[주 문] 청구법인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 학교법인인 청구법인이 1993.5.10 취득하여 1993.6.4 소유권 이전등기를 필한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지의 임야 1,686㎡의 등록세 등을 지방세법 제127조제1항의 규정에 의하여 비과세하였으나 취득한 임야 1,686㎡중 258㎡는 학교진입도로로 사용하고 잔여 1,428㎡(이하 “이건 임야”라 한다)는 등기일로부터 1년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니하고 있으므로 이건 임야의 취득가액(323,967,970원)에 지방세법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 11,662,830원, 교육세 2,138,180원, 합계 13,801,010원(가산세포함)을 1994.12.23 부과고지하였으나, 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 제기함으로써 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사는 등록세 등이 비과세된 후 추징사유가 발생한 경우에 비과세된 세액을 자진신고 납부하도록 한 규정이 없으므로 동등록세에 대한 가산세를 부과한 것은 부당하다고 판단하여, 당초 부과고지한 등록세 11,662,830원, 교육세 2,138,180원, 합계 13,801,010원을 등록세 9,719,030원, 교육세 1,943,800원, 합계 11,662,830원으로 경정결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 학교법인으로서 청구법인이 경영하는 ㅇㅇ대학교의 진입도로 및 실습지로 사용하기 위하여 1993.5.7 교육부장관으로부터 교육용기본재산 취득예정증명원을 발급받고 1993.5.10 ㅇㅇ대학교의 학교용지와 접해 있는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지의 임야 1,686㎡를 취득한 후 1993.6.4 소유권 이전등기를 필한 다음 동임야를 학교시설지구로 지정받기 위하여 1993.6.10 처분청과 협의를 하였으나 처분청에서는 도시계획법 제12조에 의하여 당해지역은 도시계획 지적고시(ㅇㅇ도 고시 제402호)가 1991.10.28 되었기 때문에 도시계획변경통제규정 제3조에 의거 이로부터 5년까지는 도시계획시설변경이 불가하다고 통보하였지만, 도시계획변경통제규정은 행정관청 내부에서 필요한 건설교통부 훈령이므로 이를 이건 임야 취득이전에 검토한다는 것은 불가하다고 보아야 하기 때문에 도시계획변경통제규정에 의하여 이건 임야를 고유목적사업에 직접 사용하지 못하고 있음에도 기비과세한 등록세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 학교법인인 청구법인이 교육용 기본재산으로 사용하기 위하여 임야를 취득하여 등기를 필한 후 등기일로부터 1년이 경과하도록 도시계획변경이 불가하다는 사유로 고유목적에 직접 사용하지 않는 경우에 기비과세한 동임야에 대한 등록세 등을 부과고지하는 것이 적법한 부과처분인지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1994.12.22 법률 제4794호로 개정되기 이전의 것) 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(생략)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 등기(이하생략)”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31 대통령령 제14481호로 개정되기 이전의 것) 제79조제1항에서는 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리 사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 ‘교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인’이라고 규정하고 있으며, 도시계획변경통제규정(건설부훈령 제827호, 1992.3.4) 제3조에서 “이미 도시계획으로 결정고지된 도시계획시설(주차장, 자동차정류장, 유원지, 학교, 시장, 유통업무설비 및 연구시설은 당해 시설의 구역경계에 한한다)과 토지구획정리사업, 일단의 주택지조성사업, 시가지조성사업, 일단의 공업용지조성사업 및 재개발사업(계획의 구역경계에 한한다)에 한하여는 다음 각호의 경우를 제외하고는 그 도시계획의 결정이 있는 날로부터 5년이내에 변경결정할 수 없다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 학교법인으로서 1993.5.10 취득하여 1993.6.4 소유권 이전등기를 필한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지의 임야 1,686㎡중 258㎡는 청구법인이 경영하는 ㅇㅇ대학교의 진입도로로 사용하고 잔여 1,428㎡는 등기일로부터 1년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니하고 있으므로 처분청에서는 기비과세한 이건 임야에 대한 등록세 등을 추징하였으나 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 제기하므로써 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사는 등록세 등이 비과세된 후 추징사유가 발생한 경우에 비과세된 세액을 자진신고 납부하도록 한 규정이 없다는 사유로 동등록세에 대한 가산세부과는 부당하다고 판단하여 당초부과한 등록세 등을 경정결정한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 임야를 취득하여 등기를 필한 후 학교시설지구로 지정받고자 처분청과 협의하였으나 처분청에서 도시계획법 제12조에 의하여 당해 지역은 1991.10.28 도시계획지적고시(ㅇㅇ도 고시 제402호)가 되었기 때문에 도시계획변경통제규정 제3조에 의하여 이로부터 5년까지는 도시계획시설변경이 불가하다고 통보하였지만, 도시계획변경통제규정은 행정관청 내부에서 필요한 건설교통부 훈령이므로 이를 이건 임야 취득 이전에 검토한다는 것은 불가하다고 보아야 하기 때문에 도시계획변경통제규정에 의하여 이건 임야를 고유목적사업에 직접 사용하지 못하고 있음에도 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한다는 사유만으로 기비과세한 등록세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만, 구지방세법(1994.12.22 법률 제4794호로 개정되기 이전의 것) 제127조제1항제1호 및 구같은법시행령(1994.12.31 대통령령 제14481호로개정되기 이전의 것) 제79조제1항제2호에서 교육을 목적으로 하는 학교법인이 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산등기에 대한 등록세를 비과세하도록 규정하고, 다만 등기일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니한 경우에는 등록세를 부과한다 라고 규정하고 있는 바, 동규정에서 “정당한 사유”라 함은 법인이 토지를 취득한 후 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 내부적으로 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적 여유가 없거나 토지를 취득하여 등기를 필한 후 관계법령 및 행정관청의 금지, 제한 등 외부적으로 어쩔 수 없는 불가항력적인 사유를 뜻하고 있는 바, 학교법인인 청구법인의 경우와 같이 학교시설부지로 사용하기 위하여 임야를 취득하여 등기코자 하면 취득하기 전에 취득코자 하는 임야가 학교시설지구로 결정되는지의 여부를 먼저 처분청과 검토한 후에 취득하여 등기를 필하여야 함에도 이와같은 검토없이 우선적으로 임야부터 취득하여 등기를 필한 후 도시계획시설(학교)결정이 되지 아니한다는 사유로 이건 임야 등기일로부터 1년이 경과하도록 방치하고 있는 것은 청구법인이 직접 사용하지 못한 정당한 사유로는 볼 수 없을 뿐만 아니라 더구나 청구법인은 학교법인으로서 청구법인이 경영하고 있는 ㅇㅇ대학교의 학교부지가 1991.10.28 도시계획시설(학교)결정 및 지적고시(ㅇㅇ도 고시 제402호)가 된 점을 미루어 보면 학교시설부지와 인접된 이건 임야를 취득등기 할 당시에 도시계획변경통제 규정의 검토가 불가능하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없으므로 처분청에서 기비과세한 등록세 등을 추징한 것은 적법한 부과처분이라고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되고 이의신청결정기관의 이의신청 결정에는 별다른 잘못이 없으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1995. 4. 25 내 무 부 장 관