[주 문] 처분청이 1995.8.9. 청구법인에게 부과고지한 취득세 74,503,630원(가산세포함)은 이를 취득세 16,679,180원(가산세포함)으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 처분청으로부터 1987.3.9. 농어촌소득원개발사업계획을 승인받고 1987.4.24. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 농소농공지구의 공장용토지 165,290㎡를 분양 가계약한 다음, 1988.5.3. 동 지구내의 토지 155,276㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대한 사용승인을 받아 1988.9.19. 동 사용승인 면적에 대해 1997년까지 연부상환하기로 하는 분양 본계약을 체결하였으나, 토지사용승인일로부터 1년 이내에 공장용도에 직접 사용하지 아니하였을 뿐만 아니라, 토지사용승인일로부터 2년(유예기간)이 되는 1990.5.3.까지 공장용건축물 24,601.81㎡만 신축하였으므로 구ㅇㅇ도농외소득원개발사업지원을위한도세과세면제에관한조례 제2조제2항의 규정에 의거 1992.1.1.부터 1994.5.3.까지 지급하여 취득세가 면제된 연부금액(898,370,030원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 21,560,880원(가산세포함)과 지방세법시행령 제84조의4제3항제6호 및 같은법시행규칙 제46조의5의 규정을 적용하여 산출한 공장입지 기준면적(57,670.68㎡)과 체육시설면적(8,400㎡)을 제외한 나머지 토지(89,205.32㎡)를 법인의 비업무용토지로 보아 1987.4.24.부터 1993.3.31.까지 지급된 연부금중 취득세가 기중과세된 연부금을 제외한 나머지 연부금액(590,738,807원)을 공장입지 기준면적 초과토지 비율로 안분한 가액에 구지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 일반세율(1000분의 20)에 의한 세액을 차감한 취득세 52,942,750원(가산세포함), 합계 74,503,630원(가산세포함)을 1995.8.9. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 전기·전자부품 제조업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1988.5.3. 이건 토지에 대해 사용승인을 받아 1989.6.18. 제1공장 건축물(24,714.49㎡)을 착공하여 1989.11.8. 준공하였는 바, 당초부터 이건 토지상에 공장을 일시에 건설하려고 한 것이 아니라, 이건 토지에 대한 분양계약서 내용과 같이 연차적 공장건축계획에 따라 공장을 건설하기로 하였으므로, 비업무용토지 유예기간(1988.5.3. 토지사용승인일로부터 2년)만료일인 1990.5.3.까지 제1공장 건축물(24,714.49㎡)만 건설하여 공장입지 기준면적을 초과한 토지가 발생한다 하더라도 이는 법인의 비업무용토지에 해당되지 아니함에도 처분청에서는 이를 법인의 비업무용토지로 보아 1992.11.6. 취득세 146,578,930원(가산세포함)을 부과고지하였으나, 1993.5.29. 내무부 심사결정(제93-145호)에서 위 부과처분은 잘못이라 하여 이를 취득세 98,561,160원(가산세포함)으로 경정 결정하였으므로 법인의 비업무용토지 문제는 종결되는 것으로 알았고, 더구나 제1공장 건축후 1992.9.7. 제2공장 건축물(45,548.34㎡)을 착공하여 1993.12.23. 준공하였으므로 공장입지 기준면적을 초과하는 토지가 더 이상 없음에도 이를 인정하지 아니하고, 1990.5.3. 기준으로 제1공장 건축물 면적만 인정하여 공장입지 기준면적을 초과한 토지에 대해서 계속 법인의 비업무용토지로 보아 지급한 매 연부금에 대해 취득세를 중과세한 것은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 토지를 연부취득중에 토지사용승낙을 받고, 공장용 건축물 건축유예기간내에 일부 공장만 건축하였을 경우 공장입지 기준면적 초과토지를 법인의 비업무용토지로 볼 수 있는지의 여부와 공장입지 기준면적 초과비율로 매 연부금에 대해 계속해서 취득세를 중과세할 수 있는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고, 구같은법시행령(1990.6.29. 대통령령 제13033호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년,...) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하며, 같은조 제3항에서는 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제6호에서 “공장용 건축물의 부속토지로서 내무부령으로 정하는 공장입지 기준면적을 초과하는 토지”라고 규정하고, 같은법시행규칙 제46조의5에서 “영 제84조의4제3항제6호에서 ‘내무부령으로 정하는 공장입지 기준면적’이라 함은 별표4의 공장입지 기준면적을 말한다”라고 규정하고, 별표4 제1. 적용요령에서 “가. 공장입지 기준면적 = 공장건축물 연면적/품목별 기준공장 면적율. 다만, 공장입지 기준면적율을 초과하는 토지중 공장입지 기준면적의 100분의 10 이내의 토지(그 면적이 3,000㎡를 초과하지 아니하는 부분에 한한다)는 이를 공장입지 기준면적으로 본다... ”라고 규정한 다음, 제2. 품목별 기준공장면적율에서 “달리 분류되지 않은 전자관 및 기타 전자부품제조업(38349) 기준공장면적율은 45”라고 규정하며, 구같은법시행령 제84조의4제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제4호에서 “... 기업 또는 단체가 종업원의 후생복지를 위하여 그 사업장 구내 또는 인접지에 체육시설을 설치하기 위하여 취득하는 토지로서 내무부장관이 정하는 기준에 적합한 토지”라고 규정하고, 그 제8호에서 “연부 취득중인 토지로서 매도자가 매수자의 사용수익을 허용하지 아니하는 경우의 당해 토지와 사용수익을 허용한 경우로서 그 허용일로부터 1년이 경과되지 아니한 토지”라고 규정하며, 구같은법시행령 제73조제5항에서 “연부로 취득하는 것으로서... 그 사실상의 연부금지급일을 취득일로 보아 그 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다)을 과세표준으로 하여 부과한다”라고 규정하고, 구ㅇㅇ도농외소득원개발사업지원을위한도세과세면제에관한조례 제2조제1항에서는 “다음 각호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...)에 대하여는 취득세를 면제하며... 등록세를 면제한다... ”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률 제8조의 규정에 의하여 지정된 농공단지내에서 농외소득원을 개발하기 위하여 당해 농공단지에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 자로서 동법의 규정에 의하여 농공단지개발실시계획의 승인을 받은자 및 농공단지의 개발토지·시설 등을 동법의 규정에 의하여 최초로 분양받은 자”라고 규정하며, 같은조 제2항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서는 “취득한 부동산을 정당한 사유없이 취득일로부터 1년 이내에 지정한 공장 또는 사업에 직접 사용하지 아니한 때”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 전기·전자부품 제조업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 공장신축을 위하여 1987.3.9. 처분청으로부터 농어촌소득원개발사업계획을 승인받고, 1987.4.24. 처분청에서 조성한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 농소농공지구의 공장용토지 165,290㎡를 분양가계약한 다음, 1988.5.3. 동 지구내의 토지 155,276㎡에 대한 사용승인을 받아 1988.9.19. 동 사용승인 면적에 대해 1997년까지 연부상환하기로 하는 분양 본계약을 체결하였으나, 토지사용승인일로부터 1년 이내에 공장용도에 직접 사용하지 아니하였을 뿐만 아니라, 토지사용승인일로부터 2년(유예기간)이 되는 1990.5.3.까지 공장용건축물 24,601.81㎡만 신축하였으므로, 처분청에서는 1992.1.1.부터 1994.5.3.까지 지급한 연부금액에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세와, 공장입지 기준면적(57,670.68㎡)과 체육시설면적(8,400㎡)을 제외한 나머지 토지(89,205.32㎡)를 법인의 비업무용토지로 보아 1993.3.31.까지 지급된 연부금중 취득세가 기중과세된 연부금을 제외한 나머지 연부금액(590,738,807원)을 공장입지 기준면적 초과토지 비율로 안분한 가액에 구지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세(일반세율분 세액 제외)를 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 토지는 처분청으로부터 연부취득중인 토지로서 일시에 공장을 건설하려고 한 것이 아니라, 연차적 공장건축계획에 따라 건설하려고 한 것으로서 1989.6.18. 제1공장 건축물(24,714.49㎡)만 착공하여 비업무용토지 유예기간(2년) 만료일인 1990.5.3.까지 공장입지 기준면적을 초과한 토지가 발생한다 하더라도 이는 법인의 비업무용토지에 해당되지 아니하며, 연차적계획에 따라 1992.9.7. 제2공장 건축물(45,548.34㎡)을 착공하여 1993.12.23. 준공하였으므로 공장입지 기준면적을 초과하는 토지가 더 이상 없음에도 이를 인정하지 아니하고, 1990.5.3. 기준으로 제1공장 건축물 면적만 인정하여 공장입지 기준면적을 초과한 토지에 대해서 계속 법인의 비업무용토지로 보아, 지급한 매 연부금에 대해 취득세를 중과세한 것은 부당하다고 주장하고 있는 반면, 처분청에서는 1988.5.3. 이건 토지에 대하여 사용승인을 받았으므로 사용승인후 2년이 경과한 1990.5.3. 이건 토지의 공장입지 기준면적 초과토지는 법인의 비업무용토지가 된다고 판단하였다. 살피건대, 구ㅇㅇ도농외소득원개발사업지원을위한도세과세면제에관한조례 제2조에 의하면 산업입지및개발에관한법률 제8조의 규정에 의하여 지정된 농공단지내에서 농외소득원을 개발하기 위하여 당해 농공단지에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 자로서 동법의 규정에 의하여 농공단지개발실시계획의 승인을 받은 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하나, 취득한 부동산을 정당한 사유없이 취득일로부터 1년 이내에 직접 사용하지 아니할 경우 면제된 취득세를 추징토록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1987.3.9. 처분청으로부터 농어촌소득원개발사업계획을 승인받아 1988.5.3. 산업입지및개발에관한법률 제8조의 규정에 의거 처분청에서 조성한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 농소농공지구의 공장용토지 155,276㎡에 대한 사용승인을 받고, 1988.9.19. 동 사용승인 면적에 대해 분양 본계약을 체결한 후 1989.6.18. 제1공장 건축물(24,556.81㎡)을 착공하였음이 관계증빙자료에서 입증되므로 토지사용승인일(1988.5.3.)로부터 1년 이내에 직접 사용하지 아니하여 면제된 취득세에 대해서는 추징되어야 함을 알 수 있으며, 구지방세법 제112조제2항과 구지방세법시행령 제84조의4제1항 및 제3항제6호의 규정에서 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년) 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지와 공장용건축물의 부속토지로서 내무부령으로 정하는 공장입지 기준면적을 초과하는 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우와 같이 연부취득중에 있는 이건 토지를 연차적 건축계획에 필요한 만큼씩 구분하여 토지사용승인을 받은 것이 아니라, 1988.5.3. 이건 토지 전부(155,276㎡)를 일시에 사용승인 받은 이상, 공장입지 기준면적을 초과한 토지는 법인의 비업무용토지로 보아야 할 것이고, 따라서 청구법인 자체의 연차적계획에 따라 공장건축물을 건축코자 하였으므로 법인의 비업무용토지에 해당되지 아니한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나, 그 취득세액 산출방법에 있어서 청구법인이 토지사용승인일(1988.5.3.)로부터 2년 이내인 1989.6.18. 제1공장 건축물(24,556.81㎡)을 착공하였으므로 1990.5.3. 기준으로 공장입지 기준면적은 57,570㎡(24,556.81㎡÷0.45+3,000㎡)이고, 기준면적 초과토지는 97,706㎡(155,276㎡-57,570㎡)가 되는 것으로서 이후 공장건축물 건축시마다 기준면적 초과토지는 체감되어야 할 것이며, 따라서 그 과세표준액 산정은 지급한 연부금액중 2년(일반과세추징은 1년)이 경과한 매연부금액에 계속 건축하고 있는 공장용건축물중 이미 착공된 면적을 모두 합한 면적에 의거 산출한 공장입지 기준면적 초과토지에 해당되는 가액에 대하여만 취득세가 중과세(일반과세)되어야 할 것이며, 청구법인이 1990.5.17. 경비실착공(48㎡), 1990.9.6. 체육시설착공(7,245㎡), 1990.12.8. 경비실증축(19.68㎡), 1992.3.10. 위험물저장소착공(45㎡), 1992.9.7. 제2공장 건축물착공 및 1993.12.23. 준공(32,038.6㎡)하였음이 건축물관리대장에서 확인되므로 이를 포함하여 공장입지 기준면적을 산정하여야 함에도 처분청이나 이의신청결정기관에서는 1990.5.3.을 기준으로 제1공장 건축물 면적만 인정하여 공장입지 기준면적을 초과한 토지에 대해 계속 법인의 비업무용토지로 보아 지급한 매 연부금에 대해 같은 비율로 취득세를 중과세한 것은 잘못되었다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되고, 처분청의 원처분이나 ㅇㅇ도지사의 이의신청결정에는 연부취득의 경우 취득세를 과세하는 법리의 해석을 그르친 흠이 있으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 2. 29. 내 무 부 장 관