[주 문] 처분청이 1996.5.28. 청구법인에게 부과고지한 취득세 54,748,620원(가산세포함), 등록세 10,949,720원(가산세포함), 교육세 2,007,440원(가산세포함), 합계 67,705,780원(가산세포함)은 이를 취득세 54,748,620원(가산세포함), 등록세 9,124,770원, 교육세 1,824,950원, 합계 65,698,340원(가산세포함)으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1994.6.28. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 1,587㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하였으므로 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제110조의3 및 제128조의2의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 면제하였으나, 이건 토지 취득(등기)일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(304,159,000원)에 구지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 54,748,620원과 면제된 등록세 10,949,720원, 교육세 2,007,440원, 합계 67,705,780원(가산세포함)을 1996.5.28. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ조합법에 의거 설립된 비영리 법인으로서 신용사업과 조합원 교육 및 지역사회개발을 위한 종합회관 건축 목적으로 이건 토지를 1994.6.28. 취득하였는 바, 사업계획수립 및 예산결정은 총회의 의결사항이며 집행은 이사회 의결 사항으로서 총회 및 이사회 구성원들의 수시 소집에 어려움이 있어 많은 시간과 절차가 요구되었고, 이건 토지는 처분청이 저수지를 매립하여 분양한 것으로서 사실상은 잡종지이나 공부상 지목이유지이므로 건축허가 신청전에 형질변경 허가를 득해야 했고, 굴착공사시 지하수가 많이 나와 일반 공법으로는 시공할 수 없어 지반검사를 의뢰한 결과에 따라 설계변경을 하느라 착공신고서 제출이 지연된 것이며, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 토지취득후 1년 이내에 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보는 규정은 형식적으로 착공신고서를 제출한 때를 기준으로 하는 것이 아니라 실질적으로 건축관련 공사를 시작한 때를 기준으로 한다고 할 것으로서 이건 토지 취득후 지질조사 실시 결의(1995.4.3.), 건축설계 계약체결(1995.4.12.), 지하수 개발공사계약 체결(1995.4.24.), 경계측량 실시(1995.5.26.), 건축허가(1995.6.19.)를 받는 등 일련의 건축공사 관련 업무를 진행하였으므로 1년 이내에 고유업무에 직접 사용한 것으로 보아야 하고, 대법원판례(93누14875, 1994.4.26.)에서도 건축물 신축을 위한 업무추진 과정에서 사소한 절차상의 하자가 있다고 하더라도 그 과정을 전체적으로 보아 건축물을 신축하기 위한 정상적인 노력을 하였다면 정당한 사유가 있다고 하였는데도 단지 1년 이내에 착공신고서를 제출하지 아니하였다 하여 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 면제된 등록세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제10호에서 “ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합”이라고 규정하고, 구같은법 제128조의2제1항에서 “제110조의3제1항 각호의 법인의 부동산에 관한 등기 또는 등록(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 등기 또는 등록하는 경우를 제외한다)에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하며, 구같은법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1000분의 20)의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보되 정당한 사유없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제바목에서 “가목 내지 마목외의 토지는 1년”이라고 규정하며, 구지방세법 제112조의3에서 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용토지가 된 경우(...)에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”라고 규정하고, 구같은법 제120조에서 “... 다만, 취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날로부터 30일 이내에 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산정한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 자진신고 납부하여야 한다”라고 규정하며, 지방세법 제150조의2제3항에서 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에... 신고납부하여야 한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 비영리 법인으로서 종합회관 건축목적으로 이건 토지를 취득하였으므로 취득세 등을 면제받았으나, 이건 토지 취득(등기)일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 면제된 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 총회 및 이사회의 수시 소집에 따른 어려움, 형질변경허가, 지반검사에 따른 설계변경 등으로 시간이 지연되었고, 이건 토지 취득후 1년 이내에 지질조사 실시결의, 건축설계 계약체결, 지하수개발공사 계약체결, 경계측향 실시, 건축허가를 받는 등 일련의 건축공사 관련업무를 진행하였는데도 단지 1년 이내에 착공신고서를 제출하지 아니하였다하여 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 본 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의3제1항제10호 및 제128조의2제1항에서 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합이 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득(등록)세를 면제한다고 하면서 그 단서에서 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득(등록)세를 추징한다고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항 및 제112조의3과 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호제바목에서 법인이 토지를 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니할 경우 법인의 비업무용토지로 보아 중과세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 규정하면서, 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 위 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 뜻한다(같은 취지의 대법원판결 92누8750, 1993.2.26.)고 할 것으로서 먼저, 청구법인이 1994.6.28. 이건 토지를 취득한 후 1년이 되는 1995.6.28.까지 추진한 사항을 살펴보면, 1994.9.10.부터 1994.11.11.까지 종합회관 건립에 필요한 정보 및 자료를 얻기 위해 ㅇㅇ조합 등 4개처를 방문한 사실과, 1994.12.8. 조합원 공청회 개최, 1994.12.26. 종합회관 규모 및 사용구조 결정, 1995.4.12. 건축설계 계약체결, 1995.4.24. 지하수 개발공사 계약체결, 1995.5.26. 경계측량, 1995.6.8. 토지형질 변경허가, 1995.6.19. 건축허가를 받은 사실과 1994.11.14.부터 1995.6.2.까지 매월 정기 이사회 8회, 임시 이사회 1회를 개최한 사실로 보아 건축을 위한 준비단계만 있었을 뿐 터파기 등 사실상의 건축공사에 착공하였다고는 볼 수 없어 청구법인이 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 청구법인의 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없으며, 다음으로, 청구법인이 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 대하여 살펴보면, 총회 및 이사회 수시소집에 따른 어려움, 형질 변경허가, 지반검사에 따른 설계변경 등으로 시간이 지연되었다 함은 청구법인의 내부적인 사정에 불과하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 토지취득후 1년 이내에 건축공사에 착공한 때라 함은 건축법 제16조제1항의 규정에 의거 착공신고서를 처분청에 제출하고 터파기 등 사실상의 건축공사를 시작한 때를 의미한다 할 것으로서 청구법인은 이건 토지 취득일(1994.6.28.)로부터 1년 6월이 경과한 1996.1.9. 처분청에 건축물 착공신고서를 제출하였고, 이건 토지를 취득한 날로부터 1년이 경과한 후인 1995.8.10.부터 1995.11.3.까지 행한 냉난방공사·인테리어공사·신축공사 도급·전기소방설비 공사계약 체결 및 지반검사의뢰 등은 1년 이내에 정당한 사유가 있었는지의 여부를 판단하는 것과는 별도의 사항이라 하겠으며, 청구법인이 인용한 대법원 판례(93누14875, 1994.4.26.)는 정리회사가 대규모의 건축물(지하4층, 지상10층 연면적 15,822.427㎡)을 신축하기 위해 토지 취득후 1년 이내에 건축허가를 받아 착공신고서를 제출하였고, 관할법원으로부터 허가를 받는 절차가 필요하여 준비절차에 상당한 시일이 소요되어 정당한 사유로 인정된다고 하는 내용인데, 청구법인은 정리회사가 아니고 건축을 제한하거나 금지한 외부적인 사유가 없었으며, 비교적 소규모의 건축물(지하1층, 지상5층 연면적 2,605.197㎡)을 건축코자 한 것이고, 토지취득후 1년 이내에 건축허가만 있었을 뿐 착공신고서를 제출하지도 아니한 경우로서 위 판례의 적용대상이 되지 아니하므로 정당한 사유가 있다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다 하겠으며, 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 면제된 등록세 등을 부과고지한 처분은 적법하다 하겠으나, 관계법령에 의하여 등록세가 과세면제되었다가 추징대상이 된 경우 신고납부 의무를 규정한 지방세법 제150조의2제3항의 규정은 1995.1.1.부터 시행되었음에도 동법 시행일 이전인 1994.6.29. 등기한 이건 토지에 대해 등록세 등을 추징하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 하겠으나, 처분청이 등록세 등의 가산세 부과에 관한 규정을 잘못 적용한 흠이 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 12. 23. 내 무 부 장 관