[주 문] 처분청이 1993.9.13 ㅇㅇ조합에게 부과고지한 취득세 38,124,000원, 등록세 2,541,600원, 교육세 465,960원, 계 41,191,560원(가산세 포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 ㅇㅇ조합이 농산물공판장을 신축하기 위하여 1989.7.15취득한 ㅇㅇㅇㅇ ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 166번지의 답 2,681㎡와 같은해 7.20 취득한 같은동 165번지 답 1,921㎡, 같은해 11.15 취득한 같은동 453-56번지 답 87㎡, 합계 4,689㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 지방세법 제110조의3제1항 및 지방세법 제128조의2제1항의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 이건 토지 취득일(등록일)로부터 1년이 경과하도록 그 고유업무에 사용하지 아니라고 있으므로 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득가액 211,924,300원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 38,124,000원과 등록세 2,541,600원, 교육세 465,960원, 합계 41,191,560원(가산세 포함)을 1993.9.13 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 ㅇㅇ조합은 농업협동조합법에 의하여 설립된 특별법인으로서 ㅇㅇㅇㅇ ㅇㅇ군 관내 원예농가의 자주적 협동조직을 통하여 농업생산력의 증진과 농민의 경제적·사회적 지위향상을 도모함으로써 국민경제의 균형있는 발전을 위하여 “농업생산 및 생활지도사업, 농업자재 및 생활물자구매사업, 농산물판매사업, 신용사업 등”의 목적사업을 수행하고 있는 바, 당초 이건 토지는 조합원 농가가 생산한 원예작물의 산지경매에 필요한 공판장 신축을 위하여 취득하였으나, 건축허가 신청을 추진하는 과정에서 관계법령상 공판장 신축을 위해서는 용도지역 변경 또는 도시계획시설결정 등의 행정처붕이 필요하다는 건설부의 통보를 받고, 관계관청과 계속 협의하였으나 취득후 1년내에는 당초 용도로 사용하기가 어렵다고 판단되어 1989.8.5 ㅇㅇ조합 이사회에서 고유업무중 하나인 시설원예 생산기술 시험 및 적용을 위한 지도사업용으로 목적사업을 변경 사용하기로 의결하고 즉시 지도사업에 사용하였으므로 취득일로부터 1년이내에 고유목적사업에 직접 사용하였음에도 불구하고 당초 취득목적인 공판장 용지로 사용하지 아니하였다는 사유로 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 당부의 판단 이건 심사청구는 농업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인인 ㅇㅇ조합이 조합원의 농산물 산지경매를 위한 공판장 신축을 위하여 취득한 이건 토지를 당초 취득목적을 변경하여 청구법인의 다른 고유목적사업에 사용한 경우 법인의 비업무용 토지에서 제외할 수 있는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제110조의3제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득재산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하고 그 제1호에서 “농업협동조합법에 의하여 설립된 농업협동조합 (단위농업협동조합 및 특수농업협동조합을 말한다)” 이라고 규정하고 있으며, 같은법 제128조의2제1항에서는 “제110조의3제1항 각호의 법인의 재산권 기타 권리에 대한 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 재산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 또한, 지방세법제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는…법인의 비업무용 토지…를 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(…)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지”라고 규정하면서, 같은조 제2항에서 “제1항에서 ‘법인의 고유업무’라 함은 다음 각호의 업무를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법령에서 개별적으로 규정한 업무, 그 제2호는 “법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무, 그 제2호에는 “행정관청으로부터 인·허가를 받은 업무”라고 규정하고 있으며, 동시행령 제84조의4제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제4호에서는 “농업…을 주업으로 하지 아니하고 법인이 취득하는 전·답·과수원·목장용지 및 임야. 다만, …농업협동조합법…의 규정에 의하여 농민지도사업을 위하여 취득하는 경우를 제외한다”라고 규정하고 있으며, 동시행령 제84조의4제4항에는 “다음의 각호의1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제11호에서 “농업협동조합법 …의 규정에 의하여 설립된 조합(…)이 사업용으로 취득한 후 2년이 경과되지 아니한 토지”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 ㅇㅇ조합의 경우에 대하여 살펴보면 ㅇㅇ조합은 농산물공판장을 신축하기 위하여 1989.7.15 및 7.20, 같은해 11.15 각각 3회에 걸쳐 취득한 이건 토지에 대하여 취득세 등을 과세 면제받았으나 처분청에서는 이건 토지를 취득 후 1년이 경과하도록 당초취득목적인 공판장 신축에 사용하지 아니하고 있으므로 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 부과고지한사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 ㅇㅇ조합은 일반주거지역내에 소재한 이건 토지를 당초 취득목적인 농산물공판장 신축을 추진하고 있는 과정에서 “관계법령상 일반주거지역내의 경우 농산물공판장은 시장시설이므로 도시계획시설로는 결정할 수 없고, 단일시장시설 설치를 위한 용도지역 변경은 바람직하지 않다” 건설부장관의 회신(도설01254-19605)을 1989.7.29 통보받고, 취득일로부터 1년이내에 공판장 신축이 어렵다고 판단하여, 1989.8.5 청구법인의 이사회에서 ㅇㅇ조합의 목적사업의 하나인 농민의 농업생산 지도사업용 농지로 용도변경하여 사용하기로 의결하고, 이에 따라 취득일로부터 1년이내에 농업생산 지도사업에 직접 사용하고 있음에도 불구하고 처분청이 당초 취득목적인 농산물공판장으로 사용하지 아니하였다는 사유로 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 이건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하는 반면에 처분청은 ㅇㅇ조합이 당초 이건 토지를 공판장 신축목적으로 취득한 후 ㅇㅇ조합의 다른 목적사업에 사용하기 위하여 1989.8.14 토지거래계약신고서상의 토지이용 목적을 변경하여 처분청에 제출하고 소유권 이전등기하였으나 당초 취득목적과는 다른 시설원예실습 용지로 사용하고 있으므로 이를 법인의 고유업무에 직접 사용하는 토지라 볼 수 없으며, 또한 이건 토지를 취득하기 전에 공판장 신축가능 여부를 검토해야 하였으나, 이를 소홀히 한 것은 ㅇㅇ조합에 귀책사유가 있으므로 이건 취득세 부과처분은 적법하다고 주장하고 있다. 살피건데, 지방세법 제110조의3제1항제1호 및 같은법 제128조의2제1호에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 농업협동조합(단위농업협동조합 및 특수농업협동조합을 말한다)은 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세와 등록세는 과세면제 대상으로 규정하면서 그 단서에서 취득일(등록일)로부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고, 같은법시행령 제84조의4제3항의 각호에서는 법인의 비업무용 토지를 규정하고 있으나, 그 제4호의 단서에서 농업협동조합법에 의하여 농민지도사업을 위하여 취득하는 토지는 법인의 비업무용 토지에서 제외하고 있으며, 동시행령 제84조의4제4항제11호에서는 “농업협동조합법의 규정에 의하여 설립된 조합이 사업용으로 취득한 후 2년이 경과되지 아니한 토지”는 법인의 비업무용 토지에서 제외하도록 하고 있는 바, 여기에서 “조합이 사업용으로 취득한 토지”라 함은 그 조합의 설립근거가 되는 관계법령 및 법인등기부상 목적사업에 사용하기 위하여 취득한 토지를 말하는 것으로서 ㅇㅇ조합의 이건 토지가 ㅇㅇ조합의 목적사업으로 규정하는 조합원의 생산물자 판매사업을 위한 공판장 신축이나 조합원 지도사업에 사용한다면 법인의 비업무용 토지 유예기간은 2년으로 보아야 함이 타당하고, 1989.7.15과 7.20 이건 토지(ㅇㅇ동 166, 165번지)에 대한 잔금을 지급한 후 일반주거지역에는 공판장 설립이 부적합함에 따라 1989.8.5 ㅇㅇ조합이사회의 승인으로 ㅇㅇ조합의 정관 제5조제1항제1호에서 규정하는 “생산 및 생활지도사업”을 위한 조합원 지도사업용 부지로 취득목적을 변경하고, 1989.8.5 토지거래계약신고서에 토지이용 목적을 “시설원예 실습용지”로 하여 1989.8.22 과 8.25 에 각각 소유권 이전등기한 사실이 관계증빙서류 및 등기부등본에서 확인되고 있으며, 이건 토지를 취득한 다음연도인 1990년도부터는 이건 토지를 원예시험포 및 묘목생산에 이용하고 있는 것이 사업계획서 및 수지예산서에서 확인될 뿐 아니라, 처분청에서도 이건 토지가 1990.7.25부터 조합원의 지도사업에 직접 사용되어지고 있는 사실을 ㅇㅇ조합의 작업일지, 사업관리비 원장 등의 확인을 통하여 인정하고 있는 점을 종합하여 볼 때, 이건 토지는 ㅇㅇ조합의 농민지도사업용 토지로 인정되어지며 이건 토지가 ㅇㅇ조합의 당초 취득목적을 변경하여 다른 목적사업에 사용하고 있다 하더라도 적법한 절차에 따라 사용(취득)목적을 변경하여 취득일로부터 2년이내에 ㅇㅇ조합의 다른 목적사업에 직접 사용하고 있는 이상 이는 법인의 비업무용 토지에서 제외되어야 한다고 판단되므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세율을 적용하여 이건 취득세를 부과고지한 것은 잘못된 부과처분이라고 판단된다. 따라서 ㅇㅇ조합의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되고 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분청 및 이의신청결정기관인 ㅇㅇㅇㅇ지사는 지방세법상 법인의 비업무용 토지에 관한 법리를 오해한 흠이 있으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1994. 3. 29. 내 무 부 장 관