[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 1필지 공장용지 34,533㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 배합사료 제조공장 부지로 사용하기 위해 1992.2.28 처분청과 분양가계약을 체결하고, 1992.12.17 본계약에 의해 잔금을 지불하고 취득한 후 1992.12.19 소유권 이전등기(이하 “등기”라 한다)하였으나, 취득 및 등기일로부터 1년이내에 그 목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이건 토지 취득가액(2,244, 645,000원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세액중 이건 토지 취득 당시 구지방세법(1994.12.22 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제110조의4제2항제3호의 규정에 의거 100분의 75를 경감하였던 취득세 40,403,600원(가산세포함)과, 이건 토지 취득가액에 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세액중 이건 토지 등기 당시 구지방세법 제128조의3제2항제1호의 규정에 의거 100분의 75를 경감하였던 등록세 50,504,510원, 교육세 10,100,900원, 합계 101,009,010원을 1994.11.24 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ협동조합법에 의거 회원을 위한 구매·판매사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1992.12.17 배합사료제조공장부지로 사용하기 위하여 이건 토지를 취득하였고, 취득 당시 사료관리법상 청구법인에 대해 배합사료제조업을 금지하는 명문규정이 없었으며, 취득하기 전에 공업단지 심의위원회의 심의결과 적격업체로 선정받았고, 입주가계약에 따른 계약금과 선수금을 지급한 후에 ㅇㅇ가 청구법인에 대한 배합사료제조업 불허가방침을 결정하였으므로 입주가계약 해약시 계약금과 선수금의 손실이 예상되었으며, 배합사료제조업을 허가제에서 등록제로 변경하는 사료관리법 개정안이 입법예고된 상태였으므로 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 청구법인의 배합사료 제조사업에 직접 사용할 수 있다고 예상하여 이건 토지를 취득하였으나, 청구법인에 대한 ㅇㅇ의 배합사료제조업 불허가방침 때문에 취득일로부터 1년이내에 직접 사용하지 못하였으며, 이건 토지 취득후 사료관리법 개정건의, 공장설계도면작성, 예산반영 등 공장건립을 위한 제반노력을 다하였으므로 1년이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있음에도 이건 경감된 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 청구법인이 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의4제1항에서 “다음 각호의 법인이... 100분의 50을 경감한다... ”라고 규정하고, 그 제12호에서 “ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ협동조합중앙회”라고 규정하고 있으며, 같은법 같은조 제2항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 재산에 대하여는 제112조제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만,... 제3호... 의 경우 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “제1항제12호 내지 제14호의 법인이 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산. 이 경우... 당해 지방자치단체의 조례로 그 경감율을 100분의 50을 초과하여 정할 수 있다”라고 규정하고 있으며, 같은법 제128조의3제2항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 제131조의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만, 제1호... 의 경우에는 등기일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 등록세를 추징한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “제110조의4제1항제12호... 의 법인의 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 등기. 이 경우... 당해 지방자치단체의 조례로 그 경감율을 100분의 50을 초과하여 정할 수 있다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 법인으로서 처분청이 조성한 ㅇㅇ공업단지내 이건 토지를 배합사료 제조공장부지로 사용하기 위하여 1992.12.17 처분청으로부터 분양받아 1992.12.19 등기하였으므로 처분청은 이건 토지를 배합사료 제조공장부지로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득 및 등기 당시 취득세와 등록세를 각각 75% 경감하였으나, 청구법인이 이건 토지 취득 및 등기일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 배합사료 제조공장부지로 직접 사용하지 아니하고 있으므로 구지방세법 제110조의4제2항 및 같은법 제128조의3제2항의 규정에 따라 기 경감한 취득세(40,403,600원, 가산세포함)와 등록세(50,504,510원), 교육세(10,100,900원), 합계 101,009,010원을 1994.11.24 청구법인에게 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙서류에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 토지 취득 당시 사료관리법상 청구법인에 대해 배합사료제조업을 금지하는 명문규정이 없었으며, 취득하기 전에 공업단지 심의위원회의 심의결과 적격업체로 선정받았고, 입주가계약에 따른 계약금과 선수금을 지급한 후 ㅇㅇ가 청구법인에 대한 배합사료제조업 불허가방침을 결정하였으므로 입주가계약해약시 계약금과 선수금의 손실이 예상되었으며, 배합사료제조업을 허가제에서 등록제로 변경하는 사료관리법개정안이 입법예고된 상태였으므로 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 청구법인의 사업에 직접 사용할 수 있다고 예상하여 이건 토지를 취득하였으나, 청구법인에 대한 ㅇㅇ의 배합사료제조업 불허가방침때문에 취득일로부터 1년이내에 직접 사용하지 못하였으며, 이건 토지 취득후 사료관리법개정건의, 공장설계도면작성, 예산반영 등 공장건립을 위한 제반노력을 다하였으므로 1년이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있음에도 처분청의 이건 경감된 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있지만, 살피건대 구지방세법 제110조의4제2항 및 같은법 제128조의3제2항에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은 법인이 토지를 취득한 후 관계법령의 규정에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유이거나, 그 법인의 내부적인 사유인 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한하고 있는 바, 청구법인의 경우 구사료관리법(1994.12.31 법률 제4849호로 개정되기 전의 것) 제9조제1항에서 배합사료제조업을 영위하고자 하는 자는 ㅇㅇ령이 정하는 바에 의하여 ㅇㅇ장관의 허가를 받도록 규정하고, 같은조 제4항에서 사료의 수급사정을 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 ㅇㅇ장관은 배합사료제조업 허가를 제한할 수 있도록 규정하고 있어 청구법인 소속 ㅇㅇ ㅇㅇ군 지부장의 배합사료 제조공장설립을 위한 국토이용계획 변경신청에 대해 배합사료제조업은 축협의 전문사업분야이므로 ㅇㅇ에 대해서는 허가하지 않는다는 방침이 1992.5.12 통보되었음에도 이건 토지를 취득하였으며, 1991.12.18 청구법인의 신청에 의거 1992. 2.21 공업단지심의위원회의 심의결과 입주업체로는 선정되었으나, ㅇㅇ군지방공업단지조성및분양에관한조례 제15조제1항제3호에서 입주자격으로 당해 사업에 관한 법령의 규정에 의하여 허가 등을 받았거나, 받을 수 있는 자격이 있을 것이라고 규정되어 있으므로 청구법인의 경우 허가 등을 받았거나 받을 수 있는 자격이 있었어야 함에도 허가 등을 받지 못하였고, 1992.2.28 체결한 ㅇㅇ공업단지 공장부지 분양가계약서 제19조에서는 정부방침 및 제규정변경 등으로 인하여 계약서 내용의 변경이 발생할 때에는 처분청과 청구법인이 협의하여 계약을 변경할 수 있다라고 규정하고 있으므로 계약금과 선수금을 이미 납부하였더라도 처분청과 협의하여 다른 용도로 변경하였거나 공장용지취득을 포기하였다면 분양가계약서 제13조의 규정에 따라 이미 납부한 계약금과 선수금을 반환받을 수도 있었다고 보아지며, 배합사료제조업을 허가제에서 등록제로 전환하는 사료관리법 개정안이 1991.9.13 입법예고되었으나 개정되지 않자 청구법인이 1992.2월부터 같은해 10월까지 3회에 걸쳐 조속히 개정해 줄 것을 ㅇㅇ 등에 건의한데 대하여 ㅇㅇ로부터 등록제 전환에 따른 반대의견이 많아 개정을 유보한다는 회신을 1992.11.19 받았음에도 1992.12.17 이건 토지를 취득하였다는 점을 종합하여 볼 때, 이건 토지 취득일(1992.12.17) 이전에 이미 ㅇㅇ의 배합사료제조업의 허가는 제한되었었다고 보아야 하겠으므로 이러한 사용제한사실을 알면서도 조만간 사료관리법이 개정되면 공장건립이 가능할 것으로 생각하고 이건 토지를 취득 및 등기한 이상, 취득후 공장건립에 필요한 준비절차(사료관리법 개정건의, 공장설계도면 작성, 예산반영)를 이행하였음에도 배합사료제조업 허가를 받지 못한 것이 이건 토지를 1년이내에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되지 않는다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1995. 6. 24 내 무 부 장 관