[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 국가공업단지(구 산업기지) 개발사업시행자로 지정받아 1985.1.6.～1990.1.13. 사이에 ㅇㅇ공업단지내 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 20필지(이하 “이건 공장부지”라 한다)를 취득하고, 공장용지 조성사업(사업시행기간: 1984.9.～1996.12.31.)중에 조성사업이 일부 완료된 부분에 대하여 1988.12.9. 이후 7차례에 걸쳐 “준공인가전 사용허가”를 받고서 그 부지위에 1993.3.3.과 같은해 6.29. 공장건축물 3,680.62㎡ 및 부대시설(이하 “이건 건축물”이라 한다)을 신축한 후 “국가공업단지안에서 최초로 토지취득하기 이전에 사용승인을 받아 신축한 공장용건축물”로서 취득세 등을 감면받았으나, ㅇㅇ도의 처분청 감사에서 청구법인의 “공업단지안에서 최초로 토지를 취득한 날”을 “준공인가전 사용허가를 최초로 받은 날(1988.12.9.)”로 보아 그 날로부터 2년이 경과한 시점(1993.3.3. 및 같은해 6.29.)에 이건 건축물을 취득하였으므로 구지방세법 제110조의3제2항 규정의 과세면제대상이 아니라는 지적에 따라 처분청은 이건 건축물 취득가액(5,592,318,500원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 111,846,370원과 등록세 2,101,600원을 1995.7.10. 각각 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 액화석유가스제조·저장, 충전판매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 산업입지및개발에관한법률(구 산업기재개발촉진법)에 따라 국가공업단지(구산업기지) 개발사업시행자로 지정받아 공장부지조성공사를 진행중에 있으며, 사업이 일부 완료된 공장부지에 대해서는 부분적으로 7차례에 걸쳐 “준공인가전 사용허가”를 득하여, 건축 및 부대시설을 건설하고 있는 바, 청구법인과 같이 사업시행자로 지정받아 직접 공장용지를 조성하는 경우의 “최초 토지취득일”은 이미 조성된 공장용지를 분양받아 취득하는 경우와는 다른 것으로서 부분적으로 조성사업을 완료하여 “준공인가전 사용허가”를 받을 때마다 최초 토지취득일로 보아야 함에도 처분청은 “준공인가전 사용허가”를 최초로 받은 날(1988.12.9.)을 이건 공장부지에 대한 최초 취득일로 보아 그 날로부터 2년이 경과한 1993.3.3. 및 6.29. 이건 건축물을 신축하였다 하여 구지방세법 제110조의3제2항제1호 및 제128조의2제2항제1호 규정의 과세면제대상에서 제외된다고 하면서 기면제된 이건 취득세 등을 추징하였는 바, 이건 건축물의 경우, 부지조성사업을 완료한 부분에 대하여 “준공인가전 사용허가”를 받은 날로부터 2년 이내에 신축하였으므로 공업단지안에서 “최초 토지취득일”로부터 2년 이내에 취득한 “공장의 사업용 건축물”로 보아 취득세 등을 과세면제하여야 함에도 이건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 국가공업단지(구 산업기지)개발사업시행자로 지정받은 자가 공업단지(구 산업기지개발구역)내 일단의 토지를 취득하여 부지조성사업을 완료한 부분에 대하여 “준공인가전 사용허가”를 받은 후 그 사용허가를 받은 날로부터 2년 이내 건축물을 신축한 경우, 위 건축물을 구지방세법 제110조의3제2항(제128조의2제2항)에서 규정하는 “공업단지내에서 최초로 토지를 취득한 날로부터 2년 이내 취득한 건축물”로 보아 취득세 등의 면제대상으로 볼 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1986.12.31. 법률 제3878호로 개정된 것) 제116조의3제2항(제128조의2제2항)에서 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세(등록세)를 면제한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “지방공업개발법 제6조의 규정에 의하여 입지지정을 받은 자가 개발지구안에서 사용할 목적으로 입지지정을 받은 날로부터 2년 이내(...)에 취득하는 사업용 부동산(의 등기)(단서생략)”라고 규정하고 있으며, 구지방세법(1988.12.26. 법률 제4028호로 개정된 것) 제110조의3제2항(제128조의2제2항)에는 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세(등록세)를 면제한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “지방공업개발법 제6조의 규정에 의한 공업개발장려지구와 공업배치법의 규정에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용토지와 그 토지취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물(에 대한 등기)(기존 건축물을 취득하(여 등기하)는 경우를 제외한다)(단서생략)”라고 규정하고 있고, 구지방세법(제1991.12.14. 법률 제4415호로 개정된 것) 제110조의3제2항(제128조의2제2항)에는 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세(등록세)를 면제한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제110조의2제2항의 규정을 준용한다”라고 규정하고서, 그 제1호에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 및 지방공업단지(...)안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용토지와 그 토지취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용토지 및 건축물과 최초로 취득할 공장용 토지의 취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 사업용 건축물(에 대한 등기)(단서생략)”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 액화석유가스제조 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1984.8.8. 공업단지(구 산업기지)개발사업시행자로 지정받아 1985.1.6.～1990.1.13. 사이에 취득한 이건 공장부지에 대한 조성사업을 시행하면서 조성사업이 완료된 공장부지 부분에 대해서 7차(1988.12.9.～1995.5.30.)에 걸쳐 “준공인가전 사용허가”를 받아 공장건축물을 신축해 오면서, 제3차(1990.2.3.), 4차(1992.3.25.)로 “준공인가전 사용허가”를 받은 공장용지에 이건 건축물을 1993.3.12.과 10.9. 신축하고, 취득세 등을 감면받은 사실과 처분청은 ㅇㅇ도 감사지적에서 “공업단지안에서 최초로 토지를 취득하는 날”을 최초로 “준공인가전 사용허가”를 받은 날(1988.12.9.)로 보아 그 날로부터 2년이 경과하여 취득한 이건 건축물을 “국가공업단지안에서 최초로 토지를 취득한 날로부터 2년 이내에 취득하는 건축물”로 보아 취득세 등 면제한 처분은 부당하다고 지적함에 따라 기면제된 이건 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 국가공업단지(구 산업기지) 조성사업시행자로 지정받아 ㅇㅇ공업단지내 일단의 토지를 취득하고 공장부지 조성사업을 시행하고 있으므로 부지조성이 완료된 부분에 대하여 “준공인가전 사용허가”를 받은 때마다 “새로운 취득”으로 보아야 함에도, 이미 조성된 공업단지의 토지를 분양받아 취득하는 경우와 동일시하여 “준공인가전 사용허가”를 “최초로 받은 날”을 토지전체의 최초 토지취득일”로 보는 것은 부당하므로, 이건 건축물의 경우 “준공인가전 사용허가”를 1992.3.25. 받았으므로 그 날을 새로운 취득일로 보아야 하고, 그 날로부터 2년 이내 취득한 건축물로 보아야 한다고 주장하면서, 이건 취득세 부과처분의 취소를 구하였다. 살피건대, 이건 건축물의 취득과 관련하여 그 시행 당시의 법령에서 규정하는 과세면제요건에 해당되는지에 대하여 살펴보면, 먼저 구지방세법(1986.12.31. 법률 제3878호로 개정된 것) 제110조의3제2항제1호에 의하면 지방공업개발법 제6조 규정에 의하여 입지지정을 받은 자가 개발지구안에서 입지지정을 받은 날로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 부동산의 경우 취득세 및 등록세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 지방공업개발장려지구(1977.4.9. 건설부 공고 제40호)로 지정된 지구내의 이건 공장부지를 1985.1.6.～1990.1.13. 사이에 취득하는 한편, ㅇㅇ군으로부터 1989.12.12. 공장입지 지정(ㅇㅇ군 30251-15835호)을 받은 사실이 있으나, 그 입지지정을 받은 날로부터 2년을 경과하여 이건 건축물을 취득(1993.3.3. 및 6.29.)하였으므로 위 규정의 과세면제 요건에 해당된다고 볼 수 없다 하겠고, 다음으로 구지방세법(1988.12.26. 법률 제4028호로 개정된 것) 제110조의3제2항제1호에 의하면 공업개발장려지구와 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 공장용 토지의 최초 취득일로부터 2년 이내에 취득하는 공장건축물은 취득세 등의 면제대상으로 규정하고, 그 후 관계법령의 제정·폐지로 인해 과세면제요건중 “공업개발장려지구 및 유치지역”을 “국가 또는 지방공업단지”로 변경하여 구같은법(1991.12.14. 법률 제4415호로 개정된 것) 제110조의3제2항제1호에서 국가공업단지 및 지방공업단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 건축물과, 최초로 취득할 공장용토지의 취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 사업용 건축물에 대하여는, 취득세 및 등록세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 위 규정에서 “최초 토지취득일”이라 함은 관계법령의 규정에 따라 지정된 “공업개발장려지구와 유치지역” 또는 “국가 또는 지방공업단지안”에서 공장용에 사용하기 위하여 취득하는 토지로서 그 토지의 형상이 공장부지로서 조성되었는지 여부와 관계없이 “공업단지내의 토지를 최초 취득하는 날”을 의미한다 할 것이므로 청구법인의 경우와 같이 공업개발장려지구내의 공장부지(ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 잡 10,020㎡)를 1985.1.6. 최초 취득하였으므로 그 날을 최초 취득일로 보아야 하고, 공업단지개발사업자로 지정된 자가 공업단지내 토지를 취득하여 공장부지 조성사업이 완료된 일부에 대하여 “준공인가전 사용허가”를 받을 경우마다 그 토지를 “새로운 취득”으로 볼 수 있는 조문이 달리 규정되어 있지 아니하는 이상, 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 다만, 최초 토지취득일인 1985.1.6.부터 2년이 경과된 후에 취득한 건축물에 대하여는 취득세 등을 과세하여야 하나, 이건 건축물 신축전에 취득한 건축물은 지방세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과되어 과세하지 못하였을 뿐이라 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1996. 1. 30. 내 무 부 장 관