[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 1990.4.7. 설립된 청구법인이 1994.7.27.과 같은해 8.20. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 877.3㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득·등기하였으므로 이건 부동산을 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 그 취득가액(2,520,000,000원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 362,880,000원, 교육세 66,528,000원, 합계 429,408,000원을 1995.7.15. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 기술용역사업의 개발 및 향상 등에 관련된 지원사업 등을 목적사업으로 하여 1990.4.7. 설립된 법인으로서 1994.7.27.과 같은해 8.20. 취득·등기한 이건 부동산에 대하여 처분청에서 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세 등을 중과세하였으나, 첫째 청구법인의 경우 지방세법 제138조제1항 단서 및 구같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법시행령”이라 한다) 제101조제1항제13호에서 기타 내무부장관과 주무부장관이 중과제외 대상업종을 정하도록 규정하였음에도 내무부 고시(제93-73호, 1993.8.16.)로 대도시내 법인설립과 지점 또는 분사무소의 설치시만 중과제외시킴으로써 하위법령이 상위법령을 제한하는 결과를 초래하였을 뿐만 아니라, 잘못 제정된 고시에 의한 이건 부과처분 또한 부당하고, 둘째, 청구법인이 취득·등기한 부동산이 등록세 중과대상인지 여부를 처분청에 문의하였더니 처분청 세무담당공무원이 중과제외대상이라고 답변을 하므로 이를 신뢰하였는데도 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하며, 셋째, 청구법인과 유사한 목적으로 설립된 주택사업공제조합 등의 경우 법인설립 이후 부동산을 취득하여 등기할 시 등록세 중과대상에서 제외된 사실이 있는데도 청구법인에게만 등록세 등을 중과세한 처분은 과세형평성에 어긋나 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 취득·등기한 부동산에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율(1000분의 30)의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종... 에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니한다”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치... 에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제101조제1항에서 “법 제138조제1항 단서의 규정에서 대통령령으로 정하는 업종 이라 함은 다음과 같다”라고 규정하고, 그 제13호(1994.12.31. 대통령령 제14418호로 개정되기 전의 것)에서 “기타 내무부장관이 주무부장관과 협의하여 정하는 업종”이라고 규정한 다음, 내무부고시 제93-73호(1993.8.16.)에서 대도시내 신설법인에 대한 등록세 중과대상에서 제외할 업종을 “엔지니어링 공제조합”으로, 적용범위를 “대도시내 법인설립과 지점 또는 분사무소설치”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서 “법 제138조제1항제3호에서 법인의 설립과 지점... 설치 및... 전입에 따른 부동산등기 라 함은 당해법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(...) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다(생략)”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 기술용역사업의 개발 및 향상 등에 관련된 지원사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1994.4.27.과 같은해 8.20. 이건 부동산을 취득·등기하였으므로 처분청에서 이건 부동산을 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 첫째, 구지방세법 제138조제1항 단서 및 구같은법시행령 제101조제1항제13호에서 기타 내무부장관과 주무부장관이 협의하여 중과제외 대상업종을 정하도록 규정하였음에도 내무부 고시(제93-71호,1993.8.16.)로 대도시내에서의 법인설립과 지점 또는 분사무소의 설치시만 중과제외시킴으로써 하위법령이 상위법령을 제한하는 결과를 초래하였을 뿐만 아니라, 잘못 제정된 고시에 의한 이건 부과처분 역시 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제138조제1항 단서에서 등록세 중과제외 대상업종을 “대통령령이 정하는 업종”으로 규정하여 지방세법시행령에 위임하고 있는 바, 여기서 말하는 “업종”의 범위에는 등록세 중과세 정책의 취지에 따라 중과세 제외대상이 되는 업종의 범위와 판단기준까지를 위임한 것이라 할 것이고, 이를 위임받은 구지방세법시행령 제101조제1항제13호에서 “내무부장관과 주무부장관이 정하는 업종”을 등록세 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고, 이를 근거로 내무부장관이 주무부장관과 협의하여 내무부 고시 제93-73호(1993.8.16.)로 청구법인의 등록세 중과세대상 제외범위를 “대도시내 법인설립과 지점 또는 분사무소의 설치”에 따른 등기에 한정한 것이므로 이를 상위법령에 위반한 것이라고 주장하는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠고, 둘째, 처분청 세무담당공무원의 조언을 구한 결과 담당공무원으로부터 중과대상이 아니라는 답변을 하므로 일반세율에 의한 세액을 기재한 납부서를 발급받아 등록세 등을 1994.6.29.과 1994.8.29. 각각 신고납부하였다고 하더라도, 세무공무원의 이러한 언동은 사실관계의 오인에서 비롯된 착각이거나 관계법령에 어긋난다 하더라도 이건 부과처분에 별다른 영향을 미치지 아니한다고 하겠으며, 셋째, 청구법인과 유사한 목적으로 설립된 주택사업공제조합 등의 경우 법인설립후 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기할 시 중과세가 제외된 사실이 있는데도 청구법인에게만 등록세 등을 중과세한 처분은 과세형평에 어긋나 부당하다고 주장하고 있지만, 내무부 고시 제93-62호(1993.4.26.)에서 주택건설촉진법의 규정에 의하여 설립된 주택사업공제조합이 주택건설업을 위하여 수행하는 사업에 대하여 중과세대상에서 제외하고 있더라도 각 법인별로 그 설립취지나 사업목적이 서로 다르므로 이를 들어 과세형평에 어긋난다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으므로 처분청에서 이건 부동산을 법인설립 이후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 2. 29. 내 무 부 장 관