과세면제법인인 청구법인이 전세권설정등기를 할 경우에 동설정등기가 부동산 소유권에 대한 등기에 해당되며 설정등기에 따른 등록세가 과세면제 되는지의 여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구법인에게 1994. 8. 13 부과고지한 등록세 610,000원, 교육세 122,000원, 합계 732,000원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1993. 7. 1 청구법인의 광주직할시 사무소 및 직원 사택으로 사용하기 위하여 임차한 광주직할시 ㅇ구 ㅇㅇ동 555-22번지 상의 건축물 303.51㎡와 같은 구 ㅇㅇ동 209-17번지의 대지 24.52㎡ 건축물 59,79(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 1993. 7. 12 전세권설정 등기를 필하였으므로 이건 부동산의 설정금액 305,000,000원(공간 사무소 등기를 필하였으므로 이건 부동산의 설정금액 280,000,000원, 관사 건물 25,000,000원)에 지방세법 제131조 제1항 제6호의 세율을 적용한 산출한 등록세 610,000,원과 교육세 122,000학계 732,000원을 1994. 8. 13 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 장애인의 고용촉진과 직업재활 및 직업안정을 도모하고 장애인이 직업생활을 통하여 자립할 수 있도록 지원함을 목적으로 설립된 노동부산하 정부출연 비영리법인으로서 광주직할시 사무소와 직원들의 사택으로 사용하기 위하여 1993. 7. 1 이건 부동산을 임차한 후 같은날 처분청으로부터 전세권설정등기에 대한 등록세 감면확인서를 교부받아 1993. 7. 12 전세권등기설정을 피하였으나 구지방세법(1991. 12. 14 법률 제4415호)제128조의 2 및 같은법 제110조의 3 제21호에서 장애인고용촉진 등에 관한법률에 의하여 설립된 한국고용촉진공단의 부동산 소유권에 대한 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제한다라고 규정하고 있으므로 전세권설정등기도 부동산 소유권에 대한 등기에 해당될 뿐만 아니라 더구나 1993. 12.31까지 시행된 지방세법 제128조의 2에서 “부동산 소유권에 대한 등기·등록”규정을“ 부동산에 관한 등기·등록”으로 개정(1993. 12.27 개정 법률 제4611호)하여 1994. 1. 1부터 시행되고 있으므로 개정된 법률을 적용하여 이건 부동산에 대한 전세권설정등기에 대한 등록세는 면제되어야 한다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 과세면제법인인 청구법인이 전세권설정등기를 할 경우에 동설정등기가 부동산 소유권에 대한 등기에 해당되며 설정등기에 따른 등록세가 과세면제 되는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제124조 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(...생략...)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받은자에게 부과한다.”라고 구정하고 구지방세법(1991.12.14 법률 제4415호)제128조의 2(과세면제)제1항에서 “제110조의3 제1항 각호(제21호:장애인고용촉진 등에 관한 법률에 의하여 설립된 한국장애인고용촉진공단)의 법인의 부동산 소유권에 대한 등기 또는 등록(...생략...)에 대하여는 등록세를 면제한다.(단서 생략)라고 각각 규정하고 있다. 나. 다음으로 청구법인의 경구에 대하여 살펴보면 청구법인은 장애인의 고용촉진과 직업재활 및 직업안정을 도모하고 장애인이 직업생활을 통하여 자립할 수 있도록 지원함을 목적으로 설립된 비영리법인으로서 광주직할시 사무소와 직원들의 사택으로 사용하기 위하여 1993. 7. 1 이건 부동산을 임차하고 같은날 처분청으로부터 전세권설정등기에 관한 감면확인서를 교부받아 1993. 7. 12전세권등기를 부동산 소유권에 대한등기로 잘못 판단하여 등록세 감면 확인서를 발부하였으므로 1994. 8. 13 이건 부동산의 전세권 설정등기에 대한 등록세를 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 처분청에서는 전세권등기가 부동산 소유권에 대한 등기가 아니기 때문에 설정등기에 대한 등록세 등의 부과는 제110조의 제1항에서 규정하고 있는 과세면제법인이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산을 등기할 경우에 등록세를 과세면제 하도록 규정하고 있는 지방세법 제128조의 2 제1항 규정은 1987. 1. 1부터 1991. 12. 31까지는 “법인의 재산권 기타 권리에 대한 등기 또는 등록”이라고 규정되어 있었고 1992. 1. 1부터 1993. 12. 31까지는 “법인의 부동산 소유권에 대한 등기 또는 등록”이라고 개정하여 시행되고 있는 것으로 미루어 보면 청구법인과 같은 과세면제법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 경우에는 등록세를 확대 면제하는 것으로 개정되었다고 보아야 하고 또는 청구법인은 장애인의 고용촉진과 직업재활 및 직업안정성을 도모하고 장애인의 직업생활을 통하여 자립할 수 있도록 지원함을 목적으로 설립된 비영리공익법인으로서 이거 ㄴ부동산을 임차하여 청구법인의 사무소아 직원들의 사택으로 사용하고 있을 뿐만 아니라 더구나 처분청에서는 1993. 7 전세권등기에 대한 등록세가 면제된다는 확인을 하여준 사실이 등록세 비과세 확인서에서 입증되고 있으므로 이는 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 보아야 하기 때문에 처분청에서 이건 전세권 설정등기에 대한 등록세를 부과고지한 것은 법리해석인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조 제5항의 규정에 의항 주문과 같이 결정한다.

1994. 12. 27 내 무 부 장 관