비영리 사업자가 취득한 부동산을 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우로 보는지 여부(경정)

[주 문] ㅇㅇ교회의 심사청구중 1995.12.16. 부과고지한 취득세 3,091,200원(가산세포함)은 이를 2,576,000원으로 경정하고, 1995.10.16 부과고지한 취득세 41,874,000원(가산세포함)은 이를 취득세 34,895,000원으로 경정하며, 1996.1.16 부과고지한 취득세 6,069,360원(가산세포함)은 이를 취득세 5,057,800원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 ㅇㅇ교회가 교육관을 신축하기 위하여 1994.4.2.부터 같은해 12.23.까지 18회에 걸쳐 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 6필지 대지 1,956.56㎡, 건축물 2,419.77㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다, 이건 부동산중 동소 ㅇㅇ번지외 3필지 대지 1,520.86㎡ 및 건축물 2,012.81㎡를 “제1부동산”이라 하고, 동소 ㅇㅇ번지 대지 146.14㎡ 및 건축물 150.48㎡를 “제2부동산”이라 하며, 동소 ㅇㅇ번지 대지 289.56㎡와 건축물 256.48㎡는 “제3부동산”이라 한다)를 취득한 후, 1년 이내에 종교목적에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 취득가액 2,126,440,400원(제1부동산 1,744,750,000원, 제2부동산 128,800,000원, 제3부동산 252,890,400원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세를 1995.10.16. 41,874,000원(가산세포함), 같은해 12.16, 3,091,200원(가산세포함) 1996.1.16. 6,069,360원(가산세포함)을 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 ㅇㅇ교회는 그리스도의 복음으로 영혼을 구원하는 신앙운동을 목적으로 하여 설립된 ㅇㅇ회 소속교회로서 기존 신자(5만명)를 위한 교육관 신축을 위하여 1993.12.17. 당회에서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 일대 대지 3,605.3㎡를 매입하기로 결정하고, 그 일부인 이건 부동산을 취득하였으나, 교육관 신축을 위해서는 이건 부동산 이외에 일단의 토지가 더 필요하여 매수코자 하였으나, 매입예정 부동산의 가격이 급격이 상승하고 매입대상토지가 주택(연립주택)으로 사용되고 있는 특수성으로 인하여 매수요청에 응하지 아니하거나 터무니 없는 금액을 요구해와 4개동 14세대의 부동산을 매입하지 못하여 교육관 건축을 할 수 없으므로 이건 부동산을 취득한 후 1년 이내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되고, 매입한 이건 부동산중 일부는 부목사의 사택으로 사용하고, 일부는 건축물을 철거하여 임시 주차장으로 사용하고 있으므로 종교목적에 직접 사용하고 있다고 주장하면서 이건 취득세 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리 사업자가 취득한 부동산을 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우 비과세된 취득세를 부과한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

• 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정하면서, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 각각 규정하고 있다.
• 나. 다음으로 청구교회의 경우에 대하여 살펴보면 ㅇㅇ교회는 종교사업을 목적으로 하는 비영리 단체로서 교육관 신축을 위하여 이건 부동산을 취득하였으나, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 종교목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청에서 비과세되었던 취득세를 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 ㅇㅇ교회는 이건 토지상에 교육관 신축을 하고자 하였으나, 건축하고자 하는 토지이외에 추가로 필요한 일단의 토지와 그 지상 건축물을 매수하지 못하여 건축을 할 수 없었으므로 취득후 1년 이내에 교육관을 건축하지 못한 정당한 사유에 해당되고, 일부는 부목사 사택으로, 일부는 건축물을 철거하여 교회의 임시주차장으로 사용하고 있으므로 이건 취득세를 부과처분한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제107조제1호 및 구같은법시행령 제79조제1항제1호를 종합해 보면, 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 여기에서 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 경우에 한 한다고 보아야 할 것인 바, ㅇㅇ교회의 경우 교육관을 신축하기 위하여 이건 부동산을 취득하였으나, 추가로 구입할 토지 소유자들이 터무니없는 가격을 요구하여 매수하지 못하여 교육관을 건축하지 못하였다고 주장하지만, ㅇㅇ교회가 대규모 건축을 하기에 앞서 토지매입 가능성과 대책을 충분히 면밀하게 검토한 후 취득하였어야 함에도 그러한 준비를 하지 못한 것은 ㅇㅇ교회에게 그 귀책사유가 있다 하겠고, 이건 제1부동산 및 제3부동산의 일부주택을 부목사 사택으로 사용하고, 일부 토지를 교회용 임시주차장으로 사용하고 있음을 비추어 볼 때, 지방세법에서 규정한 종교목적에 직접 사용하는 부동산이라고 볼 수 없다 하겠으므로 처분청에서 이건 부동산의 취득세를 부과한 처분은 적법하다 하겠으나, 관계법령에 의하여 취득세가 비과세 되었다가 추징대상이 된 경우 취득세신고 납부의무를 규정한 지방세법 제120조제3항의 규정은 1995.1.1부터 시행됨에도 시행일 이전에 취득이 이루어진 이건 부동산에 대하여 이 규정을 적용하여 취득세에 대한 가산세를 부과한 처분은 법리를 오해한 흠이 있다 하겠다. 따라서 ㅇㅇ교회의 주장은 이유가 없다고 인정되나 취득세에 대한 가산세 부과처분은 위법성이 인정되어 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1996. 5. 30. 내 무 부 장 관