있을 때마다 별도로 발생되는 것이며, 이 때의 과세표준 및 적용세율 또한 등기·등록시마다 독립적으로 판단하여야 할 것인 바, 청구법인의 경우 청구외 최두철로부터 이건 주유소를 1995.4.25. 매매를 원인으로 1995.5.4. 승계취득하여 소유권 이전등기하였음이 부동산매매계약서, 일반건축물대장 및 건물등기부등본에서 확인되는 이상, 이건 주유소의 소유권 이전등기에 따른 등록세 과세표준은 취득 당시의 사실상 취득가격이 입증되는 법인장부 등에 의하여야 할 것인데, 취득 당시 청구법인의 출납전표(1995.6.30. 발행) 및 건물계정원장 등 법인장부에서 각각 그 취득가액이 391,700,000원으로 기재되어 있음이 확인되고 있으므로 처분청이 이를 등록세 과세표준으로 하여 구같은법 제138조제1항제3호의 규정에 의거 등록세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 1. 29. 내 무 부 장 관