[주 문] 처분청이 1995.3.4. 청구법인에게 부과고지한 취득세 20,624,720원(가산세포함), 등록세 30,937,090원(가산세포함), 교육세 5,156,180원, 합계 56,717,990원은 이를 취득세 20,624,720원(가산세포함), 등록세 25,780,910원, 교육세 5,156,180원, 합계 51,561,810원으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 사무실 및 판매장시설 신축을 위하여 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 762㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 1993.5.10. 취득(등기)하여 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제110조의3제1항 및 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제128조의2제1항의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 과세면제받았으나, 이건 토지를 취득(등기)한 날로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지 취득가액(859,363,800원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 20,624,720원(가산세포함), 등록세 30,937, 090원(가산세포함), 교육세 5,156,180원, 합계 56,717,990원을 1995.3.4. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ산업의 진흥과 조합원의 경제적·사회적 지위향상도모를 목적으로 설립된 ㅇㅇ협동조합으로서 1993.5.10. 사무실 및 판매장시설 신축목적으로 이건 토지를 취득하였으나, 이건 토지 취득당시 이건 토지가 청구외 ㅇㅇ협동조합에 지상권 및 근저당권이 설정되어 있어 건축허가를 신청하지 못하다가 같은해 10.12. 지상권 및 근저당권이 해제되었고, 같은해 10.21. ㅇㅇ협동조합중앙회 ㅇㅇ도지회에 고정자산 취득 및 처분승인을 신청하여 같은해 10.30. 승인을 받아 이건 건물신축에 따른 자금을 조달하기 위하여 같은해 11.13. ㅇㅇ일보에 ㅇㅇ재산매각 입찰공고를 하였으나 예정가격미달로 유찰된 바 있고, 건축허가를 받기 위해 설계를 의뢰하였으나 설계사의 업무폭주와 설계도면 수정작업때문에 수개월이 경과하였으며, 설계사의 설계 및 감리비의 대폭인상요구에 따른 설계사재선정 등으로 설계도 작성이 중단되었고, 장시간 경과후 설계사와의 재협의 끝에 1994.6.30. 설계도면을 완성하게 되어 같은해 7.9. 처분청에 건축허가를 신청하여 같은해 7.15. 및 8.18. 처분청의 보완요구를 거쳐 같은해 11.18. 건축허가를 받은 후 곧바로 건축공사를 하고자 하였으나, 동절기이기 때문에 부실공사가 우려되어 착공하지 못하였으며, 1995.2.28. 공사입찰공고를 거쳐 같은해 3.9. 건축공사계약을 체결하여 1995.8.경 준공을 앞두고 있으므로 이건 토지 취득후 청구법인의 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하는 등 정당한 사유가 있었음에도 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 토지로 보아 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리법인이 이건 토지를 취득(등기)한 후 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(생략)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하고, 그 제3호에서 “ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ협동조합(생략)”라고 규정하고, 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제128조의2제1항에서는 “제110조의3제1항 각호의 법인의 부동산소유권에 대한 등기 또는 등록(생략)에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제121조제1항에서 “취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 자진신고납부를 하지 아니하거나... 미달할 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액... 에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여... 징수한다”라고 규정하고, 구같은법 제151조에서 “등록세 납세의무자가 제130조제2항의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나... 산출세액에 미달할 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에... 세율을 적용하여 산출한 세액... 에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여... 징수한다(이하생략)”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 ㅇㅇ의 진흥과 조합원의 경제적·사회적 지위향상도모를 목적으로 설립된 ㅇㅇ협동조합으로서 청구법인의 사무실 및 판매장시설 신축을 목적으로 1993.5.10. 이건 토지를 취득(등기)한 후 1년이내에 정당한 사유없이 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청에서는 구지방세법 제110조의3제1항 및 구지방세법 제128조의2제1항 단서규정에 의거 기 면제된 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 1993.5.10. 사무실 및 판매장시설 신축목적으로 이건 토지를 취득하였으나, 이건 토지에 지상권 및 근저당권이 설정되어 있어 건축허가를 신청하지 못하다가 같은해 10.12. 지상권 및 근저당권이 해제되어 ㅇㅇ협동조합중앙회 ㅇㅇ도지회로 부터 같은해 10.30. 고정자산 취득 및 처분승인을 받아, 같은해 11.13. ㅇㅇ일보에 축협재산매각 입찰공고를 하였으나 예정가격 미달로 유찰된 바 있고, 건축허가를 받기 위해 설계를 의뢰하였으나, 설계사의 업무폭주와 설계도면 수정작업때문에 수개월이 경과되었으며, 설계사의 설계 및 감리비의 대폭인상요구와 설계사의 재선정 등으로 설계도 작성이 지연되었으며, 1994.7.9. 처분청에 건축허가를 신청하였으나, 처분청의 보완요구때문에 같은해 11.8. 건축허가를 받을 수 있었고, 동절기 부실공사가 우려되어 곧바로 공사에 착공하지 못하였으며, 1995.2.28. 공사입찰공고를 거쳐 같은해 3.9. 건축공사계약을 체결하여 1995.8.경 준공을 앞두고 있으므로 이건 토지 취득후 청구법인의 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하는 등 정당한 사유가 있음에도 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제110조의3제1항 및 구지방세법 제128조의2제1항에서 ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ협동조합이 그 고유의 업무에 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나, 취득(등기)일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하면 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 먼저, 이건 토지 취득일(1993.5.10.)로 부터 1년이 되는 1994.5.9.까지 이건 토지를 청구법인의 고유업무에 직접 사용하였는지에 대하여 살펴보면, 이건 토지 취득일로 부터 1년 10개월이 경과한 1995.3.9. 건축공사계약을 체결하여 공사를 착공하였음이 증빙서류에서 입증되고 있으므로 이건 토지 취득일로 부터 1년이내에 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다 하겠으며, 다음으로 이건 토지 취득일로 부터 1년이내에 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다면 이건 토지는 취득세 등이 과세면제되어야 할 것인 바, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 “법령에 의한 금지·제한 등 그 법인의 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 보아야 할 것”(대법원 1992.6.23. 92누1773)이므로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면, 이건 토지에 대한 청구외 ㅇㅇ협동조합의 지상권 및 근저당권설정은 이건 토지 취득일(1993.5.10.)보다 훨씬 이전인 1992.7.4. 이미 설정되어 있었음이 이건 토지 등기부등본에서 확인되고 있으므로 청구법인이 이건 토지를 취득할 당시 이러한 사실을 충분히 알고 취득하였다고 인정되고, 이러한 사실을 알고 이건 토지를 취득한 것은 청구법인에게 그 귀책사유가 있다 할 것이므로 이를 해제하는데 시간이 걸려 건축이 지연되었다는 것은 정당한 사유에 해당될 수 없다고 할 것이며, 이건 건축에 따른 자금조달 목적으로 ㅇㅇ협동조합중앙회 ㅇㅇ도지회에 고정자산 취득 및 처분승인과정과 재산매각 입찰과정에서 예정가격미달로 유찰된 점, 설계도면 수정작업 및 설계비와 감리비의 대폭인상요구에 따른 설계사 재선정 등으로 설계도 작성이 지연되어 이건 토지 취득일로 부터 1년이내에 건축공사에 착공하지 못했다는 것은 청구법인의 내부적인 사유에 불과할 뿐 아니라, 위와 같은 사유만으로는 청구법인이 그 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였는데도 시간적인 여유가 없어 그 유예기간을 넘겼다고 보기 어려우므로 이것 또한 정당한 사유라 볼 수 없다 하겠고, 이건 토지 취득일(1993.5.10.)로 부터 1년이 되는 1994.5.10. 이후의 사유로서 동절기로 인해 부실공사가 우려되어 곧바로 건축공사에 착공하지 못하여 지연되었다는 것 등은 이건 토지를 1년이내에 사용하였는지의 여부에 대한 것과는 관계가 없다 할 것으로서 청구법인이 이건 토지를 취득(등기)한 후 1년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 않았으므로 처분청에서 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 하겠다. 다만, 구지방세법 제151조에서 등록세 납세의무자가 제130조제2항의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다 라고 규정되어 있을 뿐, 등록세가 면제된 후 추징사유가 발생한 경우 면제된 세액을 자진신고 납부하도록 된 규정이 없으므로 청구법인이 이건 토지의 등록세를 면제받아 등기하였다가 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다 하더라도 면제된 등록세를 처분청에 자진신고납부할 의무는 없다고 할 것(1993.3.16. 감사원 심사결정 제49호)이므로 면제된 등록세를 추징하면서 가산세를 가산한 처분은 잘못이라고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 처분청에서 등록세 가산세를 부과한 것은 잘못이므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1995. 8. 29. 내 무 부 장 관