[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 체육용지 19,261.8㎡중 17,895.8㎡(이하 “이건 제1토지”라 한다)를 1992.7.10. 취득하고 같은해 8.4. 소유권 이전등기를 경료하였으나, 이건 토지의 취득(등록)한 날로 부터 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하므로 그 취득가액(12,091,877,300원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 290,205,040원(가산세포함) 및 등록세 435,307,570원, 교육세 79,806,380원, 합계 515,113,950원(가산세포함)을 1994.2.21. 및 같은해 4.15. 각각 부과고지하였는 바, 청구법인이 취득세 부과처분에 불복하여 같은해 4.1. 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 부산광역시장은 이건 제1토지는 비영리법인의 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 위 부과고지한 취득세를 같은해 5.30. 취소결정(ㅇㅇ시 이의신청결정 제94-33)하고, 이어서 청구법인이 같은해 5.19. 등록세 부과처분에 대한 이의신청을 제기하자 처분청은 기취소결정한 동일과세물건에 대한 과세처분(등록세)이므로 같은해 7.10. 직권취소(감액)하였으나, 1994.12. 실시한 감사원 특감시 “유스호스텔시설”은 수익사업에 해당된다고 보아 처분청이 1994.7.10. 직권취소한 등록세 등 515,113,950원(가산세포함)을 1995.1.20. 재부과고지하였고, 이건 토지중 잔여토지 1,366㎡(이하 “이건 제2토지”라 한다)를 1994.8.10. 취득하고, 같은해 8.23. 소유권 이전등기를 경료하였으므로 그 취득가액(890,000,000원)에 구지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 21,360,000원, 농어촌특별세 1,958,000원, 등록세 32,040,000원, 교육세 5,874,000원, 합계 61,232,000원(가산세포함)을 1995.1.18. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 사회복지사업법의 규정에 의해 사회복지법, 영육아보육법, 청소년육성법 등의 규정의 복지사업을 수행하기 위하여 설립된 사회복지법인으로서 1991.12.11. 사회복지사업법 제25조 및 동시행령 제19조의 규정에 의거 주무관청(부산광역시장)의 허가를 받아 정관을 변경하여 목적사업으로 “청소년시설 설치운영”을 법인등기부에 추가 등기하고, ㅇㅇ시로 부터 청소년 수련시설건립요청이 있어 유스호스텔을 설치할 목적으로 이건 “제1토지”를 ㅇㅇ시장으로 부터 1991.9.27. 경쟁입찰로 낙찰받아 1992.7.11. 취득하고, 같은해 8.4. 소유권 이전등기를 경료하였는 바, 처분청에서 1994.2.21.과 같은해 4.15. 이건 취득세(290,205,040원) 및 등록세 등(61,232, 000원)을 각각 부과고지하자 이에 불복하여 1994.4.1. 이건 취득세에 대한 대한 이의신청을 제기한 데 대하여 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 청구법인의 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 보아 이건 제1토지를 취득세 비과세대상에 해당된다고 판단하여 이건 취득세(280,205,040원)의 부과처분을 취소결정(ㅇㅇ시 이의신청결정 제94-33호, 1994.6.1.)함에 따라, 1994.5.19. 제기한 등록세 등 이의신청에 대하여 “취득세 이의신청의 취소결정”을 인용하여 처분청이 직권으로 감액결정하였음에도 감사원 특감시 지적되었다 하여 재부과고지한 처분은 대법원판례에서 “불복심사청구에 의하여 그 불복사유가 있다고 인정되어 취소되었음에도 처분청이 동일한 사안에 관하여 부과처분을 되풀이 한 것이라면 설령, 그 부과처분이 감사원의 시정요구에 의한 것이라 하더라도 위법하다”(1986.5.27. 86누127)고 판시하고 있음을 볼 때, 이건 제1토지에 대한 등록세 등의 재부과처분은 위법부당하므로 취소해야할 뿐 아니라, 이건 제2토지(1,366㎡)의 경우도 이건 제1토지와 동일필지내의 토지로서 제1토지와 같이 청구법인의 고유목적사업인 청소년수련시설(유스호스텔)로 사용하기 위하여 ㅇㅇ시장으로 부터 불하받은 후 건축허가를 받고 신축중에 있으므로 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 토지에 해당하며, 또한 이건 취득세 및 등록세를 부과하는 시점에서 수익사업에 현실적으로 제공되지 아니하고 있으므로 구지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의한 “용도구분에 의한 비과세대상”에 해당됨에도 처분청은 유스호스텔이 법인세법 제1조제1항의 “음료·숙박업”으로서 수익사업에 해당된다고 보아 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당할 뿐만 아니라, 동일한 사안에 대해 부산광역시 이의신청결정과 상반되는 해석은 일사부재리의 원칙을 위배된다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 동일과세물건에 대하여 취득세 및 등록세 등을 각각 부과고지하였다가 이의신청결정기관의 취소결정(취득세)에 따라 등록세 이의신청을 처분청의 직권으로 취소한 후 감사원의 시정요구로 등록세를 재부과한 처분이 적법한 처분인지 여부와 사회복지사업법에 의하여 설립된 비영리사업자인 청구법인이 청소년 수련시설(유스호스텔)을 건립할 목적으로 취득한 이건 제1.2토지를 수익사업용토지로 보아 이건 취득세 및 등록세 등을 부과한 처분이 적법한 처분인지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(생략)에 대하여는 취득세(등록세)를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기 또는 등록일)로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세(등록세)를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산 취득”이라고 규정하고, 같은법시행령 제79조제1항에는 “법 제107조제1항에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고, 그 제3호에서 “사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인”이라고 규정하고, 같은법시행령 제78조의2제1항에서 “법 제107조 본문단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다”라고 규정하고 있으며, 법인세법 제1조의 단서에서 “내국법인으로서... 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서... 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업... 에 대하여만 법인세를 부과한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “축산업,... 음식·숙박업... ”으로 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제2항에서는 “제1항에서 ‘법인의 고유업무’라 함은 다음 각호의 업무를 말한다”라고 규정한 다음, “1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무, 2. 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무, 3. 행정관청으로 부터 인·허가를 받은 업무”라고 규정하고, 사회복지사업법 제2조제1항에서 “이 법에서 ‘사회복지사업’이라 함은 생활보호법, 아동복지법, 노인복지법, 장애인복지법, 모자복지법, 영유아복지법, 윤락행위 등방지법에 의한 보호선도 또는 복지에 관한 사업과 사회복지... 유랑인 보호, 직업, 보도... 등 각종 복지사업과 복지시설의 운영 및 자원을 목적으로 하는 사업을 말한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “‘사회복지법인’이라 함은 사회복지사업을 행할 목적으로 설립된 법인 또는 그 연합체를 말한다”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “‘사회복지시설’이라 함은 사회복지사업을 행할 목적으로 설치된 시설을 말한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 사회복지사업법에 의하여 설립된 비영리공익법인으로서 이건 제1토지 및 제2토지(이하 “이건 토지”라 한다)를 청소년 수련시설을 설치할 목적으로 취득·등기한 사실과 처분청은 청소년 수련시설 건립을 목적으로 취득한 제1토지(17,895.8㎡)에 대하여 청소년수련시설은 고유목적사업에 사용하는 토지로 보지 아니하여 이건 취득세(290,205,040원)를 부과고지하였으나, 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 부산광역시장은 이건 제1토지를 고유목적사업에 직접 사용하는 토지로 보아 위 부과처분을 취소결정하고, 이에 처분청은 취소결정된 동일과세물건에 대한 등록세 등(515,113,950원)의 부과처분을 직권취소(감액)하였으나, 감사원 특감시 지적에 따라 청소년수련시설을 목적으로 취득한 이건 제1토지 및 추가 취득한 제2토지를 수익사업용토지로 보아 직권취소(감액)한 이건 등록세 등(515,113,950원)과 추가매입한 제2토지에 대한 취득세 등(61,232,000원)을 각각 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 사업복지사업법의 규정에 의거 설립된 비영리공익법인으로서 청구법인의 고유목적사업인 청소년수련시설(유스호스텔)을 건립하기 위하여 취득한 이건 제1토지를 고유업무에 사용하는 토지로 보지 아니하고 이건 취득세(290,205,040원)를 부과처분한 데 대하여 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관이 이건 제1토지를 청구법인의 “고유업무에 직접 사용하는 부동산”으로 판단하여 취소결정함에 따라서 처분청이 이건 제1토지에 부과고지한 등록세 등(515,113,950원)을 직권으로 취소(감액결정)하였다가 감사원 특감시 유스호스텔건립을 위하여 취득한 이건 제1토지에 대하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한다 하더라도 유스호스텔사업은 수익사업의 범위에 포함되므로 비과세대상에서 제외해야 한다고 지적함에 따라 기직권취소된 이건 등록세 등을 재차 부과고지한 처분은 일사부재리원칙에 위배되어 위법부당할 뿐만 아니라, 또한 이건 제2토지의 경우도 제1토지와 동일필지내의 토지로서 청소년수련시설건립을 위하여 추가 매입하여 유스호스텔을 신축중에 있으므로 법인의 고유업무에 직접 사용하는 토지이므로 용도구분에 의한 비과세대상에 해당되고, 또한 이건 심사청구일 현재 청소년수련시설을 신축중에 있으므로 현실적으로 수익사업에 사용할 수 없음에도 수익사업에 사용하는 토지로 보아 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제25조의2에서 지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하거나 변경하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 이건 제1토지에 대한 취득세 이의신청을 1994.5.30. 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장이 취소결정함에 따라 1994.5.19. 제출된 “등록세 등 이의신청”에 대하여 처분청에서 취득세 이의신청결정에 터잡아 직권취소하였다가 감사원 감사시 지적되어 직권취소했던 등록세 등을 재부과 처분하였다 하더라도 위 직권취소는 국가·지방자치단체의 회계검사 총괄기관인 감사원의 시정지시에 의한 것이므로, 직권취소했던 등록세 등을 재부과고지한 처분은 위법하다고 볼 수 없다 하겠으며, 다음으로 청소년 수련시설을 설치할 목적으로 취득한 이건 토지가 청구법인의 고유업무에 사용하는지 여부에 대하여 살펴보면, 구지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에 의하면 학술, 기예, 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득이나 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고서, 그 단서에는 수익사업에 사용하는 경우 또는 정당한 사유없이 취득일(등록일) 1년이내 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에는 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고, 구같은법시행령 제79조제1항에는 위 규정의 “비영리사업자”중 하나로 제3호에서 “사회복지사업법의 규정에 의하여 설리된 사회복지법인”을 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 이건 토지 취득 당시 청구법인의 법인등기부 및 정관에 고유목적사업의 하나로서 “청소년시설 설치운영”을 규정하고 있고, “청소년수련시설의 종류”로서 청소년기본법시행령 제27조제1항제3호에서 유스호스텔(청소년의 숙박 및 체재에 적합한 시설·설비에 부대·편익시설을 갖추어 숙식편의제공, 여행청소년의 수련활동지원 등을 주된 기능으로 하는 시설)을 규정하고 있으므로, 청소년수련시설의 설치는 청구법인의 고유업무에 해당된다고 보아지나, 구지방세법 제107조 및 제127조제1항 단서에서 비영리사업자라 하더라도 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 비과세대상에서 제외하도록 규정하고, 같은법시행령 제78조의2제1항에서 “법 제107조 본문 단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다”라고 규정하고 있는 바, 비록 이건 토지가 청구법인의 고유업무에 직접 사용한다 하더라도 청구법인이 신축중인 “유스호스텔”은 법인세법 제1조제1항제1호에서 규정하는 수익사업의 범위중 “음식·숙박업”에 해당된다고 보아지므로 구지방세법 제107조 및 제127조제1항의 “용도구분에 의한 비과세대상”에서 제외된다고 판단되며, 더구나 제1토지의 경우는 청구법인이 1992.7.10. 취득한 후 2년이 경과한 1994.8.29. 유스호스텔 건물을 착공한 이상 취득한 날로 부터 1년이내에 법인의 고유업무에 직접 사용하는 토지라고 볼 수 없으므로 감사원의 시정요구에 따라 처분청이 제1토지에 대하여 직권취소한 등록세 등(515,113,950원)을 재부과처분하였다 하더라도 적법하다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1995. 7. 26 내 무 부 장 관