[주 문] 처분청이 1996.6.7. 청구법인에게 부과고지한 취득세 449,400,000원, 등록세 48,150,000원, 교육세 8,827,500원, 합계 506,377,500원(가산세포함)중 등록세 가산세 8,025,000원, 교육세 가산세 802,500원은 이를 취소하고 나머지 부분은 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 비영리 법인인 청구법인이 청구법인의 회관 건축을 목적으로 1992.9.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 학교용지 1,769.1㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하였으므로 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제110조의4제1항 및 제128조의3제1항에서 규정한 세액감면대상 법인으로 보아 취득세 등을 50% 감면하였으나, 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(2,675,000,000원)에 구같은법 제112조제2항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 449,400,000원, 등록세 48,150,000원, 교육세 8,827,500원, 합계 506,377,500원(가산세포함)을 1996.6.7. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ조합법에 의거 지역내 ㅇㅇ조합을 구성원으로 하여 설립된 비영리 ㅇㅇ조합 연합회로서 연합회 소속 조합 및 조합원의 공동이익 증진을 위하여 연합회관 건축을 목적으로 1992.9.30. 이건 토지를 취득한 후 1992.11.12. 동 회관건축에 소요되는 자금조성방법 및 건축규모결정을 위한 각 조합 이사장 연수회를 개최하였고, 1993.1.21.과 같은해 2.17. 각각 이사회 및 정기총회를 개최하여 동회관 건축을 위한 출자금을 증자키로 결정한 후, 같은해 5.10. 청구법인내에 동회관 건축 추진위원회를 구성하고 같은해 9.20.까지 6차에 걸친 위원회를 개최하여 건축규모 및 추진방법을 결정하였으며, 또한 건축설계, 지질조사, 전기소방, 통신설비 설계 등 준비절차를 거쳐 처분청에 건축계획 심의를 신청하여 같은해 9.10. 승인을 받았고, 같은해 9.16. 건축허가를 신청하여 같은해 10.8. 건축허가를 받은 다음, 같은해 10.19. 착공하여 같은해 12.8. 처분청으로부터 사용검사를 받은 후 현재까지 법인의 고유업무에 사용하고 있는 바, 청구법인은 이건 토지를 취득한 후 법인의 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나, 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있는데도 이건 토지 취득일(1992.9.30.)로부터 유예기간을 19일 경과한 1993.10.19. 공사에 착공하였다 하여 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 이미 경감하였던 등록세를 추징한 처분은 대법원판례(93누6041, 1993.7.27.)에 비추어 볼 때, 부당한 처분이라고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의4제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 제112조제1항의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득한 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제22호에서 “ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합연합회 및 ㅇㅇ조합중앙회”라고 규정하고, 구같은법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 구같은법 제120조제1항에서 “... 다만, 취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조제1항... 의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날로부터 30일 이내에 제112조제2항... 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 자진신고 납부하여야 한다”라고 규정하고, 구같은법시행령 제86조의3에서 “법 제120조 단서에서 ‘대통령령이 정하는 날’이라 함은 다음 각호에 규정된 날을 말한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “법인의 비업무용토지는 사실상 그 법인의 비업무용토지가 된 날”이라고 규정하고, 구같은법 제121조제1항에서 “취득세 납세의무가 제120조의 규정에 의한 자진신고 납부를 하지 아니하거나 신고납부 세액이 제111조 및 제112조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다”라고 규정하는 한편, 구같은법 제128조의3제1항에서 “법 제110조의4제1항 각호의 법인의 부동산 소유권(제112조제2항의 경우를 제외한다)에 대한 등기 또는 등록에 관하여는 제131조의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만, 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 등록세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 이건 토지를 취득한 후 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 이미 경감한 등록세를 추징한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 연합회관 건축을 위해 1992.9.30. 이건 토지를 취득한 후 건축소요자금 조성방법과 건축규모결정 및 건축허가 등 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있음에도 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 이미 경감한 등록세를 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의4제1항, 제112조제2항 및 구지방세법시행령 제84조제1항, 구같은법 제128조의3제1항의 규정을 종합해 보면, ㅇㅇ조합연합회 등 비영리 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 그 취득세·등록세액의 100분의 50을 경감하되 취득일 또는 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 때에는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 이미 경감한 등록세를 추징하도록 규정하고 있으며, 여기에서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유와 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다(같은 취지 대법원판례 92누1773, 1992.6.23. 93누6041, 1993.7.27.)고 할 것인 바, 청구법인의 경우, 취득 당시부터 이건 토지를 법인의 고유업무에 직접 사용하는데에는 법령에 의한 금지·제한 등 아무런 장애사유가 없었을 뿐만 아니라, 회관건축을 위해 이건 토지를 취득하였다면 토지취득일(1992.9.30.)로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하기 위해 조기에 설계를 의뢰하는 등 노력을 하였어야 함에도 먼저 이건 토지를 취득한 후 법인의 내부사정에 불과한 자금조달방법 및 건축규모 등을 결정하는데 8개월의 기간을 보낸 다음, 1993.7.5. 설계용역계약을 체결하고 같은해 10.8. 건축허가를 받은 후 유예기간이 경과한 1993.10.19. 공사에 착공한 사실이 청구법인이 제출한 설계용역계약서, 건축허가서, 착공신고서에서 확인되는 이상, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 이미 경감하였던 등록세를 추징한 처분은 적법하다 하겠으나, 관계법령에 의하여 등록세를 경감받은 후에 추징대상이 된 경우, 등록세 신고납부 의무를 규정한 지방세법 제150조의2제3항의 규정은 1995.1.1.부터 시행됨에도 시행일 이전인 1992.10.15. 소유권 이전등기가 이루어진 이건 부동산에 대하여 동 규정을 적용하여 등록세에 대한 가산세를 부과한 처분은 법리를 오해한 흠이 있다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 등록세에 대한 가산세 부과처분은 위법성이 인정되어 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 11. 27. 내 무 부 장 관