[주 문] 처분청이 1996.6.12. 청구법인에게 부과고지한 토지분 등록세 67,032,190원, 교육세 12,289,230원은 이를 등록세 50,568,850원, 교육세 9,270,950원으로, 건물분 등록세 20,600,360원, 교육세 3,776,740원은 이를 등록세 15,541,470원, 교육세 2,849,260원으로 각각 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 1991.3.27. 설립된 청구법인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지(552㎡, 이하 “이건 토지”라 한다)를 1994.3.23. 취득·등기한 후 공동주택(299.64㎡)과 근린생활시설용 건축물(1,021.04㎡)을 각각 신축하고 1994.8.8. 소유권 보존등기하였으므로, 그 중 근린생활시설용 건축물(1,021.04㎡)과 그 부속토지(335.5㎡)에 대한 등기를 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 토지분 등록세 67,032,190원, 교육세 12,289,230원과 건물분 등록세 20,600,360원, 교육세 3,776,740원을 1996.6.12. 각각 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 본점을 두고 주택건설공사업, 아파트 및 주택건설 등을 목적사업으로 하여 1991.3.27. 설립한 후 1994.2.28. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 주택건설사업자로 등록하였고, ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 216.5㎡(이하 “제1부속토지”라 한다)와 같은동 ㅇㅇ번지 335.5㎡(이하 “제2부속토지”라 한다)를 1994.2.28. 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 602,110,000원에 취득한 후 제1부속토지상에는 다가구 주택(7가구 299.64㎡, 이하 “제1건물”이라 한다)을, 제2부속토지상에는 근린생활시설 및 주택(1,021.04㎡, 이하 “제2건물”이라 한다)을 각각 신축한 후 1994.8.8. 소유권 보존등기를 하였으나, 제2건물과 제2부속토지(이하 “이건 부동산”이라 한다)중 주거용 건축물(250.74㎡) 및 그 부속토지(82.4㎡)는 주택건설사업에 사용된 것이므로 지방세법 제138조제1항 단서 및 같은법시행령 제101조제1항제5호의 규정에 의거 등록세 중과대상에서 제외되어야 하며, 또한 제1부속토지와 제2부속토지는 그 등급 및 공시지가가 같고 ㎡당 취득가격이 동일한데도 중과세한 제2부속토지의 취득가격을 465,501,405원(㎡당 1,387,485원)으로, 일반과세한 제2부속토지의 취득가격을 136,608,595원(㎡당 630,986원)으로 각각 달리하여 이건 등록세 등을 중과세한 것은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 대도시내 법인중과 등의 제외업종인 주택건설사업에 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부와 법인장부 등에 의해 입증되는 토지취득 가격을 과세표준으로 하여 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종... 에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과... 대도시내로의 법인의 본점... 전입에 따른 부동산등기와 그 설립, 설치, 전입 이후의 부동산등기”라고 규정한 다음, 같은법시행령 제101조제1항에서 “법 제138조제1항 단서의 규정에서 대통령령으로 정하는 업종 이라 함은 다음 각호와 같다”라고 규정하고, 그 제5호에서 “주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득 등기하는 경우에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)”라고 규정하고 있으며, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제102조제1항에서 “법 제138조제1항제1호에서 대통령령으로 정하는 대도시 라 함은 제79조의6의 규정에 의한 대도시를 말한다”라고 규정하고, 구같은법시행령 제79조의6제1항에서 “... 대도시 라 함은 수도권... 를 말한다(단서생략)”라고 규정한 다음, 그 제2항제3호에서 수도권 을 “수원시... 안양시... 미금시”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 1994.3.23. 취득·등기한 이건 토지중 제1부속토지상에는 공동주택(299.64㎡)을, 제2부속토지상에는 근린생활시설용 건축물 등(1,021.04㎡)을 각각 신축하여 1994.8.8. 소유권 보존등기하였으므로, 제2부속토지상의 근린생활시설용 건축물과 그 부속토지에 대한 등기를 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 이건 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 먼저, 제2부속토지상에 신축한 건축물(근린생활시설 및 주거용 건축물)중 주거용 건축물과 그 부속토지는 주택건설사업에 사용된 것이므로 등록세 중과대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 근린생활시설 건축 목적으로 토지 등 거래계약 허가를 받아 근린생활시설 및 주택(1,021.04㎡)을 건축한 후 75.5%를 근린생활시설(상가 등)로 사용하고 있으므로 등록세 중과대상에 해당한다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제138조제1항 및 구같은법시행령 제101조제1항제5호에 의하면 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 대하여는 등록세를 5배 중과세하나, 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의거 건설부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 대하여는 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 주택건설공사 등을 목적사업으로 하여 1991.3.27. 법인을 설립한 후 1994.2.28. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 ㅇㅇ도지사로부터 주택건설사업자 등록을 받았고, 이건 토지를 취득하기 위하여 1994.1.24. 토지 등 거래계약 허가(제1부속토지: 주택건축, 제2부속토지: 근린생활시설 건축)를 받아 제1부속토지와 제2부속토지를 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 1994.4.23. 취득한 후, 제1부속토지상에는 다가구주택을, 제2부속토지상에는 근린생활시설 및 주택을 각각 신축하여 소유권 보존등기를 한 후, 제1건물은 주거용으로, 제2건물중 지하1층은 슈퍼마켓으로, 지상1층은 소매점으로, 2층과 3층은 사무실로, 4층은 학원으로, 5층과 6층은 주거용으로 사용하고 있는 사실이 제출된 관계증빙자료에서 확인되고 있음을 볼 때, 청구법인의 경우 국토이용관리법 제21조의3의 규정에 의거 제2부속토지의 이용목적을 “근린생활시설” 건축 목적으로 토지 등 거래계약 허가를 받았다고 하더라도 제반사정으로 인하여 근린생활시설 및 주택용도로 사용하기 위하여 적법하게 건축허가를 받아 이를 신축·등기한 후 그 중 일부(5층 및 6층 건물 250.74㎡)를 주거용에 사용하고 있는 경우에는 주택건설용으로 취득 등기하는 부동산으로 보아 등록세 중과대상에서 제외하는 것이 실질과세원칙에 부합한다 할 것이므로 처분청이 제2부동산 전체에 대해 등록세 등을 5배 중과세한 것은 지방세법 제138조제1항 단서규정과 같은법시행령 제101조제1항제5호의 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산의 범위를 오해한 잘못이 있다 하겠고, 다음으로, 청구법인은 제1부속토지와 제2부속토지는 취득일(1994.4.23.) 현재 토지등급, 공시지가가 모두 같고 ㎡당 취득가격도 동일한데도 제2부속토지의 취득가액을 465,501,405원으로 하여 이건 등록세 등을 중과한 것은 부당하다고 하나, 구지방세법 제130조제3항, 같은법 제111조제5항 및 같은법시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 사실상의 취득가격을 등록세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 토지초과이득세법 제25조 규정에 의하여 청구외 동안양 세무서장에게 제출하기 위하여 1994.12.31. 기준으로 작성하고 서명날인한 보유토지명세서와 청구법인의 대표이사가 1994.12.31. 원본대조후 서명날인한 공사원가배분명세서 그리고 법인장부(원장) 등에서 제2부속토지의 취득가격이 465,501,405원임이 확인되고 있는 이상, 취득가격을 잘못 적용하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 일부 이유가 있다고 판단되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 12. 23. 내 무 부 장 관