[주 문] 청구교회의 심사청구중 1995.12.16. 부과고지한 취득세 부과처분은 이를 각하하며, 1995.10.16 부과고지한 취득세 41,874,000원(가산세포함)와 1996.1.16 부과고지한 취득세 6,069,360원(가산세포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 ㅇㅇ교회가 교육관을 신축하기 위하여 1994.4.2.부터 같은해 12.23.까지 18회에 걸쳐 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 6필지 대지 1,956.56㎡, 건축물 2,419.77㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다, 이건 부동산중 동소 ㅇㅇ번지외 3필지 대지 1,520.86㎡ 및 건축물 2,012.81㎡를 “제1부동산”이라 하고, 동소 ㅇㅇ번지 대지 146.14㎡ 및 건축물 150.48㎡를 “제2부동산”이라 하며, 동소 ㅇㅇ번지 대지 289.56㎡와 건축물 256.48㎡는 “제3부동산”이라 한다)를 취득한 후, 1년 이내에 종교목적에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 취득가액 2,126,440,400원(제1부동산 1,744,750,000원, 제2부동산 128,800,000원, 제3부동산 252,890,400원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것. 이하같다) 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세를 1995.10.16. 41,874,000원(가산세포함), 같은해 12.16, 3,091,200원(가산세포함) 1996.1.16. 6,069,360원(가산세포함) 각각 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 ㅇㅇ교회는 그리스도의 복음으로 영혼을 구원하는 신앙운동을 목적으로 하여 설립된 ㅇㅇ회 소속교회로서 기존 신자(5만명)를 위한 교육관 신축을 위하여 1993.12.17. 당회에서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 일대 대지 3,605.3㎡를 매입하기로 결정하고, 그 일부인 이건 부동산을 취득하였으나, 교육관 신축을 위해서는 이건 부동산 이외에 일단의 토지가 더 필요하여 매수코자 하였으나, 매입예정 부동산의 가격이 급격이 상승하고 매입대상토지가 주택(연립주택)으로 사용되고 있는 특수성으로 인하여 매수요청에 응하지 아니하거나 터무니 없는 금액을 요구해와 4개동 14세대의 부동산을 매입하지 못하여 교육관 건축을 할 수 없으므로 이건 부동산을 취득한 후 1년 이내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되고, 매입한 이건 부동산중 일부는 부목사의 사택으로 사용하고, 일부는 건축물을 철거하여 임시 주차장으로 사용하고 있으므로 종교목적에 직접 사용하고 있다고 주장하면서 이건 취득세 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리 사업자가 취득한 부동산을 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 비과세된 취득세를 부과한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정하면서, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것. 이하같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고 있으며, 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것, 이하같다) 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,... 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이... 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정하면서, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정된 것. 이하같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고, 같은법 부칙 제1조에서 “이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다(단서생략)”라고 규정하고, 제6조에서 “이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”라고 규정하고, 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항(중과세율)의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지(이하생략)”라고 규정하면서, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고, 같은법시행령 부칙 제1조에서 “이 령은 1975년 1월 1일부터 시행한다”라고 규정하고, 그 제4조에서 “제84조의4 개정규정은 이 령 시행일 현재 비업무용토지 유예기간이 경과하지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구교회의 경우에 대하여 살펴보면 ㅇㅇ교회는 종교사업을 목적으로 하는 비영리 단체로서 교육관 신축을 위하여 이건 부동산을 취득하였으나, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 종교목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청에서 비과세되었던 취득세를 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 ㅇㅇ교회는 이건 토지상에 교육관 신축을 하고자 하였으나, 건축하고자 하는 토지이외에 추가로 필요한 일단의 토지와 그 지상 건축물을 매수하지 못하여 건축을 할 수 없었으므로 취득후 1년 이내에 교육관을 건축하지 못한 정당한 사유에 해당되고, 일부는 부목사 사택으로 일부는 건축물을 철거하여 교회의 임시주차장으로 사용하고 있으므로 이건 취득세를 부과처분한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, (구)지방세법 제107조제1호와 같은법시행령 제79조제1항제1호 및 부칙 제1조와 제6조를 종합해 보면, 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한, 취득일로부터 3년(1995.1.1. 이전 1년) 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 여기에서 정당하 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 경우에 한한다고 보아야 할 것인 바, ㅇㅇ교회의 경우 교육관을 신축하기 위하여 이건 부동산을 취득하였으나, 추가로 구입할 토지 소유자들이 터무니없는 가격을 요구하여 매수하지 못하여 교육관을 건축하지 못하였다고 주장하지만, ㅇㅇ교회가 대규모건축을 하기에 앞서 토지매입 가능성과 대책을 충분히 면밀하게 검토하여 취득하였어야 함에도 그러한 준비를 하지 못한 것은 ㅇㅇ교회에게 그 귀책사유가 있다 하겠고, 이건 제1부동산 및 제3부동산의 일부주택을 부목사 사택으로 사용하고, 일부 토지를 교회용 임시주차장으로 사용하고 있음을 비추어 볼 때, 지방세법에서 규정한 종교목적에 직접 사용하는 부동산이라고 볼 수 없다 하겠으나 1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 지방세법에서 종교용에 “직접 사용할 수 있는 기간”을 1년에서 3년으로 연장하면서, 그 부칙 제1조에서는 1995.1.1.부터 시행하도록 하고, 제6조의 일반적인 경과조치에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”라고 규정한 것은 종교·교육 등을 목적으로 하는 비영리 사업자가 직접 사용하기 이한 유예기간을 1년으로는 부족하다는 정책목적에서 이를 3년으로 납세자에게 유리하게 개정한 것이고, 같은법시행령 제84조의4 제1항라목에서 그 유예기간(3년)내에 정당한 사유없이 종교용에 직접 사용하지 못할 경우 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 그 유예기간을 동일하게 개정하면서 같은법시행령 부칙에서 유예기간이 경과되지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용한다고 규정하고 있으므로 유예기간의 기간계산에 있어 지방세법 제107조제1호에 해당하는 비영리사업자가 1995.1.1. 현재 유예기간이 경과되지 아니한 경우 구지방세법에 의한 유예기간을 적용할 경우 일반과세로 추징한 다음 취득후 3년이 경과하여 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니할 경우 중과세 처분해야 하는 경우가 발생하므로 지방세법 및 같은법시행령의 개정취지에 맞게 유예기간이 경과되지 아니한 비영리사업자가 취득한 토지에 대한 유예기간을 취득후 3년 이내로 적용해야 하는 것이 타당하다 할 것이므로 ㅇㅇ교회가 1994.4.2.부터 같은해 12.23.까지 취득한 이건 부동산을 취득한 후, 1년이 경과하여 정당한 사유없이 종교목적에 직접 사용하지 아니하여 취득세 부과대상이 된 시점(1995.4.2. 이후)이 1994.12.22. 개정된 지방세법 부칙에서 규정한 법 개정취지에 부합되도록 이건 부동산에 대한 유예기간은 취득한 날로부터 3년 이내인 1997.4.1. 및 같은해 12.22. 이내에 정당한 사유없이 종교목적에 직접 사용하지 아니하는 경우 취득세 과세대상에 해당된다고 보아야 함에도 처분청에서 이건 부동산을 취득후 1년 이내에 종교목적 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 하여 이건 취득세를 추징한 처분은 부당하다 하겠으나, 이건 제1부동산에 대한 심사청구는 제1심적 구제절차인 이의신청을 거치지 아니하였으므로 각하대상에 해당된다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나 처분청의 지방세법 부칙적용이 잘못 되었으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 5. 30. 내 무 부 장 관