법인의 비업무용토지에서 제외되는 “정당한 사유”에 해당하는지의 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1994.1.10 및 같은해 1.11 청구법인에게 각각 부과고지한 취득세 116,880,170원(가산세 포함)과 등록세19,480,020원, 교육세3,896,000원 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1993.5.17 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 학교용지 18,200.80㎡(이하 “이건 토지”라고 한다)를 취득한 후 1993.11.6 매각하였으므로 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 법인의 비업무용토지로 보아 이건 토지 취득가액(649,334,330원)에 지방세법 제112조제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 116,880,170원(가산세포함) 및 등록세 23,376,030원, 교육세 4,285,600원, 합계 144,541,800원(가산세포함)을 1994.1.10과 그 다음날 1.11에 각각 부과고지 하였으나 이건 등록세 가산세 3,896,010원, 교육세 가산세 389,600원에 대하여 1994.4.19 직권취소 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 ㅇㅇ고등학교를 운영하고 있는 학교법인으로서 동학교를 이전하기 위하여 이건 토지를 청구외 ㅇㅇ토지개발공사(ㅇㅇ지사)로부터 1989.4.18 분양받아 3년 연부로 토지대금을 분납하던중 ㅇㅇ도 교육청과 처분청이 협의하여 공립특수학교(ㅇㅇ학교)를 설립할 학교부지로서 이건 토지를 선정한 후 보상협의를 요청함에 따라 장애인에 대한 교육기관설립이 정부의 당면한 주요과제로 대두되고있는 상황에서 정부의 시책에 적극협조, 동참할 수 밖에 없는 불가항력적인 상황으로 정부의 시책에 적급협조, 동참할 수 밖에 없는 불가항력적인 상황으로 부득이 ㅇㅇ개발공사(ㅇㅇ지사)로부터 이건 토지를 특수학교 설립부지로 전매 승인받아 공공용지 취득 및 손실보상에 관한 특례법규정에 의거 ㅇㅇ도 교육청으로부터 분양원가로 보상받았으므로 이는 이건 토지를 매각할 수 밖에 없는 정당한 사유에 해당됨에도 처분청에서는 이건 토지를 취득후 1년이내에 매각하였다고 하여 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당할 뿐 아니라 청구법인이 운영하는 ㅇㅇ고등학교의 이전이 법상 가능함에도 처분청에서는 학생수용계획 수립기관인 ㅇㅇ도 교육청의 수용계획을 전혀 검토치 않고 향후 인구증가로 인한 학교수가 증가될 것으로 막연히 판단하여 동학교 시설변경 결정을 반대함에 따라 이건 토지를 학교용지로 사용하지 못한 귀책사유가 처분청에 있음에도 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 청구법인이 학교이전을 목적으로 취득한 이건 토지가 교육청과 처분청이 장애인 특수학교부지로 선정하여 보상협의가 있어 학교용지로 사용하지 아니하고 부득이 매각한 경우 법인의 비업무용토지에서 제외되는 “정당한 사유”에 해당하는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(생략)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,...취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음 그 제1호에서 “...학술...기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고서 그 제2호에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인”이라고 규정하고, 같은법 제112조제2항에서는 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지...를 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정한 다음, 같은법시행령 제84조의4제1항에서는 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있다.

• 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 ㅇㅇ고등학교를 운영하는 학교법인으로서 동학교를 이전할 목적으로 1989.4.18 ㅇㅇ개발공사로부터 이건 토지를 분양받아 1992.5.17 잔금을 지불하고, 1993.5.29 소유권 이전등기를 경료하였으나 ㅇㅇ도 교육청과 처분청이 협의하여 이건 토지를 공립특수학교(ㅇㅇ학교) 부지로 선정함에 따라 ㅇㅇ개발공사로부터 전매승인을 받아 같은해 11.16 ㅇㅇ도 교육청에 매각한 사실과 처분청에서는 이건 토지취득후 1년이내에 매각하였으므로 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 법인의 비업무용토지로 보아 이건 취득세 등을 부과처분은 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 토지를 청구법인이 운영하는 ㅇㅇ고등학교 이전부지로 사용하고자 하였으나 ㅇㅇ도 교육청에서 이건 토지에 공립특수학교를 설립코자 처분청과 협의하여 청구법인에게 매각을 요청함에 따라 청구법인은 정부시책에 적극협조 동참하고 순응할 수 밖에 없는 불가항력적인 상황으로써 이건 토지를 ㅇㅇ개발공사로부터 전매승인 받아 공공용지 취득 및 손실보상에 관한 특례법규정에 협의보상을 받고 매각한 것으로서 이는 이건 토지를 매각한 “정당한 사유”에 해당된다고 주장하는 반면에, 처분청은 청구법인이 1990.9.26 ㅇㅇ고등학교 이전에 필요한 재정확보를 위하여 청구법인이 현재 운영하고 있는 ㅇㅇ고등학교 학교용지를 매각코자 ㅇㅇ고등학교 용지중 일부를 의료시설지구 또는 주거지역으로 용도전환하는 내용으로 학교시설변경 결정 및 지적증인 신청을 하였으나 처분청에서는 향후 인구증가로 인한 학교수가 증가할 것을 전망하여 도시계획시설 변경신텅을 반려함에 따라 매각이 아니되자 이건 토지를 ㅇㅇ도 교육감과 협의보상에 의하여 매각하였으므로 이는 법인의 비업무용토지에서 제외되는 “정당한 사유”에 해당되지 아니한다고 주장하고 있다. 주장하고 있다. 살피건데, 지방세법시행령 제112조제2항 및 같은법시행령 제84조의4제1항의 중과세 규정취즈는 “법인의 필요이상의 부동산 투자를 억제하고, 법인이 그 고유의 목적에 사용할 수 있는데도 불구하고, 다른 이익을 위하여 그 토지를 방치하는 경우를 재재하기 위한 것이므로 설사 그 법인이 그 고유의 목적에 직접 사용하지 아니하더라도 직접 사용하지 못한데에 정당한 사유가 있을 때는 비업무용토지로 되지 아니한다”(대법원 1987.10.13 선고87누688)고 할 것이므로 청구법인의 경우를 살펴보면, 청구법인은 이건 토지를 ㅇㅇ고등학교의 이전부지로서 사용하기 위하여 ㅇㅇ개발공사 ㅇㅇ지사와 1989.4.18 연부취득계약(3년)을 체결하여 1992.4.18 잔금을 불입하고, 1993.5.29 소유권이전을 경료한 후 같은해 11.16 매각하였다 하더라도 특수학교 설립부지를 선정하기 위하여 처분청과 ㅇㅇ도 교육청과의 “학교시설 확보대책회의”를 개최하면서 1993.5.10 제3차 “공립특수학교 신설계획 협의회”에서 이건 토지를 공립특수학교(ㅇㅇ학교) 설립예정지로 확정하고, ㅇㅇ도 교육감은 이건 토지를 특수학교 신설부지로서 취득하기 위하여 1993.5.13 청구법인에게 매각여부를 조회한 사실, 같은해 5.18 ㅇㅇ개발공사(ㅇㅇ지사)에게 이건 “학교부지 매임에 따른 내용조회”한 사실과 1993.7.22 ㅇㅇ도 교육감이 처분청(도시과)에 이건 토지를 “ ‘94 신설 공립특수학교 ㅇㅇ고등학교 설립부지”로서 도시계획시설(학교) 변경결정 신청을 한 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구법인으로서는 당해 법인 마음대로 할 수 없는 상황에서 이건 토지를 매각한 “정당한 사유”에 해당된다고 판단될 뿐 아니라 그 매각과정에 있어서도 이건 토지에 대한 공시지가가 5,460,240,000원 임에도 ㅇㅇ개발공사 ㅇㅇ지사장의 전매승낙을 받고서 공공용지 취득 및 손실보상에 관한 특례법 규정에 의거 그 보상금으로서 824,276,000원(투자원가 760,267,000원, 투자원가의 분납이자에 법정이자 27,574,000원, 이전비용 및 수수료 36,435,000원)을 수령한 사실로 보아 이건 토지를 취득하고 다른 이익을 위하여 매각하였다고 볼 수 없는 이상 처분청에서 청구법인이 ㅇㅇ도 교육감과 협의에 의한 손실보상에 의하여 매각되었다 하여 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못된 처분이라고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되고 처분청과 이의신청 결정기관인 ㅇㅇ도지사는 지방세법상의 법인의 비업무용토지에 대한 법리를 오해한 흠이 있으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1994. 8. 31. 내 무 부 장 관