[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1994.5.28. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지상의 건축물 5,391.7㎡(지하1층, 지상4층, 이하 “이건 전체건축물”이라 한다)를 신축취득하였으므로 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제110조의3제1항 및 제128조의2제1항의 규정에 의거 취득세, 등록세 등을 과세면제하였으나 청구법인이 전체건축물중 3～4층 1,263.04㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 타에 임대하였으므로 이건 건축물을 취득세 등의 추징대상으로 보아 이건 전체건축물의 취득가액(3,457,525,750원)을 이건 전체건축물 면적중 이건 건축물 면적으로 안분하여 산출한 과세표준액(809,947,382원)에 구같은법 제112조제1항, 제131조제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,438,720원, 등록세 7,775,480원, 교육세 1,425,500원, 합계 28,639,700원(가산세포함)을 1996.9.11. 부과고지하였다가 청구법인이 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 경상남도지사는 청구법인의 주장은 이유없으나 취득세 등의 가산세를 부과한 것은 잘못되었다고 보아 당초 처분을 취득세 16,198,940원, 등록세 6,479,570원, 교육세 1,295,910원, 합계 23,974,420원으로 경정 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ조합법에 의거 설립된 지역농민조합으로서 당초 지하1층, 지상3층 또는 지하1층, 지상2층의 업무시설용 건축물을 건축하고자 하였으나, 동지역이 건축법시행령 제69조(미관지구안의 건축제한)에 의한 제1종 미관지구였으므로 부득이 건축설계를 변경하여 지하1층, 지상4층의 규모로 건축한 다음 1994.5.28. 처분청으로부터 준공검사를 받아 취득한 후 1994.6.25.부터 지하1층, 지상1～2층은 조합연쇄점, 금융점포 및 그 부속시설로 사용하는 한편, 지상3층은 직원복리증진을 위한 체육시설(헬스장, 탁구장) 및 회의·간담회장으로, 지상4층은 연쇄점 물품보관창고로 사용해 오다가 지상3～4층을 1995.6.1.～1996.1.1.사이 청구외 (주)ㅇㅇ외 3인에게 임대하였는 바, 청구법인은 이건 건축물을 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하다가 임대하였으므로 취득세 등의 면제대상임에도 처분청이 이건 건축물을 1년 이내 고유업무에 사용하지 아니하였다 하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 이건 건축물을 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하였는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합(...)”이라고 규정하고, 구같은법 제128조의2제1항에서 “제110조의3제1항 각호의 법인의 부동산에 관한 등기 또는 등록(...)에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 이건 건축물을 취득한 후 타에 임대하였으므로 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 1994.5.28. 이건 건축물을 취득한 후 지상3층은 직원체육시설 및 회의·간담회장으로, 지상4층은 연쇄점 물품보관창고로 사용해 오다가 취득일로부터 1년이 경과한 1995.6.1.～1996.1.1.사이 청구외 (주)ㅇㅇ외 3인에게 임대한 것이므로 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의3제1항 및 제128조의2제1항에서 ㅇㅇ조합 등 비영리법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세(등록세)를 면제하되, 취득일(등기일)로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세(등록세)를 추징한다고 규정하고 있으므로 면제된 취득세(등록세)의 추징여부는 당해 부동산을 1년 이내에 고유업무에 사용하였는지의 여부에 따라 판단하여야 할 것인 바, 청구법인의 경우 이건 전체건축물의 건물신축기본설계서 6. 평면계획 D. 3층·4층 부분에서 “1)임대사무실로서의 기능이 원활한 CORE 계획”에 설계주안점을 두도록 하고 있고, 이건 전체건축물 신축완공 이전인 1994.3.25. 청구법인의 1994년도 제4차 이사회에서 이건 건축물에 대한 임대료 결정사항을 제7호 안건으로 상정하여 인근사무소 임대현황 등과 비교하여 전·월세 임대료를 논의하다가 이를 집행부로 위임하여 임대한 사실에서 청구법인은 당초부터 이건 건물을 고유업무에 직접 사용하고자 취득한 것이 아니라 임대를 목적으로 이건 건축물을 취득하였다는 사실을 알 수 있고, 임대를 목적으로 취득하였다면 이건 건축물을 1년 이내에 법인의 고유업무에 직접 사용하였다는 주장을 입증할 책임은 청구법인에게 있다고 할 것인데, 청구법인이 제출한 촬영사진, 물류거래명세서 및 건물운용계획품의서 등은 청구법인이 이건 건축물을 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하였다는 사실을 증빙하는 객관적인 자료라 인정할 수 없으며, 또한 청구법인은 그외 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 이상, 청구법인이 이건 건축물을 1년 이내에 법인의 고유업무에 직접 사용하였다고는 인정할 수 없으므로 처분청이 이건 건축물은 구지방세법 제110조의3제1항 및 제128조의2제1항에서 규정하는 취득세·등록세의 면제대상에 해당되지 않는다고 보아 취득세 등을 부과고지한 처분과 이의신청결정기관인 경상남도지사가 가산세 부과는 잘못되었다고 보아 당초 처분을 경정 결정한 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1997. 1. 29. 내 무 부 장 관