세율적용이 잘못되어 등록세 등을 추징하는 경우 가산세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1995.12.30. 청구법인에게 부과고지한 등록세 가산세 7,730,680원, 교육세 가산세 773,070원, 합계 8,503,750원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 청구외 ㅇㅇ로부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 2필지 토지 9,527.2㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 무상증여 받아 1993.6.4. 소유권 이전등기를 경료하면서 1000분의8의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 자진신고 납부하였으나, 청구법인이 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제131조제1항제2호 단서규정에 의한 민법 제32조의 규정에 의하여 설립 된 법인에 해당되지 아니하므로 이건 토지의 취득가액(5,521,920,000원)에 1000분의 15의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 46,384,120원, 교육세 8,503,750원, 합계 54,887,870원(가산세포함)을 1995.12.30. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인으로서 이건 토지를 취득한 후 소유권 이전등기를 경료하면서 1000분의 8의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 자진신고 납부하였음에도 처분청에서는 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인에 해당되지 않는다고 하여 가산세를 포함한 등록세 등(54,887,870원)을 부과고지하였으나, 처분청에서 1993.6.2. 청구법인에게 발급해 준 등록세 비과세·감면확인서에 지방세법 제131조제1항제2호의 규정에 의한 일반과세대상으로서 과세표준(5,521,920,000원)과 세율(1000분의 8) 및 납부세액(44,175,360원)을 명시하고 있는 바, 이는 과세권자가 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적견해 표명을 한 것으로서 청구법인이 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 등록세를 납부하였을 뿐만 아니라, 동 확인서는 과세권자가 법률에 따라 행한 행정처분으로서 납세자의 신청에 따라 자진납부할 등록세액 등을 단지 확인해 준 것에 불과한 것이 아니라, 대외적으로 구속력을 갖는 행정처분으로서의 효력을 갖고 있으므로 과세권자의 행정처분에 따라 당초 등록세 등을 자진신고 납부한 청구법인은 아무런 잘못이 없고 처분청에 귀책사유가 있는데도 등록세 등 과소납부 세액을 납부토록 고지하면서 가산세를 부과고지한 처분은 위법하다고 주장하면서 그 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 등록세 비과세·감면확인서를 발급받아 등록세 등을 자진신고 납부하였으나, 세율적용이 잘못되어 등록세 등을 추징하는 경우 가산세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

• 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제131조제1항에서 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다”라고 규정하고, 제2호에서 “제1호(상속으로 인한 소유권의 취득)이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산 가액의 1000분의 15. 다만, 정부에 등록된 종교단체와 민법 제32조의 규정에 이하여 설립된 법인... 이 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1000분의 8로 한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법 제151조에서 “등록세 납세의무자가... 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다(이하생략)”라고 규정하고, 민법 제32조에서 “학술·종교·자선·기예·선교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다”라고 각각 규정하고 있다.
• 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 의료법 제41조의 규정에 의거 설립된 법인으로서 이건 토지를 증여에 의하여 무상 취득한 후 소유권 이전등기를 경료하면서 1000분의 8의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 자진신고 납부하였으나, 민법 제32조의 규정에 의거 설립된 법인이 아니므로 처분청에서 이건 토지의 취득가액에 1000분의 15의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 차감한 등록세 등(가산세포함)을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 처분청에서 1993.6.2. 발급해 준 등록세 비과세·감면확인서가 대외적으로 구속력을 갖는 행정처분으로서의 효력을 갖고 있을 뿐만 아니라, 과세표준과 세율 등을 명시한 것은 과세권자가 공적인 견해표명을 한 것으로서 청구법인이 이를 신뢰하고 따랐을 뿐인데도 등록세 등을 과소 납부하였다고 하여 가산세를 부과고지한 처분은 위법하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제151조에서 등록세 납세의무자가 제130조제2항의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 이건 토지를 취득한 후 소유권 이전등기를 경료할 목적으로 처분청에 등록세 비과세·감면확인 신청서를 제출하여 1993.6.2. 처분청으로부터 등록세 1000분의 8 세율 적용대상임을 확인받아 등록세 등을 납부하였다 하더라도 이는 처분청에서 비과세 감면확인서 발급 당시 관계공무원이 등록세에 관한 관계법령을 잘못 해석하여 청구법인을 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인으로 오해한 결과이며, 그 후 처분청에 대한 감독기관인 ㅇㅇ시의 정기종합 감사에서 청구법인이 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인에 해당되지 않아 등록세 등을 과소납부한 사실이 발견되어 부족세액을 추가로 부과고지하였으나, 부족납부하게 된 사유가 처분청에서 비과세 감면확인서를 잘못 발급한 데 기인하고 있으므로 처분청에서 청구법인에게 등록세 등 부족세액을 부과고지하면서 가산세를 부과고지한 처분은 부당하다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1996. 7. 25. 내 무 부 장 관