[주 문] 처분청이 청구법인에게 1995.9.27. 부과고지한 취득세 36,803,060원(가산세포함), 농어촌특별세 3,373,610원, 등록세 1,962,820원(가산세포함), 교육세 359,840원, 합계 42,499,330원중 농어촌특별세 3,373,610원은 이를 취소하고, 등록세 1,962,820원, 교육세 359,840원은 이를 등록세 1,635,690원, 교육세 327,130원으로 각각 경정하고 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1993.7.29. 수익용 기본재산으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 임야 14,777㎡외 7필지 157,617㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 무상증여받아 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 과세시가표준액(204,461,474원)에 구지방세법 제112조제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 36,803,060원(가산세포함), 농어촌특별세 3,373,610원과 같은법 제131조제1항 및 같은법 제151조 규정에 의거 산출한 등록세 1,962,820원(가산세포함), 교육세 359,840원을 1995.9.27. 부과고지하였으나, 청구법인이 1995.12.20. 이의신청을 하여 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사가 1996.1.25. 이건 토지 취득 당시(1993.7.29.)는 농어촌특별세의 납세의무 및 등록세의 신고납부의무가 없었으므로 농어촌특별세 3,373,610원은 이를 취소하고, 등록세 1,962,820원(가산세포함), 교육세 359,840원은 이를 등록세 1,635,690원, 교육세 327,130원으로 각각 경정 결정하고, 나머지 청구는 이를 기각하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 사립학교법 제10조의 규정에 의해 1993.4.30. 교육부장관의 인가를 받은 학교법인으로서 이건 토지는 그 설립인가 조건에 의해 무상출연받아 취득한 수익용 기본재산으로 지방세법시행령 제84조의4제3항제2호 단서에 규정한 행정관청의 인·허가 등을 받아 취득·보유하는 토지에 해당되므로 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 하며, 또한 이건 토지는 지방세법 제107조의 용도구분에 의한 비과세에 해당하는 토지이므로 비과세요건을 충족하지 못하여 취득세를 부과하더라도 중과세율이 아닌 일반세율에 의한 취득세를 부과하여야 한다고 주장하면서 그 처분의 취소 또는 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 학교법인이 수익용 기본재산으로 임야를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하므로 처분청에서 이를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정하고서 그 제1호에서 “제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고, 그 제2호에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인”이라고 규정하고 있으며, 구같은법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고, 구같은법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제2호에 “부동산매매업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 제3자에게 매도할 목적으로 취득한 매매용토지. 다만,... 행정관청의 인·허가 등을 받아 취득·보유하는 토지는 제외한다”고 규정하고, 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”고 규정하고, 그 제1호(1993.12.31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것)에 “제79조의 규정에 해당하는 비영리법인의 고유업무를 수행함에 필요한 경비를 마련할 목적으로 수익사업을 영위하기 위하여 취득하는 토지로서 취득후 3년간 년평균 수입금액이 당해 토지가액의 100분의 7 이상인 토지. 다만, 취득후 1년 이내 정당한 사유없이 수익사업을 개시하지 아니하는 경우와 당해 수익을 고유업무 수행과 관련이 없는 용도에 사용한 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있으며, 구같은법 제112조의3에는 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용토지가 된 경우(5년 이내 정당한 사유없이 이를 매각하는 경우를 포함한다)에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”고 규정하고 있으며, 구같은법 제127조제1항에는 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정하고 있고, 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제131조제1항제2호에 “... 무상으로 인한 소유권 취득: 부동산가액의 1000분의 15. 다만, 정부에 등록된 종교단체와 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인 및 대통령령이 정하는 법인이 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1000분의 8로 한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 학교법인으로서 수익용 기본재산으로 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 중과세율에 의한 취득세와 비과세되었던 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 교육부장관의 학교법인 설립인가 조건에 의해 이건 토지를 수익용 기본재산으로 취득·보유하였으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 하며, 비록 비과세요건을 충족하지 못하여 과세하는 경우 중과세율이 아닌 일반세율에 의한 취득세를 부과하여야 한다고 주장하고 있다. 먼저 이건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당하는지의 여부를 살펴보면, 구지방세법시행령 제84조의4제1항 및 제4항제1호의 규정에 의하면 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지로서, 비영리 법인의 경우 고유업무를 수행함에 필요한 경비를 마련할 목적으로 수익사업을 영위하기 위하여 취득하는 토지는 취득일로부터 1년 이내에 수익사업에 사용하되 3년간 연평균 수입금액이 당해 토지가액의 100분의 7 이상이면 법인의 비업무용토지에서 제외되지만 취득일로부터 1년이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하고 있지 않으면, 법인의 비업무용토지에 해당된다고 할 것인 바, 청구법인의 경우 1993.7.29. 이건 토지를 수익용 기본재산으로 취득한 후 처분청의 세무담당공무원(세무지도계장외 3인)이 현지확인한 날(1995.7.18.)까지 1년 11개월이 경과하도록 수익사업에 사용하지 않고 있음이 처분청의 “세정업무 지도점검 결과보고서”에서 확인되고 있고, 청구법인은 이건 토지를 취득한 후 유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 제시하지 못하고 있으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 인정한 데에는 잘못이 없다 하겠으며, 다음으로 청구법인은 이건 토지는 행정관청의 인·허가 등에 의해 취득·보유한 재산이므로 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하지만, 지방세법 제84조의4제3항제2호에서 “부동산매매업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 제3자에게 매도할 목적으로 취득한 매매용토지. 다만,... 행정관청의 인·허가 등을 받아 취득·보유하는 토지는 제외한다”고 규정하고 있는 바, 동규정은 매매용 토지가 전제되는 경우이므로 수익용 기본재산인 이건 토지에는 적용될 여지가 없다 하겠으며, 또한 이건 토지가 비과세요건을 충족하지 못하면 취득세의 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하고 있으나, 구지방세법 제107조제1호 및 구같은법시행령 제79조제1항제2호, 구같은법 제127조제1항에 규정한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등록하는 부동산은 취득세와 등록세를 비과세하되 다만, 취득·등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 비과세되었던 취득세와 등록세를 부과하도록 하고 있어 이건 토지는 위에서 설시한 바와 같이 비과세요건을 충족하지 못하였을 뿐 아니라, 법인의 비업무용토지가 되었으므로 구지방세법 제112조제2항에서 규정한 중과세율에 의한 취득세와 구같은법 제131조제1항제2호의 규정에 의한 등록세를 부과고지한 것은 적법하다고 판단되나, 농어촌특별세와 등록세의 부과에 있어서는 이건 토지 취득·등기일이 1993.7.29.임에도 1995.1.1.부터 시행되는 법령을 적용하여 농어촌특별세와 등록세의 신고납부를 이행하지 아니한 때 징수하는 가산세를 부과한 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 농어촌특별세와 등록세의 부과에 있어서는 관계법령을 잘못 적용하였으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 5. 30. 내 무 부 장 관