[주 문] 처분청이 청구법인에게 1996.7.11. 부과고지한 취득세 370,355,670원, 등록세 38,888,500원, 교육세 7,129,550원, 합계 416,373,720원(가산세포함)은 이를 취득세 4,566,480원(가산세포함), 등록세 380,540원, 교육세 76,100원, 합계 5,023,120원으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1992.2.21. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 9,705㎡(이하 “이건 제1토지”라 한다)를 증여 취득하고, 1993.11.4. 같은동 ㅇㅇ번지 잡종지 827.6㎡(이하 “시유지”라 한다)를 취득한 후 1년 이내에 이건 제1토지 및 시유지중 214.3㎡(이하 “이건 제2토지”라 한다)를 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 제1토지 및 제2토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 제1토지의 법인장부가액(1,954,590,000원) 및 이건 제2토지의 취득가액(102,941,597원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제2호, 제3호제(2)목의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 370,355,670원, 등록세 38,888,500원, 교육세 7,129,550원, 합계 416,373,720원(가산세포함)을 1996.7.11. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 의료기관의 설치운영 등을 목적사업으로 하는 비영리 의료법인으로서 이건 제1토지를 한방병원 신축부지로 사용하기 위해 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 1992.2.21. 증여 취득한 후 1992.11.20. 및 1993.1.20. 토지형질변경 허가신청서를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 토지형질변경 허가조건으로 이건 제1토지에 인접한 시유지가 청구법인에게는 필요없는 토지인데도 이를 청구법인에게 매입토록 요구하였고, 처분청이 토지형질 변경허가를 지연처리(1993.9.13. 허가)함으로써 이건 제1토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있고, 또한 이건 제2토지는 이건 제1토지의 토지형질변경 허가조건으로 1993.11.4. 처분청으로부터 취득한 시유지중 일부로서 4m 옹벽(절개지)의 등고선이 75도 이상되는 가파른 경사지이므로 토지형질변경이 불가능하여 사용하지 못한 토지로서 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는데도 이건 제1토지 및 제2토지에 대하여 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1000분의 20)의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(..) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하며, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제4호에서 “농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는... 임야. 다만, 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는 경우... 를 제외한다”라고 규정하고, 구같은법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,... 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하며, 구같은법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제21호에서 “의료법에 의하여 설립된 의료법인”이라고 규정하고, 구같은법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,... 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기... ”라고 규정하며, 구같은법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다... ”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 과세표준액은 조례로 정하는 바에 따라 취득자의 신고에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 대통령령으로 정하는 바에 의한 과세시가표준액(...)에 미달하는 때에는 시가표준액에 의한다”라고 규정하며, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “... 법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 의료기관의 설치운영 등을 목적사업으로 하는 비영리 의료법인으로서 이건 제1토지 및 제2토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청에서 이건 제1토지 및 제2토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세된 등록세를 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 제1토지를 1992.2.21. 취득한 후 고유업무에 직접 사용하기 위하여 토지형질변경 허가신청서를 1992.11.20. 및 1993.1.20. 처분청에 제출하였으나, 시유지를 매수하는 조건으로 토지형질 변경허가를 지연처리함에 따라 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이고, 이건 제2토지는 이건 제1토지의 토지형질변경 허가조건으로 1993.11.4. 처분청으로부터 취득한 시유지중 일부로서 경사도가 심한 관계로 토지형질변경이 되지 아니하여 사용하지 못한 것이므로 이건 제1토지 및 제2토지는 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제112조제2항과 구같은법시행령 제84조의4제1항 및 제3항제4호의 규정을 종합하면, 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용토지로 규정하며, 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 임야로서 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에도 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 위 규정에서의 정당한 사유라 함은 “법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함되는데 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득세 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 또는 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애유무 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여야 한다”(대법원 93누6041, 1993.7.27.)할 것인 바, 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면, 청구법인은 비영리 의료법인으로서 이건 제1토지를 한방병원 신축부지로 사용하기 위해 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 1992.2.21. 증여취득한 후 1992.4.1. 청구외 ㅇㅇ측량설계공사와 이건 제1토지에 대한 현황측량 및 토공설계 등을 위한 계약을 체결하고, 토지형질변경허가 신청서를 접수하기 전인 1992.5월 중순부터 같은해 10월초까지 처분청 도시과 담당자와 4차에 걸쳐 건물배치계획도에 대해 사전검토를 받아 수정보완한 후 설계도를 작성하여 1992.11.20. 부천시 남구청장에게 토지형질변경허가 신청서를 제출하였고, 부천시 남구청장은 이를 1992.12.10. 처분청에 진달하였으며 1993.1.5. 처분청 도시과장은 환경보호과외 6개 과에 토지형질변경허가 신청에 따른 의견조회를 하여, 1993.1.8.부터 1.11.까지 결과회신을 받았으며, 청구법인은 1993.1.15. 토지형질변경허가 신청서를 취하한 후 1993.1.20. 다시 토지형질변경허가 신청서를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청장에게 제출하였으며, 1993.2.12. 처분청 도시과장은 토지형질변경허가를 위한 시정조정위원회에 심사를 의뢰하여 1993.2.16. 시정조정위원회를 개최한 결과, 주민의견수렴후 재검토하기로 결정되었고, 1993.2.26. 처분청은 주민의견수렴을 이유로 토지형질변경허가 신청 처리 지연 통보를 하였으며, 1993.3.16. 주민동의서 제출, 1993.3.23. 주민동의서 반송, 1993.3.26. 주민동의서를 다시 제출하였고, 1993.4.3. 처분청은 다시 토지형질변경허가 신청처리 지연통보를 하였으며, 1993.4.6. 시정조정위원회 재개최 결과 토지형질변경허가가 가결되었으며, 1993.4.13. 처분청 도시과장은 지목이 도로인 시유지를 용도폐지하여 병원부지에 편입하기 위해 매각이 가능한지 여부를 건설과장에게 협의한 후 1993.4.30. 시유지가 절개지 상태로서 이용가치가 상실하게 됨에 따라 병원부지에 편입코자 공유재산 용도폐지 승인신청을 하자 1993.5.25. 처분청 건설과장은 용도폐지 승인신청에 대하여 시정조정위원회의 심의 결과 이건 제1토지의 개발후 추후 검토하기로 보류결정되었음을 통보하였고, 1993.5.26. 처분청 담당공무원의 현지조사보고서에서 병원부지 조성에 따른 주변경관 훼손을 최대한 억제하고 허가신청지와 인접한 시유지를 청구법인이 매입하고 사업계획을 변경하여 자연경관 훼손 및 민원발생요인을 최소화할 것과, 시유지를 청구법인이 자진 매입토록 하며 그 매각대금으로 녹지훼손 및 감소면적을 대체할 소공원 조성에 투자하는 방안을 검토하여야 한다고 보고한 사실이 확인되고 있으며, 1993.6.9. 처분청이 녹지훼손 최소화방안, 건축으로 인한 주변사생활 침해대책, 계획 진입도로 병목화 대책 및 부지조성 변경계획서를 제출토록 하자, 1993.6.16. 청구법인이 이를 제출하였고, 1993.6.18. 처분청은 처분청의 내용과 상이하다하여 이를 반려하자 1993.6.26. 청구법인은 이건 제1토지에 인접한 시유지를 부득이 매입하여 시설부지에 편입하겠다는 의견을 제출하게 되었고, 1993.7.6. 처분청이 청구법인에게 부지조성 변경에 따른 상세 설계도를 재작성하여 제출토록 요구함과 동시에 시유지에 대한 공유재산 용도폐지 승인을 신청하였으며, 1993.9.13. 처분청은 토지형질변경허가를 하고, 1993.11.4. 시유지를 397,550,000원에 청구법인에게 매각하였으며, 청구법인은 1993.11.27. 건축허가를 받아 1994.3.7. 토지형질변경을 준공하고 1994.4.7. 지목을 변경하여 1994.5.31. 건축물착공신고를 한 사실 등의 일련의 과정을 종합하여 볼 때, 토지형질변경허가 신청이 지연 처리된 주된 사유가 시유지 매각에 따른 계획변경에 있었다고 보아지며, 청구법인은 이건 제1토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였다고 보아야 할 것이므로 유예기간(1년)내에 지목을 변경하지 못한 정당한 사유가 있다 하겠으나, 이건 제1토지중 현재까지도 지목변경을 하지 아니하여 현재 임야상태인 토지 4,359㎡는 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로 법인의 비업무용토지에 해당된다 하겠으며, 이건 제2토지는 토지형질변경허가 과정에서 처분청으로부터 취득한 시유지중 일부이며, 4m 절개지의 가파른 경사지로서 병원건물 지표면과 2m 높이의 차이가 있어 병원부지로 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유에 해당되어 법인의 비업무용토지로 볼 수 없는데도 처분청이 이건 제1토지 전부와 제2토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세된 이건 제2토지의 등록세를 부과고지한 처분은 잘못되었다 하겠으며, 또한 구지방세법 제111조제2항 및 제5항에서 증여 취득의 경우에는 법인장부가액에 의하지 아니하고 과세시가표준액을 취득가액으로 하도록 규정하고 있는데도 처분청은 증여 취득한 이건 제1토지의 과세시가표준액(56,483,100원)을 취득가액으로 하지 아니하고 법인장부가액(1,954,590,000원)을 취득가액으로 하여 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못되었다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 10. 30. 내 무 부 장 관