[주 문] 청구인의 심사청구중 1995.1.9. 각각 부과고지한 토지분 취득세 47,497,500원(가산세포함), 건물분 취득세 94,430,340원(가산세포함)과 토지분 등록세 45,071,460원, 교육세 8,263,100원, 계 53,344,560원, 건물분 등록세 37,772,130원, 교육세 6,924,880원, 계 44,697,010원에 대한 심사청구 부분은 이를 기각하고, 나머지 부분에 대해서는 각하한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 2필지 대지 4,709.1㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 1990.6.22. 취득한 후 동 대지상에 건축물(16,959.2㎡, 이하 “이건 건물”이라 한다)을 신축하고 1993.1.21. 가사용승인을 받아 이건 건물의 2,3,5층 임대면적(3,357.6㎡)을 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니한다고 판단하여 1993.2.20. 취득세 51,471,380원을 자진신고납부하고, 1993.3.9. 이건 건물을 준공검사를 받고 추가임대면적(5,467.5㎡)에 대하여 취득세 83,852,280원, 등록세 54,129,460원, 교육세 10,825,890원, 합계 148,807,630원을 같은날 자진신고납부한 다음, 이건 건물공사비 정산에 따라 부족신고납부된 취득세 22,034,140원, 등록세 8,813,660원, 교육세 1,762,730원, 합계 32,610,530원을 1993.3.12. 자진신고 납부하였으나, 이건 건물(연면적 16,959.2㎡)중 10,225.3㎡(60.29%)를 임대하고 있으므로 건물임대면적으로 안분한 임대건물 부속토지(2,959.03㎡)를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 108,142,820원을 1993.6.8. 중과추징하였으며, 한편 1994.12월 감사원특감시 이건 건물의 공유면적(7,020.3㎡)을 임대면적으로 안분하지 아니한 사실이 적발됨에 따라 그 공유면적을 임대면적으로 안분한 부속토지면적(6,514.4㎡)에 대하여 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 47,497,500원(가산세포함)을 중과하고, 동시에 과소신고납부한 토지분 등록세 45,071,460원, 교육세 8,263,100원, 계 53,334,560원과 건물분 취득세 94,430,340원(가산세포함) 및 건물분 등록세 37,772,130원, 교육세 6,924,880원, 계 44,697,010원을 1995.1.9. 각각 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 농촌근대화촉진법에 의거 ㅇㅇ사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 조합구역안의 농민들로 부터 조합비를 징수하여 농업관련 수리시설의 유지 및 보수관리 등 목적사업을 수행하고 있으나, 농업의 쇠퇴로 조합비징수에 대한 반발이 심하여 1989.4.1. ‘ㅇㅇ조합육성에관한특별조치법’(법률 제4114호)을 개정하여 조합원에 대한 조합비 부과한도를 대폭 인하하면서 조합운영경비 부족액을 국고에서 보조토록 하고, 농촌근대화촉진법 제37조제1항을 개정하여 수익사업을 목적사업에 포함함과 동시에 ㅇㅇ조합정관준칙 제4조를 개정(1991.10.10.)하여 조합 구역내에서 수익사업으로 부동산임대사업을 가능하도록 함에 따라 청구법인은 ㅇㅇ신도시개발지역 농수로 등의 수용에 따른 보상금으로 경기도지사의 예산사용인가를 받아 이건 토지 및 건물을 취득하고 그 임대료만 가지고서 국고보조금 없이 조합예산에 충당하고 있는 바, 부동산임대사업은 청구법인의 고유업무인 수익사업에 해당되고, 대법원판례(1995.6.16. 95누2586)에서도 농지개랑조합의 부동산임대사업은 조합의 고유업무인 수익사업으로 보아야 한다고 판시하고 있음에도 처분청에서는 부동산임대사업은 청구법인의 수익사업으로 보지 아니하고, 이건 건물 및 부속토지의 임대사업에 공하여지는 면적에 대해서 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니한다고 보아 이건 취득세 등을 부과고지한 처분(중과세 및 일반과세)은 부당하며, 또한 “과세처분의 증액경정이 있는 경우에는 선행과세처분은 경정처분의 일부로 흡수되어 독립한 존재가치를 상실하여 소멸하므로, 경정처분에 대한 소송절차에서 당사자는 이미 확정된 선행처분에 대하여도 그 위법여부를 다툴 수 있다”(대법원 1990.4.10. 90누219)라고 하였으므로 이건 건물 및 부속토지에 대하여 1993.2월부터 1993.6월까지 기납부한 취득세 등 341,032,360원과 감사원 특감시 추징한 취득세 등 239,959,410원의 부과처분은 취소하여야 한다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 부동산임대사업이 청구법인의 목적사업인 수익사업에 포함되는지 여부와 부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 청구법인이 이건 건물연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우 임대건물 면적으로 안분한 그 부속토지를 법인의 비업무용토지로 보아 중과세한 과세처분이 적법한지 여부에 대한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(생략)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하고, 그 제4호에서 “농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합”라고 규정하고, 구같은법 제128조의2제1항에서는 “제110조의3제1항 각호의 법인의 부동산소유권에 대한 등기 또는 등록(생략)에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법 제112조제2항에는 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로 부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 그 제2항에서는 “제1항에서 ‘법인의 고유업무’라 함은 다음 각호의 업무를 말한다”라고 규정한 다음, “1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무, 2. 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무, 3. 행정관청으로 부터 인·허가를 받은 업무”라고 규정하고, 그 제3항에는 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니한다”라고 규정한 다음, 제1호(3)목에서 “부동산임대업을 주업으로 하지 않는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 않는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지와 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는 경우로서 임대용에 공한 지상정착물의 부속토지가 제(2)목에 해당하는 경우의 당해 토지”라고 규정하고 있으며, 농촌근대화촉진법 제37조제1항에서 “조합은 조합구역내에서 다음 각호의 사업을 시행한다”라고 규정한 다음, 그 제7호에서 “수익사업”이라고 규정하고, 같은법 제37조제2항에서는 “제1항제7호의 수익사업의 종류 및 범위는 대통령령으로 정한다”라고 규정한 다음, 같은법시행령 제5조의3에서 “법 제37조제2항의 규정에 의한 수익사업은 다음 각호의 사업으로 한다”라고 규정하면서, “1. 저수지 주변의 관광자원의 조성 및 개발사업과 임대업, 2. 토지·시설물 및 저수지를 이용한 부대수입원 개발사업, 3. 기타 농림수산부장관이 조합목적의 달성에 지장을 주지 아니하는 범위내에서 조합발전을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 사업”이라 규정하고, 같은법시행규칙 제4조의2에는 “영 제5조의3제3호에서 ‘기타 농림수산부장관이 조합목적의 달성에 지장을 주지 아니하는 범위내에서 조합의 발전을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 사업이라 함은 다음 각호의 사업을 말한다”라고 규정한 다음, “1. 조합원의 영농여건의 개선 및 소득원의 개발을 위한 단지조성과 시설보수에 관한 사업, 2. 조합원의 농업기계화촉진 및 영농편익을 위한 수리시설기기·기계부품의 제작·보수·대여 및 보급알선에 관한 사업”이라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합으로서 이건 건물 및 부속토지를 취득한 후 임대사업에 공하는 면적에 대하여 3차례(1993.2.20, 3.9, 3.12.)에 거쳐 취득세 등(232,889,540원)을 자진신고 납부한 사실과 처분청은 청구법인이 임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인으로서 직접 사용하지 아니하므로 임대면적으로 안분한 그 부속토지를 법인의 비업무용토지로 보아 1993.6.8. 취득세(108,142,820원)을 중과한 사실과, 감사원특감시 지적된 이건 건물의 공유면적에 대하여 임대면적으로 안분한 건물면적(6,514.4㎡) 및 그 부속토지에 대하여 고유업무에 직접 사용하지 아니한다고 보아 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등(192,461,910원) 및 비업무용토지에 대한 중과세율을 적용하여 산출한 취득세(47,497,500원)를 각각 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 농촌근대화촉진법에 의하여 ㅇㅇ시설의 유지관리 및 ㅇㅇ사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 목적사업에 필요한 경비를 충당하기 위하여 ㅇㅇ신도시개발지역의 농수로 등의 수용에 따른 보상금을 가지고서 경기도지사의 예산인가를 받아 이건 토지 및 건물을 취득하여 수익사업으로서 부동산임대사업에 공하고 있으므로, 이는 청구법인의 고유업무에 해당되며, 대법원판례(1995.6.16. 95누2586)에서도 ㅇㅇ조합의 부동산임대사업은 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하는 것에 해당된다고 판시하고 있으므로 이건 건물 및 부속토지 임대부분에 대하여 이건 취득세 등(일반과세 및 중과세)을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하지만, 구지방세법 제110조의3제1항 및 제128조의2제1항의 규정에 의하면, 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 그 부동산의 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하면서 그 단서에서 “취득일(등록일)로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세(등록세)를 추징한다”라고 규정하고, 위 규정에서 “법인의 고유업무의 범위”를 따로 정하고 있지는 아니하나 지방세법시행령 제84조의4제2항에서 “법인의 고유업무”라 함은 “법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무, 그리고 행정관청으로 부터 인·허가를 받은 업무를 말한다”라고 규정하고 있으므로 위 규정에서 들고 있는 “법인의 고유업무”를 이와 달리 볼 사유가 없으므로 구같은법시행령 제84조의4제2항의 규정에 해당되는지 여부에 의하여 이건 토지 및 건물이 법인의 고유업무에 직접 사용하는지 여부를 판단하여야 할 것인 바, 청구법인의 부동산임대사업이 고유목적사업인 수익사업에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면, 농촌근대화촉진법 제37조제1항제7호 및 같은법시행령 제15조의3에서 청구법인의 수익사업의 범위로서 “저수지주변의 관광자원의 조성 및 개발사업과 임대업, 토지·시설물 및 저수지를 이용한 부대수입원개발사업, 기타 농림수산부장관이 조합목적의 달성에 지장을 주지 아니하는 범위내에서 조합발전을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 사업”으로 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제4조제2에는 위 “특히 필요하다고 인정하는 사업”의 범위에 대해 “조합원의 영농여건의 개선 및 소득원의 개발을 위한 단지조성과 시설보수에 관한 사업과 조합원의 농업기계화촉진 및 영농편익을 위한 수리시설기기·기계부품의 제작·보수·대여 및 보급알선에 관한 사업”을 수익사업으로 한정하여 규정하고 있는 점으로 미루어 볼 때, 설사 ㅇㅇ조합비 국고보전관리요령 제12조제1항제2호에서 “부동산임대사업”을 청구법인의 수익사업의 범위로서 규정하고 있다 하더라도 농어촌근대화법령에서 위임근거없이 규정한 이상, 부동산임대사업은 청구법인의 목적사업으로 볼 수 없다고 판단되어 지고, 또한 청구법인이 제시한 대법원판례(1995.6.16. 95누2586)는 처분청으로 부터 임대사업목적으로 부동산의 취득을 인가받은 경우에 있어서 지방세법시행령 제84조의4제2항에서 규정하는 “행정관청으로 부터 인·허가받은 업무”로서 당해 ㅇㅇ조합의 고유업무로 본다는 것이므로 청구법인의 경우 이건 토지 및 건물를 경기도지사로 부터 예산인가(기반 27231-9호, 1992.1.6.)를 받아 취득하였으나, 부동산임대사업목적으로 인가받은 사실이 없으므로 위대법원판례는 이 사건에 영향을 미치지 아니하므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠고, 다음으로 청구법인이 임대한 이건 건물 연면적으로 안분한 부속토지가 법인의 비업무용토지에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면, 구지방세법시행령 제84조의4제3항제1호(3)에 의하면 부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 그 정착물의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우 당해 지상정착물의 부속토지는 법인의 비업무용토지로서 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 이건 건물(연면적 16,959㎡)중 직접 사용면적(1,621.6㎡)의 비율이 100분의 9.56.로서 확인되어지고 있으므로 청구법인이 직접 사용하지 아니하는 건물면적으로 안분한 그 부속토지는 법인의 비업무용토지에 해당된다 하겠으므로 더 나아가 살펴볼 필요없이 주문과 같이 결정한다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1995. 7. 26 내 무 부 장 관