[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1987.12.4. 도심재개발사업인가(ㅇㅇ로 제5구역 제1지구, 이하 “재개발사업”이라 한다)된 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지외 61필지 토지(3,412.7㎡, 이하 “이건 토지”라 한다)상에 건축물 연면적 25,984.5㎡(지하4층, 지상17층, 이하 “이건 건물”이라 한다)를 1996.4.22. 신축·취득한 후 소유권 보존등기를 하면서 이건 건물의 취득가액(22,774,112,143원)에 지방세법 제131조제1항제4호의 세율(1000분의 8)을 적용하여 산출한 등록세 182,192,890원, 교육세 36,438,570원, 합계 218,631,460원을 1996.5.13. 신고납부함에 따라 같은날 징수결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 1987.12.4. 재개발사업시행인가를 받을 당시 시행되던 ㅇㅇ시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(이하 “ㅇㅇ시세감면조례”라 한다) 제2조에서 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(시행자로 지정받은 자 포함)가 도시재개발법에 의하여 지정된 재개발구역내에서 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 등록세를 면제하도록 규정하고 있다가 지방세법 및 ㅇㅇ시세감면조례를 개정하여 납세의무자에게 불리하게 되었다고 하더라도 납세의무자의 기득권 보호 및 신뢰보호를 위하여 조례부칙에 경과규정을 두어 종전의 규정에 의하여 과세면제하거나 과세면제하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의하도록 규정하고 있으므로 재개발사업시행인가 당시(1987.12.4.)의 ㅇㅇ시세감면조례를 적용하여 등록세 등을 면제하여야 함에도 이건 건물 등기·등록 당시(1996.5.20.)의 ㅇㅇ시세감면조례를 적용하여 신고납부한 등록세 등을 징수결정한 것은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 도시재개발법에 의한 사업시행자가 재개발구역내에서 취득한 건축물에 대하여 재개발사업인가 당시의 ㅇㅇ시세감면조례를 적용하여 등록세 등을 면제할 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제109조제3항에서 “... 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여... 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물 과 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고, 구같은법 제127조의2제2항에서 “제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, ㅇㅇ시세감면조례 제19조에서 “도시재개발법에 의한 주택개량사업으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는... 등록세를 면제한다(단서생략)”라고 규정하고, 그 제1호에서 “도시재개발법에 의한 사업시행자가 동법 제2조제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업의 시행과 관련하여 취득하는 부동산중 지방세법 제109조제3항의 규정에 의한 체비지 또는 보류지 이외의 부동산”이라고 규정하고 있으며, 재개발사업인가 당시(1987.12.4.) 시행되던 ㅇㅇ시세과세면제조례(조례 제2136호, 1986.12.31. 이하 “ㅇㅇ시세감면조례 제2136호”라 한다) 제2조에서 “다음 각호에 해당하는 자가 도시재개발법에 의하여 지정된 재개발구역내에서 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는... 등록세... 를 면제한다(단서생략)”라고 규정하고, 그 제1호에서 “도시재개발법의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다)”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 1987.12.4. 도심재개발법 사업시행인가된 이건 토지상에 건축물을 1996.4.22. 신축·취득한 후 소유권 보존등기를 하면서 이건 건물에 대한 등록세 등을 신고납부함에 따라 같은날 징수결정한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 지방세법 및 ㅇㅇ시세감면조례가 납세의무자에게 불리하게 개정되었다고 하더라도 조례부칙에 경과규정을 두어 종전의 규정을 적용하도록 하고 있으므로 재개발사업시행인가 당시의 ㅇㅇ시세감면조례를 적용하여야 함에도 등기·등록 당시의 법령을 적용하여 신고납부한 등록세 등을 징수결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 재개발사업시행 당시(1987.12.4.) 시행되던 ㅇㅇ시세감면조례 제2136호 제2조에서 도시재개발법의 규정에 의한 시행자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 그 사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함으로써 도시재개발사업중 도심지재개발사업의 시행을 위한 개량건축물에 대하여도 그 취득세 및 등록세를 과세면제 대상으로 하였으나, 위 조례 제2136호 제2조를 1991.12.31. ㅇㅇ시세감면조례 제2843호(1992.1.1부터 시행)로 개정하여 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 도시재개발법 제2조제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세의 면제대상으로 규정하고 그 부칙 제2항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과규정을 두었다가, 위 조례 제2843호를 1993.7.3. ㅇㅇ시세감면조례 제3007호(1993.7.3.부터 시행)로 개정하면서 제2조를 조례 제2843호 제2조와 같이 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함과 아울러, 조례 제2843호 부칙 제2항에 있던 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과규정을 삭제하였으며, 위 조례 제3007호제2조를 1994.4.14. ㅇㅇ시조례 제3091호로 다시 개정하여 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다)가 당해 사업을 시행하기 위하여 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하면서도 그 조례 부칙에는(위 조례 제3007호와 같음) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과규정을 두지 아니하였는 바, 지방세과세면제등에관한조례가 수차에 걸쳐 개정된 경우에는 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 할 것이며, 나아가 적용대상 조례에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 한 규정이 마련되어 있지 아니하였다면 그 적용 당시의 조례의 규정에 의하여 지방세 과세면제 해당여부를 가려야 할 것이다. 청구법인의 경우 1987.12.4. ㅇㅇ시장으로부터 도심지재개발사업시행자로 인가를 받고 1996.4.22. 이건 건물의 사용검사를 받은 후 1996.5.20. 소유권 보존등기를 마친 이상, 1996.1.1.부터 시행되는 ㅇㅇ시세감면조례 제19조의 규정에 의한 등록세 감면요건에 해당되지 아니하므로 처분청에서 이건 건물에 대한 등록세 등을 징수결정한 처분은 적법하다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 9. 24. 내 무 부 장 관