[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1994.9.17. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 본점을 설치하고 영업을 수행해 오다가 1995.4.17. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 본점을 이전한 후 1996.5.26. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 2,301㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하고 같은해 6.5. 소유권 이전등기를 마친 후 이건 토지의 취득가액(2,029,055,200원)에 지방세법 제112조제1항 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 40,581,100원, 농어촌특별세 4,058,110원, 등록세 304,358,280원, 교육세 60,871,650원, 합계 409,869,140원을 1996.6.12. 신고납부함에 따라 이를 징수결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 주택건설 및 건축공사 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 아파트형 공장을 건설할 목적으로 1995.4.28. 청구외 ㅇㅇ공사와 이건 토지에 대한 매매계약을 체결하고 1995.5.30. 아파트형공장 설립허가를 받은 후 1995.8.30. 건축허가를 받고 1996.5.26. 잔금을 납부한 후 1996.6.5. 소유권 이전등기를 마치고 취득세 등을 신고납부하였으므로 ㅇㅇ시세감면조례(1995.10.16. 조례 제3227호) 제24조의2의 규정에 의해 납세의무성립 당시 취득세 등 면제대상에 해당됨에도 같은조례 부칙 제2조에 아파트형 공장설립자에 대하여는 1996.1.1. 이후에 아파트형 공장설립허가를 받은 자부터 적용한다는 단서규정을 두어 부당하게 조세감면혜택을 배제한 것은 상위법인 지방세법에 위반되어 위법할 뿐만 아니라, 위 조례부칙의 조세감면기준일(1996.1.1.)을 전후하여 조례의 감면요건의 변동이 없음에도 그 기준일 이전에 공장설립 허가를 받은 법인은 감면적용을 배제하고 1996.1.1. 이후 공장설립허가를 받아 아파트형 공장을 건축하는 경우는 조세감면혜택을 받게되는 상반된 결과를 초래하게 되므로 조세형평에 어긋나 위법하며, 설령 위 조례를 문제삼지 않는다 하더라도 공업배치및공장설립에관한법률시행령 제26조제2호에 의하면 아파트형 공장은 도시형 업종이 아니면 과밀억제권역에 설치할 수 없는 법적 규제대상으로서 이는 지방세법 제138조제1항제4호, 같은법시행규칙 제55조 및 제47조의 규정에 의한 도시형 업종의 공장신설이 명백할 뿐만 아니라 내무부 심사결정 및 유권해석에서도 도시형 업종에 대하여는 등록세 중과대상에서 제외하고 있는데도 청구법인이 제조업을 영위하는 법인이 아니고 아파트형 공장이 도시형 업종이 아니라고 자의적으로 확대해석하여 이건 토지에 대한 등기를 대도시내에서 공장신·증설에 따른 부동산등기로 보지 않고 지방세법 제138조제1항제3호의 규정에 의한 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 위법하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소 또는 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 납세의무 성립 이전에 개정된 조례를 적용하여 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지와 대도시외에 설립된 법인이 대도시내로 이전한 후 아파트형 공장을 신축하기 위하여 토지를 취득·등기한 경우 대도시내에 법인설립후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 ㅇㅇ시세감면조례 제24조의2에서 “공업배치및공장설립에관한법률 제29조제2항의 규정에 의하여 아파트형 공장의 설립신고 또는 건축허가를 받은 자(...)가 분양 또는 임대를 목적으로 건축한 아파트형 공장 및 아파트형 공장을 건축하기 위하여 취득하는 토지... 에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다(단서생략)”라고 규정하고, 같은조례 부칙 제2조에서 “다만, 제24조의2의 규정중 아파트형 공장 설립자에 대하여는 1996.1.1. 이후에 아파트형 공장설립 허가를 받은 자부터 적용한다”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제38조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종... 에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라고 규정한 다음, 제4호에서는 “대도시내에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제101조제1항에서 “법 제138조제1항 단서의 규정에서 ‘대통령령으로 정하는 업종’이라 함은 다음 각호와 같다”라고 규정하고, 그 제18호에서 “기타 내무부장관이 주무부장관과 협의하여 정하는 업종”이라고 규정한 다음, 내무부 고시(1996.4.30, 고시 제1996-5호) 제1호에서 “중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률의 규정에 의한 중소기업협동화사업 및 그 관리업. 다만, 공업배치및공장설립에관한법률 제28조 및 동시행령 제34조의 규정에 의한 도시형 업종에 한한다”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제3항에서 “법 제138조제1항제4호에서 ‘공장의 신설 또는 증설’이라 함은 제84조의2제1항 및 동 제2항의 규정에 의한 공장의 신설 또는 증설을 말한다”라고 규정하고, 같은법 제138조제3항에서 “제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 내무부령으로 정한다”라고 규정하고, 같은법시행규칙 제55조에서 “법 제138조제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조제1항 전단 및 제2항 본문중 ‘법 제112조제3항의’는 각각 ‘법 제138조제3항의’로 본다”라고 규정하고, 같은법시행규칙 제47조제1항에서 “... 공장의 범위는 별표3에 규정된 업종(공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 업종을 제외한다)에 해당하는 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(생략)이 200㎡ 이상인 것을 말한다(이하생략)”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 주택건설 및 건축공사 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1994.9.17. 대도시외에 본점을 설치하고 영업을 해 오다가 1995.4.17. 대도시내인 ㅇㅇ시로 본점을 이전한 후 1995.5.26. 이건 토지를 취득하고 같은해 6.5. 소유권 이전등기를 마친 후 일반세율에 의한 취득세 등을 신고납부하고, 대도시내 법인전입후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 하여 등록세 등을 신고납부함에 따라 처분청에서 이를 징수결정한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 먼저, ㅇㅇ시세감면조례 제24조의2에 의하면 아파트형 공장을 건축하기 위하여 취득·등기하는 토지에 대하여는 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있음에도 부칙 제2조에 1996.1.1. 이후 아파트형 공장설립 허가를 받은 자부터 적용한다는 단서규정을 두어 조세감면을 배제한 것은 위법하다고 주장하고 있다. 살피건대, ㅇㅇ시세감면조례 제24조의2에서 공업배치및공장설립에관한법률 제29조제2항의 규정에 의하여 아파트형 공장의 설립신고 또는 건축허가를 받은 자가 분양 또는 임대목적으로 건축한 아파트형 공장 및 아파트형 공장을 건축하기 위하여 취득한 토지에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하도록 규정하고 있으나, 부칙 제2조에서 다만 제24조의2의 규정중 아파트형 공장설립자에 대하여는 1996.1.1. 이후에 아파트형 공장설립 허가를 받은 자부터 적용하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1995.4.28. 청구외 ㅇㅇ공사와 이건 토지에 대한 매매계약을 체결하고 1996.1.1.이전인 1995.5.30. 아파트형 공장설립 허가를 받은 사실이 제출된 관계증빙자료(계약서, 아파트형 공장설립 허가서 등)에 의하여 확인되고 있는 이상, 취득세 등 면제대상에 해당되지 아니한다 하겠고, 비록 ㅇㅇ시세감면조례로 아파트형 공장에 대한 취득세 등 감면규정을 신설하면서 그 부칙에 별도의 적용례를 두어 1996.1.1. 이후에 아파트형 공장설립 허가를 받은 자에 대해서만 취득세 등을 감면토록 한정하였다고 하더라도 조례제정권이 시·도지사에게 있고, ㅇㅇ시장이 조세감면 대상범위를 별도로 부칙에 정하여 규정한 이상, 동 규정이 무효사유에 해당하거나 조세법률주의에 어긋난다고 할 수 없으므로 처분청에서 이건 취득세 등을 면제하지 아니하고 청구법인이 신고납부한 세액을 징수결정한 처분은 별다른 잘못이 없다 하겠으며, 다음으로, 이건 토지에 대한 등기를 대도시내 법인전입후 5년 이내에 취득하는 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부를 살펴보면, 지방세법 제138조제1항제3호 및 제4호와 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내 법인전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용을 불문한 일체의 부동산등기와 대도시내에서의 공장의 신·증설에 따른 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제55조 및 제47조제1항에서 제138조제1항의 규정에 의하여 중과세하여야 할 공장의 범위는 별표3에 규정된 업종(공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 업종을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 200㎡ 이상인 것을 말한다고 규정하고 있는 바, 여기에서 도시형 업종에 대하여 등록세 중과대상에서 제외하는 취지가 이러한 업종을 수행하는 법인이 취득·등기한 공장에 대하여는 인구집중과 공해유발 등을 일으키는 일반 공장과는 달리 공해발생 빈도가 낮고 시민생활과 밀접한 관계가 있으므로 도시형 업종을 영위하는 법인이 취득·등기하는 부동산에 대하여 등록세를 중과세하지 않겠다는 것이므로, 청구법인의 경우와 같이 아파트형 공장 신축·분양 목적으로 이건 토지를 취득·등기한 경우는 지방세법 제138조제1항제4호(대도시내 공장 신·증설에 따른 부동산등기)의 규정 적용대상이 아니라, 제138조제1항제3호(대도시내로 법인전입후 5년 이내에 취득하는 부동산등기)의 규정 적용대상일 뿐만 아니라, 지방세법에 달리 등록세 중과 제외대상으로 규정되어 있지 아니한 이상, 처분청에서 이건 토지에 대한 등기를 대도시내 법인전입후 5년 이내에 취득하는 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 11. 27. 내 무 부 장 관