[주 문] 처분청이 청구법인에게 1995.9.11. 부과고지한 취득세 97,548,510원(가산세포함)은 취득세 97,500,400원(가산세포함)으로 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1991.5.6. 공유수면을 매립한 ㅇㅇ국가공단내 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 3,290.1㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 건설교통부(구 건설부)장관으로부터 공단준공전 조성단지 및 시설사용허가를 받은 날(1990.6.21.)로부터 4년이 경과하도록 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(541,936,203원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액중에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 97,548,510원(가산세포함)과, 구같은법 제128조의2제2항제2호 단서의 규정에 의하여 이건 토지의 정산된 취득가액(541,668,980원)에 구같은법 제131조제1항제3호2목의 세율을 적용하여 이미 면제받은 등록세 16,250,060원, 교육세 3,250,010원, 합계 117,048,580원을 각각 1995.9.11. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 철선제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 ㅇㅇ공단내 이건 토지를 1991.5.6. 취득하였으나, 건설교통부장관(구 건설부장관)의 준공전 사용허가일(1990.6.21.) 당시에는 공단내 기반시설(도로, 전기, 용수) 미비로 공장건축이 사실상 불가능하였으며, 준공전 사용허가는 행정의 편의상 이루어진 요식절차이고, 청구법인의 신청없는 사전 사용허가는 효력이 없다 하겠으므로 처분청이 법인의 비업무용토지로 보지 아니하는 유예기간은 준공인가일(1993.7.24.)로부터 기산하여야 함에도 건설교통부장관의 준공전 사용허가일(1990.6.21.)로부터 4년 이내에 법인의 고유업무에 직접 사용하지 않았다는 사유로 취득세를 중과하고, 과세면제되었던 등록세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 법인이 공유수면 매립으로 조성된 토지를 취득한 경우 법인의 비업무용토지로 보는 기산점을 언제로 볼 것인지와 법인이 토지를 취득한 후 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고 있으며, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제84조의4제1항에서는 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 같은조 제4항에서는 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고, 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정하고, 그 제9호(1991.12.31. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것)에서 “공유수면을 매립하여 원시취득하는 토지로서 취득한 날로부터 4년이 경과되지 아니한 토지”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제73조제10항에서 “관계법령의 규정에 의하여 매립·간척 등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다. 다만, 공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일을 취득일로 본다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제110조의2제2항에서 “제1항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 내무부령으로 정한다”고 규정하고, 구지방세법시행규칙 제47조의2(1994.12.31. 내무부령 제633호로 개정되기 전의 것)에서 “법 제110조의2제2항 및 법 제110조의3제2항제1호 및 제2호의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 공장... 의 범위는 공장건축물의 연면적(...)이 200제곱미터 이상 또는 종업원(...) 16인 이상을 사용하는 사업 또는 사업장(...)으로서 별표3에 정한 것을 말한다”고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조의2제2항에서 “다음 각호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 관하여는 제110조의2제2항의 규정을 준용한다”라고 하고, 그 제2호에서 “공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 이전촉진지역 및 제한정비지역안에서 공장을 경영하던 자가 제1호의 규정에 의한 공업개발장려지구 또는 유치지역안으로 대통령령이 정하는 바에 의하여 공장시설을 전부 이전(...)할 목적으로 취득하는 사업용 토지 및 건축물에 대한 등기. 다만, 최초로 취득하는 공장용 토지의 등기일로부터5년 이내 등기하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물(...)에 한하며, 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 철선제조 및 판매 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 이건 토지를 1991.5.16. 취득하였으나, 건설교통부장관으로부터 준공전 사용허가를 받은 날(1990.6.21.)부터 4년이 경과하도록 법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 중과한 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 토지에 대해 ㅇㅇ공사가 건설부장관으로부터 준공전 사용허가를 받을 당시는 물론이고 공유수면매립 준공인가를 받은 1993.7.24.에도 이건 토지의 기반시설이 미비하여 불가피하게 1994.9.6. 착공하였음에도 준공전 사용허가일(1990.6.21.)로부터 기산하여 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 면제된 등록세를 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 청구법인은 이건 토지 취득 당시(1991.10.21.)에는 공단내 기반시설의 미비로 인하여 사실상 공장건축이 불가능하였고, 법인의 비업무용토지의 유예기간 기산일은 준공전 사용허가일(1990.6.21.)이 아니고, 건설부장관으로부터 공단조성 준공인가를 받은 날(1993.7.24.)로 하여야 한다고 주장하고 있는 바, 처분청에서 제출한 관련증빙서류에 의하면 1990～1991년 사이에 같은 ㅇㅇ공단내에서 건축허가를 받은 업체가 188개에 달하고 있는 것으로 보아 이건 토지도 취득 당시에 건축이 가능하였다고 보여지며, 준공전 사용허가는 산업입지및개발에관한법률시행령 제37조제1항에 의거 사업시행자인 ㅇㅇ공사가 조성한 토지를 매립공사준공전에 매각하거나 사용하고자 할 때, 인가권자에게 신청하도록 규정하고 있고, 인가권자는 공사준공전이라도 사용이 가능하다고 허가하여 청구법인이 이건 토지를 취득한 것이므로 공단입주업체인 청구법인이 신청하지 아니하였다는 이유로 유예기간을 공사준공인가일(1993.7.24.)로부터 기산해야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠고, 청구법인이 영위하는 업종은 청구법인이 제시한 공장등록증명서에 의하면 철강선제조업으로서 지방세법시행령 제84조의4제1항의 규정에 의한 내무부 고시 제8호(1987.7.13.)에 포함되어 있지 아니하므로 이건 토지 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 사용하여야 하나, 공유수면 매립토지의 경우에는 지반안정에 필요한 기간을 최대한 감안하여 4년간의 유예기간을 두고 있음에도 청구법인이 준공전 사용허가일(1990.6.21.)로부터 4년(1994.6.20.)이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것은 정당한 사유로 볼 수 없으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 구지방세법 제112조제2항의 세율을 적용하여 취득세를 중과한 처분은 적법하며, 또한 청구법인은 공유수면 매립토지의 경우 유예기간이 4년이므로 등록세의 경우에도 공단기반시설준공일인 1993.7.24.부터 4년간 유예하여야 한다고 주장하고 있으나, 공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 이전촉진지역 및 제한정비지역안에서 구지방세법시행규칙 제47조의2 별표3에 해당하는 종류의 공장을 경영하던 자가 공업개발장려지구 또는 유치지역안으로 공장시설을 전부 이전할 목적으로 취득한 사업용 토지를 등기하는 경우에는 그 등록세를 면제하도록 규정하고 있으나, 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 등록세를 추징하도록 규정한 바, 청구법인의 경우에는 위에서 설시한 바와 같이 취득일(1991.5.6.)로부터 2년이 경과되고, 공사준공전 사용허가일로부터 4년이 경과한 시점까지 공사에 착공조차 하지 못하여 등록세 면제대상이 될 수 없으므로 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 처분청에서 이건 토지에 대한 취득세의 과표적용에 있어서 정산이 완료된 가액을 과세표준으로 적용하였어야 함에도 당초 분양가액을 적용한 일부 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 취득세 과표산정에 있어서 잘못이 있으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 4. 25. 내 무 부 장 관