[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 비영리학교법인인 청구법인이 전문대학을 신축할 목적으로 1992.7.26 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시(취득당시: ㅇㅇ군) ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 13필지 임야 587,804㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 1년이내에 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 토지의 취득가액(2,205,837,000원)에 구지방세법(1994.12.22 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제112조제2항 및 같은법 제131조제1항제3호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 397,050,760원(가산세포함)과 등록세 66,129, 000원, 교육세 13,225,800원 등 합계 476,405,560원을 1994.12.7 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 중등교육과 고등교육을 실시할 목적으로 설립된 비영리 학교법인으로서 전문대학을 신축할 계획하에 이건 토지 소유자인 청구외 ㅇㅇㅇ와 매매계약을 체결하기에 앞서 1992.3.6 처분청으로부터 전문대학설립 입지검토승인을 받고 1992.3.12 이건 토지에 대한 매매계약을 체결한 후 1992.3.28 교육부에 ㅇㅇ전문대학설립 승인신청을 한 다음 1992.7.26 이건 토지를 취득하였으나, 청구법인이 1992.3.28 교육부에 신청한 전문대학설립계획이 아무런 사유없이 반송되어 설립인가를 받지 못하였고, 1993.3.31 또다시 교육부에 전문대학설립 승인신청을 하였으나, 같은해 9.22 사립전문대학설립 심사위원회의 현지조사 및 확인을 거쳐 1993.12.30 설립여건이 미흡하다는 이유로 전문대학설립 승인신청서가 반려됨으로써 전문대학설립에 착수하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있으며, 또한 이건 토지의 경우 1995.1.1부터 시행되는 개정 지방세법시행령(1994.12.31 개정, 대통령령 제14481호, 이하 “개정지방세법시행령”이라 한다) 제84조의4제1항에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 유예기간을 3년으로 정하고 있고, 부칙 제4조에 의하면 제84조의4 개정규정은 이 영 시행일 현재 비업무용토지 유예기간이 경과하지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용토록 규정하고 있어 1995.1.1 현재 이건 토지 취득일인 1992.7.26부터 3년이 경과되지 아니하였음이 역수상 명백하므로 1995.1.1부터 시행되는 개정세법을 적용해야 함에도 구지방세법시행령(1994.12.31 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법시행령”이라 한다) 제84조의4제1항의 규정을 적용하여 이건 취득세를 부과고지한 처분은 부당하다 하겠고, 이건 토지는 ㅇㅇ지구택지개발사업에 수용된 청구법인 소유의 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 50필지 토지(이하 “수용토지”라 한다)에 대한 보상금을 마지막으로 받은 1991.8.30로부터 1년이내인 1992.7.26 대체취득한 것이므로 지방세법 제109조제1항의 규정에 의한 취득세 등 비과세대상에 해당된다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리 학교법인이 학교설립 목적으로 취득한 토지를 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,... 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여 취득세를 추징한다”라고 규정하고서, 그 제1호에서 “... 학술... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 취득”이라고 규정하고, 같은법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정한 다음, 구같은법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법 제127조제1항에서 “다음 각호의 제1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,... 등기 또는 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정하고, 개정지방세법시행령 부칙 제4조에서 “제84조의4 개정규정은 이 영 시행일 현재 비업무용토지 유예기간이 경과하지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 중등교육 및 고등교육을 실시할 목적으로 설립된 비영리학교법인으로서 전문대학을 신축할 목적으로 1992.7.26 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 정당한 사유없이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 비과세된 등록세 등을 추징고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 먼저, 이건 토지상에 전문대학을 설립하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 1992.3.28과 1993.3.31 교육부에 승인신청한 전문대학설립계획이 구체적인 사유도 없이 신청서 자체가 반송되거나 반려되어 전문대학설립에 착수하지 못하였던 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있지만, 구지방세법시행령 제84조의4제1항에서의 “정당한 사유”라 함은 법인이 토지를 취득한 후 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다 할 것이므로, 청구법인의 경우 1992.7.26 이건 토지 취득후 1년이내인 1993.3.30 교육부장관에게 전문대학설립계획 승인신청서를 제출한 후 1993.9.22 사립전문대학설립 심사위원회의 현지조사 및 확인을 거쳐 1993.12.30 교육부로부터 “전문대학설립계획 승인신청이 설립 심사위원회의 종합평가 등을 토대로 검토한 결과 설립여건이 미흡하다”는 이유로 반려된 이후 1994.12.7 이건 취득세 등 부과처분시까지 교육부에서 설립여건이 미흡하다고 지적된 요건을 보완하여 재승인신청을 하는 등 필요한 조치를 취하지 아니한 상태로 방치하고 있어 이건 토지를 고유목적사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 할 수 없다 하겠고, 다음으로 1995.1.1부터 시행되는 개정 지방세법시행령 제84조의4제1항 및 부칙 제4조에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 유예기간을 3년으로 정하고 있고, 제84조의4 개정규정은 이 영 시행일 현재 비업무용토지 유예기간이 경과하지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용토록 하고 있어 이건 토지의 경우 1995.1.1 현재 토지취득일(1992.7.26)로부터 역수상 3년이 경과하지 아니하였음이 명백하므로 1995.1.1부터 시행되는 개정세법을 적용해야 함에도 구지방세법시행령 제84조의4제1항의 규정을 적용하여 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다는 주장에 대하여 살펴보면, 1994.12.31 개정된 지방세법시행령 부칙 제4조의 규정은 1995.1.1 현재 1994년까지 시행되던 비업무용토지의 유예기간(비영리학교법인의 경우 1년)이 경과되지 아니한 토지에 관한 취득세부터 제84조의4 개정규정을 적용토록 한 것이므로 1994년도중에 토지를 취득하면 1995.1.1 현재 1년을 경과하지 아니하여 동규정의 적용을 받을 수 있으나, 청구법인이 1992.7.26 취득한 이건 토지는 1995.1.1 현재 1년이 훨씬 경과되어 동규정의 적용대상에 해당되지 않으며, 마지막으로 ㅇㅇ지구 택지개발사업에 수용된 토지에 대한 보상금으로 이건 토지를 대체취득한 것이므로 취득세가 비과세되어야 한다고 주장하고 있지만, 구지방세법 제109조제1항 및 제2항에 의하면 토지수용으로 인하여 대체할 토지를 보상금을 마지막으로 받은 날로부터 1년이내에 취득한 때에는 취득세를 비과세하나, 당해 토지가 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상(별장, 골프장, 고급주택, 고급오락장, 법인의 비업무용토지 등)에 해당된 때에는 취득세를 부과하도록 하고 있어 처분청에서 이건 토지에 대한 취득세를 비과세하지 않고 부과고지한 것이므로 적법하다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1995. 6. 24 내 무 부 장 관